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Nachdem ein Außenteam der Voyager auf einem Planeten Anzeichen einer Zivilisation findet und Chakotay ein Symbol als das des [[Kautschukbaumvolk]]s auf der Erde identifiziert, spricht sie mit ihm über den Glauben seines Stammes. Als sie ihn fragt, ob er an die "[[Geister des Himmels]]" glaubt, stellt Chakotay die Gegenfrage, wie stark ihr Glaube an [[Adam und Eva]] sei. Sie folgen der Spur zu einem weiteren Planeten. Chakotay führt ein Außenteam auf diesen. Nachdem er dort in einem Sturm verletzt wird und nicht zurückgebeamt werden kann, will Janeway selbst ein Außenteam auf den Planeten führen. Da ein Beamen nicht möglich ist, befiehlt sie die ''Voyager'' auf dem Planeten zu landen. Dies wird jedoch dadurch verhindert, dass das Raumschiff in einen [[Zyklon]] gerät. Als sie kurz vor dem Aufschlag auf den Planeten stehen, hört der Sturm plötzlich auf, da Chakotay mit den Fremden zu einem Ausgleich gekommen ist. ({{VOY|Tattoo}})
Zehn Monate, nachdem die ''Voyager'' in den Delta-Quadranten gezogen wurde, empfängt die Crew erneut [[sporozystianische Biozeichen]] und Janeway beschließt, dem nachzugehen. Bei den Koordinaten eingetroffen, finden sie eine kleinere Version der Station des Fürsorgers vor. Der Captain nimmt Kontakt mit den dort lebenden Ocampa auf. Diese sind anfänglich recht feindseelig feindselig eingestellt, da die Kazon den Ruf der ''Voyager'' in Verruf ziehen, um die Suche nach Alliierten zu erschweren. Nachdem sie jedoch feststellen, dass sich Kes an Bord des Schiffes befindet, werden sie freundlicher. Die Ocampa erklären sich bereit, die Crew zu [[Suspiria]] zu bringen, der ehemaligen Gefährtin des Fürsorgers. Janeway möchte nicht der Gunst dieser ausgesetzt sein und beauftragt ihre Offiziere, ein Gerät zu entwickeln, welches das Wesen kurzzeitig paralysieren kann. Bei den Koordinaten eingetroffen, bewahrheitet sich ihre Befürchtung. Nach einem Gespräch mit Suspiria, in welchem sie der Crew die Schuld am Tod ihres Gefährten gibt, wird Janeway von ihr angegriffen. Jedoch gelingt es ihr, mit Kes' Hilfe, Suspiria außer Gefecht zu setzen.
Kurz darauf verschwindet das Wesen wieder im Subraum und eine weitere Gelegenheit, nach Hause zu kommen, erlischt mit ihr. ({{VOY|Suspiria}})
Die ''Voyager'' empfängt ein Föderationssignal und Janeway beschließt, dem nachzugehen. An der Quelle angekommen, stellt die Crew fest, das diese sich in einem Nebel befindet. Unsicher ob es ein authentisches Signal ist, planen sie die Bergung. Bevor diese jedoch beginnen kann, wird das Schiff von den Kazon Nistrim angegriffen. Diesen gelingt es, nach Enterung der ''Voyager'', ein Transportermodul zu entwenden. Janeway versucht mit allen Mitteln, das angreifende Schiff zu stoppen und dabei stellt sich heraus, dass sich Seska auf eben jenem befindet. Die Versuche scheitern und die Kazon können entkommen. Nachdem die Reparaturen beendet sind, will sich der Captain die Technologie zurückholen, jedoch kommt ihr Commander Chakotay zuvor. Dieser entwendet ein Gerät zur Zerstörung des Moduls und begibt sich auf eigene Faust zu Seska.
Janeway ist außer sich vor Wut, da Chakotay die gesamte Kommandostruktur, sowie alle Prinzipien, an die er glaubt, unterwandert hat. Sie befiehlt Tuvok, die Sicherheitsmaßnahmen an Bord des Schiffes zu erhöhen, damit dies nicht wieder vorkommen kann. In einem Gespräch mit Torres, welche Partei für ihn ergreift, findet sie die Beweggründe für sein handeln Handeln heraus, kann dies aber weiterhin nicht gutheißen. Jedoch ist sie der [[Ingenieur]]in dankbar, dass sie ihr diese Einblicke verschafft hat und beschließt nun, entgegen dem Wunsch des Commanders, eine Rettungsaktion durchzuführen. Die riskante Aktion gelingt und Chakotay kann gerettet werden. Im darauffolgenden Gespräch zwischem dem Captain und dem Commander stellt sie unmissverständlich klar, dass sie ein solches Verhalten nicht erneut tolerieren wird. ({{VOY|Das Signal}})
Ein Außenteam der ''Voyager'' befindet sich auf dem Heimatplaneten der Alsaurianer, um Tellerium zu besorgen. Diese Substanz ist entscheidend für die Funktion des Warpantriebes. Da der Planet von einem Regime kontrolliert wird, welches Handel mit Außenstehenden streng verbietet, operiert das Team undercover.
