[[Datei:Scotty und Jojo Krako.jpg|thumb|Scott und Jojo Krako.]]
Einige Wochen später übergibt Kirk Scott wieder das Kommando über die ''Enterprise'', als dieser seinen Freund [[Tyree (Person)|Tyree]] besucht. Scott hat in dieser Zeit wieder das Kommando über die ''Enterprise''. Auf der Oberfläche wird Spock angeschossen und dabei schwer verletzt. Auf McCoys befehl beamt Scott das Außenteam zurück auf die ''Enterpriese''. Als Experte für vulkanische Medizin kümmert sich Doktor [[M'Benga]] um Spock. Kirk vermutet, dass die Klingonen den Bewohnern auf der Oberfläche mit Waffen versorgt haben. Um dies heraus zu finden beamen Kirk und McCoy auf die Oberfläche und Scott bekommt den Orbit zu verlassen, damit diese die ''Enterprise'' nicht entdecken. Inzwischen begibt sich Spock aufgrund seiner schweren Verletzungen in eine Art Trance um sich selbst zu heilen. Um aus seine Trance wieder vollständig zu erwachen bitte Spock die [[Krankenschwester]] [[Christine Chapel]] ihn zu schlagen. Darauf beginnt Chapel Spock zu schlagen. In dem Moment kommt Scott hinzu und er versucht sie davon abzuhalten Spock zu schlagen, da er nicht versteht was hier vorgeht. Doch M'Benga greift schließlich ein und schlägt Spock aus seiner Trance. Darauf klärt M'Benga Scott über den ganzen Sachverhalt auf. Zur selben Zeit findet Kirk heraus, dass die Klingonen die Bewohner mit Waffen versorgen. Um ein Gleichgewicht der Kräfte zu bewahren befiehlt Kirk Scott er soll 100 Steinschoßgewehre an Tyrees Volk liefern. ({{TOS|Der erste Krieg}})
Wenig später beamt Scott ein Außenteam, welches von Kirk geführt wird, auf den Planetoiden [[Gamma II]]. Als Scott den Transportvorgang beginnt verschwinden jedoch Kirk, Chekov und Uhura vor seinen Augen. Scott meldet darauf Spock, dass das Außenteam aus unerklärliche Weise verschwunden ist. Auf Befehl von Spock untersucht Scott den Transporter, doch er findet keinen Fehler vor. Spock findet inzwischen auch kein Lebenszeichen des Außenteams auf Gamma II. Bei seinen Messungen entdeckt Spock eine unbekannte Energiespur und er folgt dieser. Als Spock mit der ''Enterprise'' den Orbit von Gamma II verlassen will, ist Scott genau so wie McCoy dagegen, denn die beiden vermuten, dass sich das Außenteam sich noch auf Gamma II befindet. Im Orbit von [[Triskelion]] entdeckt Spock das verschwundene Außenteam. Dort übernehmen die [[Versorger]] die Kontrolle über die ''Enterprise''. Wenig später gelingt es Kirk die Versorger herauszufordern und verlangt, wenn er gewinnt, dass die Sklaven befreit werden. Die Versorger gehen darauf ein und unerwartet gewinnt Kirk den Kampf. Darauf können Kirk, Chekov und uhura zur ''Enterprise'' zurück kehren. ({{TOS|Meister der Sklaven}})
[[Datei:Scott und Ann Mulhall.jpg|thumb|Scott hilft beim Bau eines Androiden.]]
