Martok wurde vor dem Ausbruch des Krieges vom [[Dominion]] entführt und von einem [[Wechselbalg]] ersetzt, der seine Position als Berater und Vertrauter [[Gowron|Kanzler Gowrons]] ausnützte um die Feindseligkeiten zwischen dem klingonischen Reich und der [[Föderation]] zu schüren. [[2373]] wurde er dann von [[Worf]] und [[Garak]] aus dem [[Internierungslager 371]] der [[Jem'Hadar]] befreit, woraufhin Martok der offizielle Repräsentant des klingonischen Reiches auf [[Deep Space 9]] wurde. Er verlor im Internierungslager sein linkes Auge.

Martok hat während des [[Dominion-Krieg]]s das Kommando über die [[IKS Rotarran]] und die [[9. Flotte]]. Im Laufe des Krieges kann er viele Erfolge in Schlachten erzielen und ist im ganzen Reich ein geachteter Krieger. Dies missfällt jedoch [[Gowron]] der darauf hin Martok in immer ausweglosere Schlachten schickt, aus denen er jedoch auch Siegreich hervorgeht. Gegen Ende des Krieges wird er zum Kanzler des Reichs ernannt, als Worf [[Gowron]] aufgrund dessen Inkompetenz herausfordert und diesen tötetund auf das Kanzleramt -welches ihm zugestanden hätte- verzichtet.