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Einige Wochen später übergibt Kirk Scott wieder das Kommando über die ''Enterprise'', als dieser seinen Freund [[Tyree (Person)|Tyree]] besucht. Scott bekommt den Auftrag hat in dieser Zeit wieder das Kommando über die ''Enterprise'' vor den Klingonen zu schützen. Auf der Oberfläche wird Spock angeschossen und dabei schwer verletzt . Auf McCoys befehl beamt Scott das Außenteam zurück auf die ''Enterpriese''. Als Experte für vulkanische Medizin kümmert sich Doktor [[M'Benga]] um Spock. Kirk vermutet, dass die Klingonen den Bewohnern auf der Oberfläche mit Waffen versorgt haben. Um dies heraus zu finden beamen Kirk und wird McCoy auf die Oberfläche und Scott bekommt den Orbit zu verlassen, damit diese die ''Enterprise zurück gebracht'' nicht entdecken. Aufgrund Inzwischen begibt sich Spock aufgrund seiner schweren Verletzungen begibt sich Spock in eine Art Trance um sich selbst zu heilen. Um aus seine Trance wieder vollständig zu erwachen bitte Spock die [[Krankenschwester ]] [[Christine Chapel ]] ihn zu schlagen. Darauf beginnt Chapel Spock zu schlagen. In dem Moment kommt Scott hinzu und er versucht sie davon abzuhalten Spock zu schlagen, da er nicht versteht was hier vorgeht. Doch Doktor [[M'Benga]] greift schließlich ein und schlägt Spock aus seiner Trance. Darauf klärt er M'Benga Scott über den ganzen Sachverhalt auf. Später bekommt Zur selben Zeit findet Kirk heraus, dass die Klingonen die Bewohner mit Waffen versorgen. Um ein Gleichgewicht der Kräfte zu bewahren befiehlt Kirk Scott den Auftrag er soll 100 Steinschoßgewehre an Tyrees Volk liefern, um ein Gleichgewicht der Kräfte auf der Oberfläche zu halten. ({{TOS|Der erste Krieg}})

Wenig später beamt Scott beamt kurz darauf Kirk und ein Außenteam , welches von Kirk geführt wird, auf den Planetoiden [[Gamma II]]. Als Scott den Transportvorgang beginnt verschwinden jedoch Kirk, als diese plötzlich Chekov und Uhura vor seinen Augen verschwinden. Es stellt sich herausScott meldet darauf Spock, dass das Außenteam nicht aus unerklärliche Weise verschwunden ist. Auf Befehl von Spock untersucht Scott den Transporter, doch er findet keinen Fehler vor. Spock findet inzwischen auch kein Lebenszeichen des Außenteams auf der Oberfläche angekommen, sondern nach [[Triskelion]] entführt worden istGamma II. Bei seinen Messungen entdeckt Spock eine unbekannte Energiespur und er folgt dieser. Als Spock mit der ''Enterprise'' den Orbit von Gamma II verlassen will, ist Scott genau so wie McCoy dagegen, denn die beiden vermuten, dass sich das Außenteam sich noch auf Gamma II befindet. Es stellt sich aber heraus, dass Im Orbit von [[Triskelion]] entdeckt Spock recht gehabt hat, das verschwundene Außenteam. Dort übernehmen die [[Versorger]] die Kontrolle über die ''Enterprise'' findet . Wenig später das Außenteam auf gelingt es Kirk die Versorger herauszufordern und verlangt, wenn er gewinnt, dass die Sklaven befreit werden. Die Versorger gehen darauf ein und unerwartet gewinnt Kirk den Planet TriskelionKampf. Darauf können Kirk, Chekov und uhura zur ''Enterprise'' zurück kehren. ({{TOS|Meister der Sklaven}})