Einige Zeit später wird Auf einen unbekannten Planeten erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von den [[Kelvaner]]n übernommen. Das Schiff wird so umgerüstet, dass Doch dieser Notruf entpuppt sich als Falle und die Kelvaner nehmen das Außenteam gefangen. Wenig später gelingt es den Kelvanern die ''Enterprise'' zu übernehmen. Die Kelvaner fliegen wenig später mit der ''Enterprise'' zur [[Andromeda-GalaxieGalaktische Barriere|Galaktischen Barriere]] fliegen kann. Die ganze Crew mit Ausnahme von und Spock und Scottwollen die ''Enterprise'' sabotieren, Kirk, Spock und McCoy werden alle in Quader verwandeltdoch dies schlägt fehl. Um die Übernahme im letzten Moment zu verhindern, manipuliert Scott auf Anweisung von Kirk den Antrieb, dass dieser beim eintritt in die Galaktische Barriere explodieren soll. Aber [[Rojan]] der Anführer der Kelvaner bemerkte den Plan und verhinderte die Sabotage. Später bemerken Kirk und Nachdem die ''Enterprise'' die anderenBarriere durchflogen hat, dass verwandeln die Kelvaner keine Emotionen kennenfast die gesamte Crew in Kristallblöcke. Die einzigen die ihre normale Gestalt behalten sind Kirk , Spock, McCoy und Scott. Die ''Enterprise'' fliegt nun zur [[Andromeda-Galaxie]]. Spock erkennt das die anderen Kelvaner [[Emotion]]en nicht verstehen und darauf versuchen die Schwäche der vier Offiziere die Kelvaner auszunutzenzu verwirren. Scott kümmert sich um den Kelvaner [[Tomar]]. Sie trinken zusammen einige Flaschen [[Saurianischer Brandy|saurianischen Brandy]], ein grünes Getränk und [[Scotch Whisky]]. Nachdem Tomar zu betrunken ist, versucht Scott seine Waffe zu stehlen. Aber auch Scott erliegt der Wirkung des Alkohols und schläft darauf ein. Später kann Auch bei den anderen Kelvanern zeigt diese List Wirkung. Die Kelvaner erkennen das sie in ihren menschlichen Körpern nicht mit Emotionen klar kommen und sie geben die ''Enterprise'' wieder von Kirk frei und kehren auf den Planeten zurück erobert werden, um sich dort eine neue Heimat zu errichten. ({{TOS|Stein und Staub}})
Wenige Wochen Wenig später wird erhält die ''Enterprise'' eine Botschaft von einem Wesen namens [[Sargon]] und dieser bittet Kirk mit einem Landetrupp auf den Planeten zu beamen. Kirk beamt darauf mit einem unbewohnten Landetrupp auf den Planeten gerufen. Scott soll im Auftrag von Sargon ein Außenteam auf den Planeten beamen, aber Scott traut dem ganzen nicht und schließlich beamt Sargon das Außenteam auf den Planeten. Der Landetrupp trifft auf Sargon, welcher sich als körperloses Wesen entpuppt. Sargon bittet das Außenteam sich die Körper von Kirk, Spock und [[Ann Mulhall]] ausleihen zu dürfen, damit er zusammen mit [[Thalassa]] und [[Henoch]] für sich Androidenkörper bauen können. Später will Sargon und einige seines Volkes die Körper von einigen Crewmitgliedern der ''Enterprise'' übernehmen. Scott weigert sich anfangs dies zu zustimmen, aber Kirk kann ihn damit überzeugen, welche technologische Möglichkeiten ihm Sargon und sein Volk bieten können. Dies überzeugt sogar Scottund er sagt seine Unterstützung zu. Später kann Scott mit zusehen wie unterstützt [[Thalassa]] beim Bau der Androiden, doch er versteht die fremdartige Technologie nicht. Kurz darauf versucht Henoch Sargon im Körper von Kirk zu töten, damit Henoch den Körper von Spock behalten kann. Mit einer List gelingt Henoch aus den Körper von Spock zu entfernen und seine Leute Androidenkörper für sich bauendabei kommt Henoch ums Leben. ({{TOS|Geist sucht Körper}})
[[Datei:Scott bei der Arbeit.jpg|thumb|left|Scott versucht den Computer M5 zu deaktivieren.]]
