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Ende [[2373]] brach zwischen dem [[Dominion]] und der Allianz aus [[Föderation]] und [[Klingonen]] der Krieg aus. In den ersten Monaten nach Beginn des Krieges hatten erlitten die Klingonen und die Föderation hohe Verluste. Als die Föderation [[Deep Space Nine]] zurück erobern musste aufgegeben werden. Als die Föderation die strategisch wichtige Station jedoch zurückerobern wollte, war [[Gowron]] anfangs gegen den Planzunächst dagegen. Erst General [[Martok]] und [[Worf]] überzeugten ihn , Flotten mit in die Schlacht zu schicken. Gemeinsam mit der Föderation eroberten sie [[Deep Space Nine ]] zurück.(''[[DS9]]: "[[Sieg oder Niederlage]]"'')

Als Nachdem die [[Romulaner]] mit in den Krieg hinein gezogen wurden waren die , formierte sich in den Reihen der Klingonen anfangs gar nicht begeistertWiderstand. Sie sahen aber ein, dass man die Romulaner brauchte , um den Krieg zu gewinnen.Die Klingonen kämpften auch erfolgreich in weiteren vielen Schlachten mit , wie bei z.B. in der [[Erste Schlacht von Chin'toka]] und bei in der [[Schlacht um Septimus III]].

Mit den [[Breen]] an ihrer Seite gewann das Domnion wieder an Macht. Es kam zu einer verheerenden Niederlage bei der [[Zweite Schlacht von Chin'toka]] für die Allianz. Die Breen setzten ihre neue Energie Waffe ein und vernichteten fast die gesamte Flotte. Lediglich ein klingonischer [[Bird of Prey]] kann konnte der neuen Waffe der Breen widerstehen. Mit den seinen neuen Modifikationen kann konnte die Klingonische Flotte die Breen einige Zeit zurückhalten.(''[[DS9]]: "[[Im Angesicht des Bösen]]"'')

In dieser Zeit versuchte [[Gowron]] mehr Ansehen im Reich zu erlangen. Er versuchte, [[Martok]] zu diskreditieren und leitet deshalb sinnlose Angriffe auf das [[Dominion]] ein. Die Klingonen erlitten mehrere Niederlagen, für die [[Gowron]] General [[Martok]] verantwortlich machte. [[Worf]] warf deshalb [[Gowron]] vor, unehrenhaft zu handeln und foderte ihm zum Kampf herraus. [[Worf]] tötete [[Gowron]] und wurde daraufhin zum Kanzler ernannt. [[Worf]] gab das Amt jedoch an [[Martok]] weiter und [[Martok]] wurde der neue Kanzler der Klingonen.(''[[DS9]]: "[[Kampf mit allen Mitteln]]"'') Nachdem die [[Föderation ]] und die [[Romulaner ]] eine Möglichkeit gefunden hatten , sich gegen die Breen Waffe zu verteidigen, plante führte die Allianz einen Großangriff gegen das [[Dominion auf ]] bei [[Cardassia ]] Primedurch. Anfangs lief die Schlacht schlecht für die Allianz erst als . Erst nachdem sich die Cardassianer überliefen und die Dominion Flotte angriffen gewann die der Allianz anschlossen, konnte sie die Oberhandgewinnen. Bei [[Cardassia Prime]] wurde wurden die Domnion, Flotten des [[Dominion]] und der [[Breen Flotte ]] umzingelt und das vernichtet. Das [[Dominion kapitulierte]] musste kapitulieren. Die [[Klingonen ]] waren bei der Unterzeichnug Unterzeichnung der Friedensvertärge Friedensverträge mit dem [[Dominion ]] anwesend.(''[[DS9]]: "[[Das, was du zurückläßt, Teil II]]"'') Nach dem Dominion-Krieg erholten sich die Klingonen von den Anstrengungen des Krieges und rüsteten ihre Flotte wieder auf. Der Frieden war vorerst gesichert. Da die [[Klingonen]] eine Rasse von Kriegern sind, ist der nächste Konflikt jedoch nur eine Frage der Zeit...