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Nachdem Chakotays Shuttle von den [[Vori]] über einem Planeten abgeschossen wird, holt er Informationen über den Konflikt der Vori mit den [[Kradin]] ein. Bei einer Lagebesprechung informiert er Janeway und die Führungsoffiziere darüber, dass der Krieg furchtbar ist und über ein Jahrzehnt andauert. ({{VOY|Nemesis}})
Wenig später feiert er mit den anderen Führungsoffizieren und der Besatzung die Beförderung von Tuvok zum Lieutenant-Commander im Kasino. Bei dieser Gelegenheit berichtet er Janeway, dass er das Treffen mit den [[Arritheaner]]n arrangiert hat. ({{VOY|Der Isomorph}})
[[2374]] stirbt er an [[Protomaterie]]nentladung und wird 18 Stunden für [[Tod|tot]] erklärt, bevor mit Hilfe von [[Borg]]technologie sein [[zerebraler Kortex]] reaktiviert wird. ({{VOY|Leben nach dem Tod}})
