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Der Film schließt direkt an den Film Star Trek II: Der Zorn des Khan an, zu dessen Ende Spock stirbt und sein Leichnam in einer Torpedohülle auf den Planeten Genesis geschossen wird. Nach dem Kampf im [[Mutara-Nebel]], befindet sich die schwer beschädigte ''[[USS Enterprise (NCC-1701)|USS Enterprise]]'' auf dem Weg zur [[Erde ]] um dort abgemustert zu werden. Bei der Ankunft im [[Raumdock ]] bricht [[Doktor ]] [[Leonard McCoy|McCoy]], der Spocks [[Spock]]s [[Vulkanier|vulkanisches ]] [[Katra ]] in sich trägt, in Spocks [[Quartier ]] ein und wird schließlich von [[James Kirk|Kirk ]] gestellt, der erkennt das mit McCoy etwas nicht stimmt. McCoy versucht illegal, zum Sperrgebiet erklärten, [[Genesis-Planeten Planet]]en zu gelangen,wird jedoch von der Sicherheit gestellt und in eine psychiatrische Anstalt der [[Sternenflotte ]] gebracht. Scotty wird zu seinem Leidwesen zur neuen "U.S.S. ''[[USS Excelsior" ]]'' versetzt und soll dort den Einbau eines Transwarpantriebes [[Transwarp]]antriebes überwachen. Währenddessen sind [[Saavik ]] und [[David Marcus]] an Bord der U.S.S. [[USS Grissom ]] nach Genesis zurückgekehrt um den neu entstandenen Planeten [[Planet]]en zu untersuchen. Sie stellen dabei fest, dass Spocks Sarg leer ist. Wenig später finden sie ein vulkanisches Kind,dass Saavik als Spock indentifiziert wird. David erklärt Spocks Zustand mit dem Genesis-Phänomen,dass zur Regeneration von Spocks Körper führte. David erkennt außerdem, dass der Planet Genesis sich rapide verändert und zunehmend eine Bedrohung wird und droht zu zerbrechen.

Als der [[Klingone|klingonische ]] Captain [[Kruge ]] von dem Genesis-Torpedo erfährt, beschließt er, die aus seiner Sicht "ultimative Waffe" an sich zu bringen und beschließt deswegen nach Genesis zu fliegen. Dort trifft er auf die U.S.S. ''USS Grissom '' die versehentlich zerstört wird, obwohl er Gefangene nehmen wollte.Er bemerkt jedoch, dasd sich noch Saavik und David auf dem Planeten befinden und befiehlt sie gefangen zu nehmen.

Kirk erkennt durch eine Besuch von Spocks Vater [[Sarek]], dass Spock vor seinem Tod sein Katra,seinen Geist, in McCoy übertragen hat und nur sein Körper gestorben ist. Sarek macht Kirk klar,dass Spock gerettet werden kann wenn McCoy und Spocks Körper nach Vulkan gebracht werden um dort den Körper mit seinem Katra wieder zu vereinen. Kirk bietet die Sternenflott Sternenflotte mit der ''Enterprise '' und McCoy nach Genesis zu fliegen, bekommt jedoch eine Absage. Er beschließt daraufhin McCoy zu "entführen" und die Enterprise heimlich aus dem Raumdock zu fliegen. Unterstützt wird der dabei von ScottyCaptain [[Montgomery Scott|Scott]],der die Excelsior, die versucht die Enterprise zu stoppen, flugunfähig macht,[[Uhura]],[[Hikaru Sulu]],[[Pavel Chekov ]] und McCoy. Sie fliehen mit der notdürftig geflickten ''Enterprise '' aus dem Raumdock in Richtung Genesis.

Kruge hat währenddessen David,Saavik und Spock gefangen genommen und will das Geheimnis von Genesis erfahren. Als die Enterprise im Genesis-[[Sektor ]] eintrifft, wird sie vom klingonischen Schiff überrascht und funktionsunfähig geschossen. Kruge verdeutlicht seine Forderung die Genesis-Unterlagen zu wollen, indem er David,Kirks Sohn umbringt. Geschockt von der Nachricht und dem Zustand beschließt er einen Hinterhalt. Er bietet Kruge die Kapitulation an, der daraufhin Entertruppen auf die Enterprise schickt. Die ist jedoch leer, da Kirk sich auf den Planeten gebeamt hat und vorher die Selbstzerstörung aktiviert hat. Die Enterprise explodiert samt Klingonen und stürzt über Genesis ab. Auf Genesis, der nun kurz vor der Zerstörung steht, kann Kirk Kruge davon überzeugen seine Crew und Saavik auf das klingonische Schiff zu beamen.Danach kommt es zum Kampf zwischen Kruge und Kirk. Kirk kann Kruge besiegen und zusammen mit Spocks Körper im letzten Augenblick Genesis verlassen, bevor der Planet explodiert. Kirk fliegt mit Spock und dem Rest der Crew auf dem gekaperten klingonischen Schiff nach [[Vulkan ]] um die Vereinigungszeremonie von Spocks Körper und Geist durchführen zu lassen. Auf dem Berg Seleya wird schließlich Spocks Katra aus McCoy entfernt und auf Spocks Körper übertragen. Am Ende ist die Enterprise E''nterprise'' Besatzung wieder komplett vereinigt und ist bereit zur Erde zurück zu kehren.