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Bashir behandelt kurz darauf Sisko, Dax, Garak und Odo. Die vier werden bewusstlos in einem Runabout aufgefunden, als sie nach Deep Space 9 zurückgekehrt sind. Die Vier vier befinden sich durch Odo in einer [[Große Verbindung|Verbindung]] und erleben Erinnerungen von Odo aus der Besatzungszeit. Wenig später können die Vier vier dank Odo aus der Verbindung befreit werden und erwachen auf der Krankenstation. ({{DS9|Die Schuld}})

Nachdem O'Brien nach Deep Space 9 zurück gekehrt zurückgekehrt ist, will O'Brien Quark beim [[Tongo]] schlagen und er bittet Bashir um Unterstützung. Während die beiden Tongo Üben, erkennt O'Brien das Potential von Bashir und schlägt diesem vor, dass er Quark beim Tongo heraus fordert. Quark ist ein sehr guter Spieler und hat zu dieser Zeit eine Glückssträhne, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Bashir willigt ein und fordert Quark zu einem Tongospiel heraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel, bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir Dax noch immer liebt, ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch diese Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel. ({{DS9|Wandel des Herzens}})

Aufgrund seiner Erfahrungen mit den Biogenen Waffen des Dominions wird Bashir zu einer Konferenz auf [[Romulus]] eingeladen. Vor seinem Abflug wird Bashir von Sloan besucht, welcher ihm für eine Mission für Sektion 31 beauftragt. Admiral Ross fliegt ebenfalls zu der Konferenz und Bashir informiert ihn über Sloan und sein Vorhaben auf Romulus. Ross empfiehlt ihm erstmal mit Sloan zusammen zuarbeiten. Die [[USS Bellerophon (NCC-74705)|USS ''Bellerophon'']] bringt Bashir, Admiral Ross und die Föderationsdelegation nach Romulus. An Bord der ''Bellerophon'' informiert Sloan Bashir über seine wahre Mission. Bashir soll für Sektion 31 feststellen, ob der Vorsitzende des [[Romulaner|romulanischen]] [[Geheimdienst]]es [[Tal Shiar]] [[Koval]] an dem unheilbaren [[Tuvan-Syndrom]] erkrankt ist. Auf der Konferenz trifft Bashir schließlich auf Koval. Bashir kann aber nichts an ihm feststellen. Als Bashir Sloan schließlich durch Admiral Ross verhaften lassen will, erkrankt der Admiral plötzlich. Bashir ist schließlich auf sich allein gestellt und da er niemanden trauen kann wendet er sich an die romulanische Senatorin [[Kimara Cretak|Cretak]]. Als Bashir auf Romulus wieder auf Koval trifft, bringt er Bashir plötzlich in einen Verhörraum. Koval glaubt Bashir sei ein Föderationsagent, welcher ihn töten will. Bashir wird sogar vor dem romulanischen Senat gebracht und dort gesteht Bashir, dass Sektion 31 geplant hat Koval zu töten. Bashir erklärt auch das Sektion 31 eine illegale Organisation ist. Da Cretak Bashir bei dieser Verschwörung geholfen hat wird diese verhaftet. Plötzlich bringt Koval den schwer verletzten Sloan hinein. Koval erzählt, dass Sloan ursprünglich für den [[Geheimdienst der Sternenflotte]] gearbeitet habe und die Sektion 31 erfunden hat, damit er Koval ungestraft töten kann. Bashir wird darauf freigesprochen und darf zur ''Bellerophon'' zurück, während Sloan durch einen Kampf mit einer romulanischen Wache getötet wird. Zurück auf der ''Bellerophon'' stellt Bashir Admiral Ross zur Rede, da er nicht daran glaubt, dass Sloan tatsächlich tot ist. Ross räumt ein, dass Sloan kurz vor dem Phasertreffer weggebeamt werden sollte, wisse aber nichts über dessen Verbleib. Außerdem bestätigt er, dass Koval eigentlich für Sektion 31 arbeitet, man deswegen auf ihn angewiesen ist. Nachdem Bashir nach Deep Space 9 zurück gekehrt zurückgekehrt ist , taucht Sloan plötzlich wieder auf und dankt Bashir für seine Hilfe. ({{DS9|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})

Worf und Dax gelingt es mit der Hilfe von Damar dem Dominion zu entkommen. Auf Deep Space 9 angekommen, berichten die beiden von der neuen [[Dominion-Breen-Allianz]]. Bashir freut sich, dass Dax sicher zur Station zurück gekehrt zurückgekehrt ist. Währenddessen beginnen die Breen mit einem [[Überfall auf die Erde|Angriff auf die Erde]] und es kommt zu einer Wende im Dominion-Krieg. Auf der Station bereitet man sich ebenfalls auf einen Angriff vor. Um sich von dem Stress abzulenken, spielen O'Brien und Bashir an einem [[Modell]] des Alamo und den denken sich dort neue Strategien aus, um bei der Schlacht von Alamo zu gewinnen. Worf und Dax beobachten die beiden dabei. Worf findet das Verhalten der beiden kindisch, während Dax es süß findet, wie sich Bashir mit dem Modell beschäftigt. Beim Spiel mit dem Modell verliert Bashir die Figur des [[William Travis]] und dies verärgert O'Brien etwas. Kurz darauf greift das Dominion zusammen mit den Breen [[Chin'toka-System]] an. Bashir nimmt an an Bord der ''Defiant'' an der [[Dritte Schlacht von Chin'toka|dritten Schlacht von Chin'toka]] teil, um das System zu verteidigen. Doch mit einer neuen [[Energiedämpfungswaffe]] gelingt es den Breen die Flotte der [[Föderationsallianz]] aus zu löschen. Auch die ''Defiant'' wird bei dem Kampf schwer beschädigt und Sisko befiehlt das Schiff zu evakuieren. Bashir bringt die verletzte Kira von Bord der ''Defiant'' in eine [[Fluchtkapsel]] und kurz darauf wird die ''Defiant'' vernichtet. Allerdings beginnt nach der Schlacht von Chin'toka Damar mit der [[Cardassianische Rebellion|cardassianische Rebellion]] gegen das Dominion zu kämpfen und die Föderation hat somit einen weiteren Verbündeten. ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})