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Zwecks Generalüberholung landet die USS ''Voyager'' auf einem unbewohnten Planeten. Während der Arbeiten erkundigt sie sich bei Chefingenieurin Torres nach der Dauer der Reparaturen und drängt sie diese schneller zu erledigen, worauf sie jedoch antwortet, dass dies nicht möglich ist. Wenig später nimmt man Kontakt mit den [[Annari]] auf und Janeway führt mit Chakotay deren Captain [[Geral]] durch das Schiff. Als man gerade Handelsgespräche führt, wird sie von Harry Kim gerufen, der sich nach dem Status der ''Voyager'' erkundigt. Sie beruhigt ihn und wird wenig später darüber informiert, dass er näher ist, als er angegeben hatte. Im Besprechungsraum wird sie von Kim und [[Loken]] über die Situation informiert, dass Kim einem Schiff der [[Kraylor]] zu Hilfe gekommen ist und dieses an den Annari vorbeigeführt hat. Nachdem Loken gegangen ist, spricht sie ein ernstes Wort mit Kim. Dieser rechtfertigt seine Entscheidung. Als sie erwägt Tuvok oder Chakotay auf dem Schiff mitzuschicken, bittet Kim darum das Kommando behalten zu dürfen. Wenig später verlangen die Annari den Abzug der ''Voyager'' und Janeway lässt einen Kurs setzen. ({{VOY|Nightingale}})
Bald darauf empfängt man den Notruf von Hirogen und Janeway lässt Kurs auf dessen Quelle setzen. Dort trifft man auf eine Raumstation der Hirogen. Da keine Hirogenschiffe in der Nähe sind, entschließt sie sich ein Außenteam auf die Station zu schicken. Das Außenteam findet einen Überlebenden und 43 getötete Hirogen, von denen Chakotay Janeway berichtet. Sie erkennen, dass diese Simulation von der Holotechnologie stammt, die sie den Hirogen vor drei Jahren überließen. Auf der Krankenstation weigert sich Donik inzwischen vom Doktor behandelt zu werden, da dieser ein Hologramm ist. Janeway bittet den Doktor sich zu deaktivieren und beruhigt inzwischen Donik. Dieser berichtet ihr davon, dass die Hologramme die Kontrolle über die Anlage erlangten und die Hirogen töteten. Sie werden jedoch von Tuvok unterbrochen, der dem Captain meldet, dass sich ein Hirogenschiff nähert. Als dieses die ''Voyager'' angreift, lässt sie es rufen. Jedoch antworten die Hirogen erst nachdem, man das Feuer erwidert hat und fordern den Abzug der ''Voyager''. Nachdem Janeway ihn darüber informiert, dass es auf der Trainingsanlage nur einen Überlebenden gibt, kommt er an Bord der ''Voyager'' und befragt diesen in Anwesenheit von Janeway auf der Krankenstation. So erfährt sie, dass die Hologramme mit einem Raumschiff mit Holoemittern geflohen sind. Nachdem Seven of Nine das Raumschiff der Hologramme lokalisieren kann, bittet Janeway den Alpha, an der Jagd teilnehmen zu dürfen. Dieser stimmt dem zu. Nachdem das Hirogenschiff im Kampf schwer beschädigt wird, beamt man die Überlebenden an Bord. Jedoch dringen die Hologramme in die Holosysteme der Krankenstation ein und entführen den Doktor. Janeway gibt Befehl das MHN zurückzubeamen, jedoch ist das Schiff der Hologramme bereits auf Warp gegangen. Torres untersucht inzwischen die Daten der Hologramme und stellt fest, dass diese verbessert wurden, um wie Humanoide zu handeln. Daher begibt sich Janeway ins Kasino, um Donik zur Rede zu stellen. Dort ist inzwischen der Beta zu Bewusstsein gekommen und verlangt als neuer Alpha eine Erklärung. Janeway informiert ihn über die Situation und den Plan, die Hologramme aus der Ferne zu deaktivieren. Der Alpha lehnt dies ab, weshalb Donik ihr helfen will. Janeway verlässt daraufhin mit Donik das Kasino. Es gelingt das Schiff der Hologramme aufzuspüren und man versucht diese zu deaktivieren. Jedoch transferiert sich der Doktor auf das Schiff der Hologramme und ermöglicht diesen die Flucht. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil I}})
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