Im Orbit des Einige Zeit später soll die ''Enterprise'' nach dem vermissten Professor [[John Gill]] auf dem Planeten [[Ekos]] suchen. Gill hat den Auftrag gehabt, die Kultur der [[Ekosianer]] zu beobachten. Plötzlich wird die ''Enterprise'' von einer [[Rakete]] bewaffnet mit einem [[Atomwaffe|Atomsprengkopf]] angegriffen. Kirk begibt sich darauf auf die Oberfläche, um herauszufinden wiso die Ekosianer an solche Waffen gelangt sind. Scott beamt Scott darauf Kirk und Spock auf den Planeten die Oberfläche und bekommt wieder übernimmt das Kommando über das Schiffdie ''Enterprise''. Es stellt sich heraus, dass Gill gegn die oberste Direktive verstoßen hat und in die Kultur der Ekosianer eingegriffen hat. Kirk gelingt es jedoch einen großen Teil des Schadens zu beheben, welcher Gill angerichtet hat. ({{TOS|Schablonen der Gewalt}})
Im selben Jahr wird auf der Kurz darauf soll die ''Enterprise'' der neue den Computer [[M5]] getestet, welcher von Doktor [[Richard Daystrom]] entwickelt worden ist, testen. Dieser soll eine Raumschiffsbesatzung überflüssig machenM5 ist in der Lage ein Raumschiff allein zu führen. Es werden Simulationen auf dem Schiff durchgeführt und nur eine Rumpfmannschaft bleibt an Bord, darunter Scott der den Computer mit überwacht. Als der Computer die Kontrolle über Während des Test fällt Scott auf, dass Energie an Bord deaktiviert wird, doch Daystrom erklärt ihm das M5 die Energie deaktiviert hat, da sich in diesen Bereichen des Schiffes keine Crew mehr befindet. Die ersten Tests verlaufen erfolgreich für M5. Doch wenig später kommt es bei M5 zu einer Fehlfunktion und dieser zerstört den unbemannten Erzfrachter [[Woden|''EnterpriseWoden'' übernimmt ]]. Scott versucht Scott seine Energie abzuschaltendarauf die Energieverbindung von M5 zu deaktivieren. Bei dem Versuch stirbt einer seiner Männer [[Fähnrich]] [[Harper (Enterprise)|Harper]]. Später kann mit einem Trick Captain M5 hat die volle Kontrolle über die ''Enterprise'' und diese greift weitere Föderationsschiffe an und Commodore [[Robert Wesley]] ist gezwungen die ''Enterprise'' zu vernichten. Doch Kirk gelingt es M5 klar zu machen, dass er fehlerhaft gehandelt hat und darauf deaktiviert sich M5. Als Wesley erkennt, dass die ''Enterprise'' nicht mehr unter der Kontrolle von M5 steht, bricht die Flotte den Computer deaktivierenAngriff ab. ({{TOS|Computer M5}})
Mit Hilfe des Katapulteffekt springt die ''Enterprise'' ins Jahr [[1968]] zurück. Die Crew hat dort den Auftrag herauszufinden, warum eine mit Atomsprengköpfen bestückte [[Rakete]] vom Kurs abkommt und explodiert, bevor sie Schaden anrichten kann. Dort angekommen treffen sie auf [[Gary Seven]] einen Menschen, der von Außerirdischen ausgebildet worden ist, um zu verhindern, dass die Menschheit sich selbst auslöscht. Gary Seven kann auf die Erde entkommen. Kirk und Spock folgen ihn auf die Erde, während Scott das Kommando über die ''Enterprise'' übernimmt. Mit Hilfe eines eines Wettersatelliten findet Scott Gary Seven. Er versucht ihn wieder an Bord zu beamen aber Seven kann das mit seiner Technik verhindern. Am Ende finden Kirk und Spock heraus, dass Seven für die Explosion für den Atomsprengkopf verantwortlich ist um die Menschheit so vor der nuklearen Bedrohung zu warnen. ({{TOS|Ein Planet, genannt Erde}})
