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Während seiner Zeit bei der Sternenflotte wird Eddington Mitglied einer Widerstandszelle des [[Maquis]] in der [[Entmilitarisierte Zone|Demilitarisierten Zone]], wobei er zunächst seine Position als Sternenflottenoffizier ausnutzt und auf der Raumstation bleibt. Eddington nutzt seine Position als Sicherheitschef aus, um den Maquis mit Informationen zu versorgen. Zu der Zeit beliefert die Föderation zwölf [[Industriereplikator|Industriereplikatoren]]en an die [[Cardassianer]] und der [[Konvoi]] passiert auch Deep Space 9. Gleichzeitig [[Verdacht|verdächtigen]] Odo und Eddington [[Kasidy Yates]], die Freundin von Sisko, dass diese für den Maquis arbeitet. Sisko bittet die beiden, dass diese ein Auge auf Yates halten, um zu sehen, ob sich dieser Verdacht bestätigt. Die ''Defiant'' folgt unter dem Kommando von Worf der [[Xhosa|''Xhosa'']] in die [[Badlands]] und dort trifft sich Yates mit einem Maquis-Schiff. Nach diesen Ereignissen schlagen Odo und Eddington Sisko vor, Yates [[Verhaftung|verhaften]] zu lassen. Eddington schlägt vor sich persönlich um die Überwachung der Replikatoren zu kümmern, während Sisko persönlich mit der ''Defiant'' in die Badlands fliegt. Sisko überwacht die ''Xhosa'', aber diesmal erscheint kein Maquis-Schiff. Die ''Defiant'' wartet fünf Stunden und schließlich enttarnt sich man sich und Sisko stellt Yates zur Rede. Sisko und Odo verhaften darauf Yates, da diese Güter für den Maquis geliefert hat und Yates erklärt Sisko, dass sie den Auftrag gehabt hat in den Badlands zu warten. Zur selben Zeit stiehlt Eddington die Industriereplikatoren und setzt dabei Kira außer Gefecht. Eddington übergibt die Replikatoren dem Maquis und taucht unter. Sisko und Odo tun alles, um ihn zu finden, doch sie sind dabei erfolglos. Eddington sendet Sisko eine Botschaft, in der er seine Motive erklärt. Doch Sisko setzt nun alles daran, den [[Verräter]] auf zu spüren und zu verhaften. ({{DS9|In eigener Sache}})

[[2373]] steigt Eddington zum Führer einer Maquiszelle auf. In dieser Zeit schließt Eddington viele Freundschaften darunter mit [[Calvin Hudson]]. Während dieser Zeit lernt Eddington den Wert von richtiger [[Nahrung]] zu schätzen und er beginnt [[Replikator|repleziertesrepliziertes]] Essen zu verabscheuen. Eddington hat sogar seinen eignen eigenen [[Garten]], in dem er [[Pflanze|Pflanzen]]n aufzieht. Wenig später lernt Eddington [[Rebecca Sullivan]] kennen. Die beiden [[Liebe|verlieben]] sich und [[Hochzeit|heiraten]] schließlich. ({{DS9|Glanz des Ruhms}})

Sisko versucht zur selben Zeit , den Verräter Eddington auf zu spüren aufzuspüren und schließlich findet er ihn schließlich auf [[Marva IV]]. Beide führen ein Streitgespräch über den Maquis und den Verrat von Eddington. Eddington bedroht Sisko darauf mit einer [[Waffe]], doch er lässt Sisko gehen und beamt auf sein Schiff. Sisko lässt darauf Eddington sofort mit der ''Defiant'' verfolgen. Zusammen mit der [[USS Malinche|USS ''Malinche'']] unter dem [[Kommando]] von Captain [[Sanders (Captain)|Sanders]] lässt Sisko Eddingtons Schiff verfolgen. Als die ''Defiant'' Eddingtons Schiff aufspürt, aktiviert Eddington einen [[Kaskadenvirus]], welcher den [[Computerspeicher]] der ''Defiant'' löscht und nun ist das Schiff kampfunfähig. Eddington meldet sich bei Sisko und erklärt, dass er die ''Defiant'' ziehen lässt, da er sich nicht im Krieg mit der Föderation, sondern mit den Cardassianern befindet. Da die ''Defiant'' nun außer Gefecht gesetzt ist, übergibt die Sternenflotte Sanders den Auftrag , Eddington zu fangen. Inzwischen gelingt es Eddington mit Hilfe von [[Biologische Waffe|biologischen Waffen]] die [[Atmosphäre]] der cardassianischen Kolonie [[Veloz Prime]] zu [[Gift|vergiften]]. Da sich außer der ''Malinche'' kein weiteres Schiff der Sternenflotte im Sektor befindet, nimmt Sisko die schwer beschädigte ''Defiant'' um Eddington aufzuhalten. Inzwischen gelingt es Eddington mit einem Trick die ''Malinche'' außer Gefecht zu setzen. Später vergiftet Eddington auch [[Quatal Prime]] und die Cardassianer müssen auch diese Kolonie aufgeben. Die ''Defiant'' erreicht zwar den Planeten und hilft bei der [[Evakuierung]] der Cardassianer, doch Eddington kann wieder entkommen. Da Eddington immer wieder entkommen kann, bleibt Sisko nur eine Wahl: er muss auch zu einem Bösewicht werden. Sisko beginnt nun , Maquiskolonien anzugreifen. Mit einem [[Trilithium]]-Sprengsatz vergiftet Sisko die Atmosphäre von [[Solosos III]]. Eddington kann nicht glauben, dass Sisko dazu in der Lage ist und als Sisko weitere Planeten des Maquis auslöschen will, ergibt sich Eddington. Darauf Daraufhin wird Eddington zurück zur Station gebracht und von Odo in Gewahrsam genommen. ({{DS9|Für die Uniform}})