Kurz darauf Als sich ein Außenteam auf dem Planeten [[Argus X]] befindet, wird das Außenteam von der [[Dikironium-Nebelkreatur|nebelförmigen Lebensform]] angegriffen. Den Opfern wird sämtliches [[Blut|Hämoglobin]] entnommen. Kirk beginnt sich während der Zeit seltsam zu Verhalten. Scott muss Scott Kirk daran erinnern, wichtige Medikamente an die [[USS Yorktown|USS ''Yorktown'']] zu liefern. Aber Kirk hält es zu der Zeit für wichtiger, die [[Dikironium-Nebelkreatur]] zu jagen, da er dieses Wesen für sehr [[Gefahr|gefährlich]] hält. Kirk Später gelingt es Kirk das Wesen mit einer [[Antimateriebombe]] zu vernichten und Scott gelingt es Kirk und Fähnrich [[Garrovick (Fähnrich)|Garrovick]] rechtzeitig aus der Gefahrenzone zu beamen. ({{TOS|Tödliche Wolken}})

Als Wenig später fliegt die ''Enterprise'' zur [[Sternenbasis 6]], damit sich die Crew dort erholen kann. Allerdings bekommt die ''Enterprise'' auf den Auftrag nach der Suche nach dem Raumschiff vermissten [[USS Intrepid (NCC-1631)|USS ''Intrepid'']] befindet, gerät das Schiff in zu suchen. Die ''Enterprise'' findet auf dem Kurs der ''Intrepid'' eine Art Dunkelzoneim Weltraum und fliegt in diese hinein. Diese Dunkelzone entzieht dem Schiff Während die ''Enterprise'' in die Zone rein fliegt, brechen viele der Crew zusammen und den Menschen ihre Energiewerden Ohnmächtig. Auch Scott bemerkt, dass er sich beginnt schwächer zu fühlen. Er meldet Kirk, dass auch die enterprise von einem massiven Energieverlust betroffen ist davon betroffen. Scott versucht den Antrieb neu auszurichten, um aus dieser Dunkelzone zu entkommen, doch die Energie des Schiffes reicht dafür nicht aus. Später stellt sich heraus, dass eine riesige [[Weltraumamöbe]] für diese Zone und der Vernichtung der ''Intrepid'' verantwortlich ist. Da die Dunkelzone zu einer riesigen Amöbe eine Bedrohung für umgebene Systeme ist, muss Kirk diese vernichten. Die Amöbe wird durch eine [[Antimaterie]]-[[WeltraumamöbeExplosion]] gehörtvernichtet und die ''Enterprise'' kehrt in den normalen Raum zurück. Nachdem die Amöbe vernichtet worden ist, treten Scott und der Rest der Crew ihren verdienten Urlaub an. ({{TOS|Das Loch im Weltraum}})

Im Orbit von [[Sigma Iotia II]] erhält Scott wieder das Kommando über die ''Enterprise'', während sich der Captain auf der Oberfläche befindet. Dieser wird dort von einem Gangsterboss mit Namen [[Bela Okmyx]] gefangen genommen. Okmyx verlangt von Scott für ihre Freiheit Waffen, damit er allein über den Planeten herrschen kann. Scott geht aber auf die Forderung nicht ein. Später kann der Captain sich und die anderen befreien. Scott bekommt von Kirk darauf erst den Auftrag, den Gangsterboss [[Jojo Krake|Krake]] an Bord der ''Enterprise'' zu beamen und danach alle Gangsterbosse in das Büro von Okmyx zu beamen. Vor Doch wenig später kommt es vor dem Büro von Okmyx kommt es zu einem Bandenkrieg zwischen den Gangstern, um ihre Bosse zu befreien. Kirk nimmt in dieser Zeit Verbindung zu Scott bekommt den Auftrag, auf und befiehlt ihn mit den Phaserkanonen der ''Enterprise'' sie die außer Gefecht zu setzen. Nachdem sich die Lage entspannt hat wird Frieden auf den Planeten geschlossen. ({{TOS|Epigonen}})