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Als die ''Voyager'' bei einem Angriff der Kazon schwer beschädigt wird, entschließt sie sich zu Verhandlungen mit mehreren Kazon-Sekten über eine Allianz. Sie selbst spricht mit Culluh und Seska, um sie einzuladen. Diese treffen auf der ''Voyager'' ein und sind einer Allianz gegenüber aufgeschlossen. Jedoch beharrt Culluh auf einem Austausch von Besatzungsmitgliedern, was Janeway kategorisch ablehnt. Daher scheitern die Verhandlungen. Nachdem Neelix überfällig ist, will sie zunächst zwei Stunden warten, ehe sie nach Sobras fliegen. Gerade als sie aufbrechen wollen, trifft eine Flotte von Trabe-Schiffen mit Neelix ein. Sie verhandelt mit Mabis, dem Gouverneur der Trabe und sie schließen eine Allianz. Unter diesem Eindruck kommt es zu neuen Verhandlungen mit Seska und Culluh. Diese Verhandlungen, scheitern jedoch, da die Trabe einen Anschlag auf die Konferenz verüben. Janeway wird rechtzeitig hochgebeamt mit dem Außenteam. Nachdem der Gouverneur auf sein Schiff gebeamt wurde, bricht die ''Voyager'' auf. In einer Ansprache vor den Führungsoffizieren beteuert Janeway, dass die Prinzipien der Föderation als Stabilität in einer Region, in der sie sich auf nichts verlassen können, die besten Alliierten sind, die sie haben. ({{VOY|Allianzen}})
Tom Paris, B'Elanna Torres und Harry Kim gelingt die Entwicklung eines Warp-10-Antriebs. Danach beglückwünscht sie Janeway und ermutigt sie weiterzumachen. Am Abend vor dem Testflug, sucht sie Paris in seinem Quartier auf und informiert ihn darüber, dass der Doktor medizinische Bedenken hat. Aber Paris will trotzdem den Flug durchführen. Letztlich stimmt Janeway dem zu. Beim Testflug wird Tom Paris bewusstlos. Nach seiner Rückkehr spricht er mit Janeway über seine Erfahrungen bei diesem Flug. Anschließend analysiert sie mit Torres und Kim die Flugdaten. Jedoch wirkt sich der Flug auf Paris' Physiologie aus. Darüber informiert der Doktor den Captain. Sie spricht daraufhin mit Tom. Durch die Mutationen, ist sein Verhalten jedoch unstet. Nachdem Tom bei einer Behandlung mit Antiprotonen im Maschinenraum entkommen kann, sucht ihn auch Janeway. Sie wird von Paris jedoch überwältigt und mit dem Transwarpshuttle entführt. Dadurch wird auch sie in eine fremde Lebensform transformiert, kann jedoch vom Doktor gerettet werden. In Gestalt der fremden Lebensform hat sie drei Nachkommen mit Paris, die Chakotay jedoch auf dem fremden Planeten zurücklässt. ({{VOY|Die Schwelle}})
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