Eddington wird auf eine [[Sternenbasis]] gebracht und verbringt die nächsten Monate in Haft. Während sich Eddington in [[Arrest]] befindet, hört er von vom [[Cardassias Anschluss an das Dominion|Anschluss Cardassias an das Dominion]]. Eddington erfährt, dass der Maquis vollständig vom Dominion ausgelöscht worden ist und er macht sich Vorwürfe, dass mit seiner Hilfe einige seiner [[Freund|Freunde]]e beim Maquis hätte hätten gerettet werden können. Während seiner Haft muss Eddington an einigen psychologischen Sitzungen teilnehmen. ({{DS9|Glanz des Ruhms}})

Gegen Ende 2373 besucht Sisko Eddington. Von Sisko erfährt Eddington, dass der Maquis versucht, [[Cardassia]] mit getarnten [[Massenvernichtungswaffe|Massenvernichtungswaffen]]n anzugreifen und somit einen totalen Krieg zwischen der Föderation und dem Dominion aus lösen auslösen könnte. Um die Abschussbasis der Raketen zu finden und sie von dort aus zu zerstören, holt Captain Sisko Michael Eddington aus dem [[Gefängnis]]. Eddington begleitet Sisko nur widerwillig, da er nichts mehr zu verlieren hat. Die beiden fliegen in einem Runabout in die Badlands, um die Raketenbasis ausfindig zu machen. Während des Fluges unterhalten sich Sisko und Eddington über den Verrat und Eddingtons Leben beim Maquis. Als die [[Jem'Hadar]] das Runabout angreifen, lässt Sisko Eddington frei, damit er ihm bei der Steuerung des Runabouts hilft. Eddington gelingt es mit Hilfe seines Wissens über die Badlands den Jem'Hadar zu entkommen. Sisko ist zwar dankbar für Eddingtons Hilfe, doch Eddington [[Schwur|schwört]] Sisko, dass er Sisko nach dieser Mission töten wird. Schließlich erreichen die beiden [[Athos IV]], auf dem sich die Raketenbasis befindet. Doch auch dort befinden sich Jem'Hadar und diese greifen Sisko und Eddington an. Den beiden gelingt es jedoch die Jem'Hadar außer Gefecht zu setzen. Wenig später entdecken die beiden viele tote Maquisanhänger und Eddington ist am Verzweifeln, da er nun endgültig begriffen hat, dass der Maquis seinen Kampf verloren hat. Sisko versucht Eddington aufzumuntern und die beiden suchen nach der Abschussbasis. Doch statt der Basis finden die beiden überlebende Maquismitglieder, darunter die Frau von Eddington. Sisko wundert fragt sich , wo die Abschussbasis ist und Eddington erklärt, dass die Botschaft mit den Angriff auf Cardassia und sein widerwilliges Verhalten ein Trick gewesen ist, damit Sisko die überlebenden Maquismitglieder von Athos IV rettet. Darauf schlägt Sisko Eddington nieder, da er es hasst, [[Lüge|belogen]] zu werden. Plötzlich greifen weitere Jem'Hadar die Gruppe an und diese flieht zu dem Runabout. Eddington und Sisko versuchen , die Jem'Hadar aufzuhalten, damit die Überlebenden fliehen können. Doch bei den Kämpfen wird Eddington schwer verletzt und er verlangt von Sisko, dass dieser gehen soll, damit wenigstens dieser gerettet wird. Sisko flieht mit den Maquisüberlebendenüberlebenden Maquismitgliedern, während Eddington die Jem'Hadar ablenkt. Bei diesem Kampf wird Eddington von den Jem'Hadar erschossen und stirbt. Sisko und die Maquismitglieder können dank Eddingtons [[Opfer (Aufgabe)|Opfer]] entkommen und Sisko zollt Eddington letztendlich Respekt, da dieser stets für seine Sache , den Maquis , bis zum bitteren Ende gekämpft hat. ({{DS9|Glanz des Ruhms}})