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Wenig später wird die ''Voyager'' von den [[Lokirrim]] angegriffen, weil sie photonische Aktivität auf dem Schiff feststellen und sich in einem Krieg mit Photonischen befinden. Daher lässt Janeway die Holodecks abschalten. Als Tuvok trotz einer "tarkaleanischen Grippe" seinen Dienst auf der Brücke antritt, rät ihm Janeway das Holodeck aufzusuchen. In diesem Augenblick werden sie von Seven of Nine kontaktiert, die auf einem lokirrimischen Patrouillenschiff festgehalten wird. Janeway lässt daher die Eskorte kampfunfähig schießen und einen Abfangkurs setzen. Als man das Schiff erreicht, kontaktiert Janeway [[Ranek]]. Anschließend versuchen sie das fremde Schiff festzuhalten. Dies hat zur Folge, dass Ranek verletzt wird und vom Doktor behandelt und gerettet werden kann. Daher lassen die Lokirrim die beiden frei und gewähren der ''Voyager'' freien Abzug. ({{VOY|Körper und Seele}})
Zwecks Generalüberholung landet die USS ''Voyager'' auf einem unbewohnten Planeten. Während der Arbeiten erkundigt sie sich bei Chefingenieurin Torres nach der Dauer der Reparaturen und drängt sie diese schneller zu erledigen, worauf sie jedoch antwortet, dass dies nicht möglich ist. Wenig später nimmt man Kontakt mit den [[Annari ]] auf und Janeway führt mit Chakotay deren Captain [[Geral]] durch das Schiff. Als man gerade Handelsgespräche führt, wird sie von Harry Kim gerufen, der sich nach dem Status der ''Voyager'' erkundigt. Sie beruhigt ihn und wird wenig später darüber informiert, dass er näher ist, aler als er angegeben hatte. Im Besprechungsraum wird sie von Kim und [[Loken ]] über die Situation informiert, dass Kim einem Schiff der [[Kraylor]] zu Hilfe gekommen ist und dieses an den Annari vorbeigeführt hat. Nachdem Loken gegangen ist, spricht sie ein ernstes Wort mit Kim. Dieser rechtfertigt seine Entscheidung. Als sie erwägt Tuvok oder Chakotay auf dem Schiff mitzuschicken, bittet Kim darum das Kommando behalten zu dürfen. Wenig später verlangen die Annari den Abzug der ''Voyager'' und Janeway lässt einen Kurs setzen. ({{VOY|Nightingale}}) Bald darauf empfängt man den Notruf von Hirogen und Janeway lässt Kurs auf dessen Quelle setzen. Dort trifft man auf eine Raumstation der Hirogen. Da keine Hirogenschiffe in der Nähe sind, entschließt sie sich ein Außenteam auf die Station zu schicken. Das Außenteam findet einen Überlebenden und 43 getötete Hirogen, von denen Chakotay Janeway berichtet. Sie erkennen, dass diese Simulation von der Holotechnologie stammt, die sie den Hirogen vor drei Jahren überließen. Auf der Krankenstation weigert sich Donik inzwischen vom Doktor behandelt zu werden, da dieser ein Hologramm ist. Janeway bittet den Doktor sich zu deaktivieren und beruhigt inzwischen Donik. Dieser berichtet ihr davon, dass die Hologramme die Kontrolle über die Anlage erlangten und die Hirogen töteten. Sie werden jedoch von Tuvok unterbrochen, der dem Captain meldet, dass sich ein Hirogenschiff nähert. Als dieses die ''Voyager'' angreift, lässt sie es rufen. Jedoch antworten die Hirogen erst nachdem, man das Feuer erwidert hat und fordern den Abzug der ''Voyager''. Nachdem Janeway ihn darüber informiert, dass es auf der Trainingsanlage nur einen Überlebenden gibt, kommt er an Bord der ''Voyager'' und befragt diesen in Anwesenheit von Janeway auf der Krankenstation. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil I}})
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