Bashir und O'Brien arbeiten die nächsten Wochen lange zusammen, um alles für [[Melora Pazlar]], welche von einem Planeten mit niedriger [[Schwerkraft]] stammt, auf Deep Space 9 vorzubereiten. Pazlar will aufgrund ihr Behinderung in normaler Schwerkraft keine Hilfe von Fremden. Da Bashir ihr helfen will, ist sie auch zu ihm anfangs feindselig. Wenig später entschuldigt sich Pazlar für ihr Verhalten bei Bashir. Die beiden verabreden sich darauf im [[Klingonisches Restaurant auf Deep Space 9|klingonischen Restaurant]], doch Bashir hat etwas Schwierigkeiten bei der Bestellung und Pazlar hilft ihm bei der Bestellung des Essens. Mit der Zeit kommen sich die beiden näher und Pazlar zeigt Bashir wie es ist mit geringer Schwerkraft zu leben. Bashir schwebt in ihrem Quartier und darauf küssen die beiden sich. Wenig später findet Bashir eine Methode, wie sich Pazlar auch bei normaler Schwerkraft bewegen kann. Sie stimmt dieser Behandlung zu. Pazlar macht Fortschritte und kann sich mit der Zeit normal bewegen. Doch mit der Zeit kommen bei Pazlar Zweifel auf, da sie dadurch nie wieder in ihre Heimatwelt zurück kehren zurückkehren kann. Kurz darauf wir wird das Runabout, auf dem Pazlar arbeitet , von dem Verbrecher [[Fallit Kot]] entführt und dieser nimmt Pazlar, Dax und Quark als Geiseln. Mit einem Traktorstrahl versucht Sisko das Runabout festzuhalten, doch um seine Macht zu demonstrieren, schießt Kot auf Pazlar. Bashir muss mit ansehen wie sie zusammen bricht. Das Runabout flieht in den Gamma-Quadrant und Sisko verfolgt dieses mit einem weiteren Runabout. Doch durch die Behandlung von Bashir hat der Schuss keine Folgen für Pazlar und sie deaktiviert die Schwerkraft und Kot verliert die Kontrolle über das Runabout. Pazlar setzt diesen außer Gefecht und Sisko und Bashir beamen auf das Runabout und bringen Kot in den Arrest. Auf Deep Space 9 erklärt Pazlar Bashir, dass sie die Behandlung abzubrechen will, da sie so nicht mehr auf ihrer Heimatwelt leben kann. Kurz darauf verlässt Pazlar wieder die Station. ({{DS9|Das "Melora"-Problem}})

Hudson erklärt Sisko, dass die Föderation die Kolonisten aufgegeben hat und das die Cardassianer Waffen in die Entmilitarisierte Zone schmuggeln. Sisko versucht Hudson zu überzeugen zur Sternenflotte zurück zu kehrenzurückzukehren, doch Hudson setzt Sisko, Kira und Bashir außer Gefecht. Die drei Offiziere kehren darauf auf die Station zurück. Inzwischen verhaftet Odo Quark, da er festgestellt hat, dass Quark Waffen an den Maquis verkauft. Sisko und Odo verhören darauf Quark und Quark verrät seine Geschäftspartner beim Maquis. Wenig später spürt Sisko die Maquis-Basis auf, wo Dukat gefangen gehalten wird. Sisko, Bashir und Odo gelingt es Dukat aus der Gewalt des Maquis zu befreien und einige Anhänger des Maquis zu verhaften. Später ist Sisko gezwungen eine Waffenlieferung des Maquis zu stoppen und es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis-Schiffe an. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfen. Zwar kann der Maquis aufgehalten werden, aber Sisko weiß das die Lage in der Entmilitarisierte Zone angespannt bleiben wird. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}})

Bashir und Kira helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-Quadranten. Auf dem Rückflug zum Wurmloch nervt Bashir Kira mit seinem Verhalten. Als die beiden mit dem Runabout durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen sie durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist, muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Als Bashir Odo erklärt, dass dieser ein Arzt ist, schlägt Odo diesen, da er Bashir nicht glaubt. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Bashir hat zur selben Zeit schwer unter dem sadistischen Odo zu leiden und muss unter seiner Aufsicht hart Arbeiten. Während der Arbeit freundet Bashir sich mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles „Smiley“ O'Brien]] an. Als eine Leitung bricht, nutzen Bashir und die anderen Terraner das Chaos zur Flucht, dabei erschießt Bashir Odo. Doch die Flucht scheitert und Bashir wird verhaftet und die Intendantin Kira befiehlt [[Elim Garak (Spiegeluniversum)|Garak]] Bashir qualvoll hinzurichten. Doch plötzlich greift [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]] aus dem Spiegeluniversum und seine verbündeten ein und bedrohen die Intendantin. Darauf können die Terraner, Kira und Bashir von der Station fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kira durch das Wurmloch, wieder in unser Universum zurück zu kehrenzurückzukehren. ({{DS9|Die andere Seite}})

Durch die [[Argrathi]] wird das Gedächtnis von O'Brien wenige Wochen später verändert. Der Chief glaubt nun, dass er 20 Jahre im Gefängnis der Argrathi gefangen gewesen ist. Bashir versucht alles um diese Erinnerung zu löschen, aber es gelingt ihm nicht. Inzwischen hat O'Brien Probleme in sein normales Leben zurück zu kehrenzurückzukehren. Er hat Streit mit seiner Familie und auch mit seinen Arbeitskollegen. Da O'Brien auch nicht mehr seinen [[Counselor]] besucht, meldet Bashir Sisko diesen Vorfall. Sisko entbindet O'Brien darauf vom Dienst. Darauf schreit O'Brien Bashir an und kündigt ihm die Freundschaft, da sich dieser in sein Leben eingemischt hat. O'Brien bekommt mit der Zeit immer mehr Probleme sich in seinem normalen Leben zurecht zu finden zurechtzufinden und schließlich plant dieser seinen [[Selbstmord]]. Als O'Brien sich mit einem Phaser erschießen will, kommt Bashir dazwischen und versucht dies zu verhindern. O'Brien berichtet Bashir schließlich von seinen Erfahrungen, die ihn im Gefängnis so belastet haben. Bashir hilft dann O'Brien, so dass er wieder ein normales Leben führen kann. ({{DS9|Strafzyklen}})

Bashir reist kurz darauf zu einer medizinischen [[Medizinische Konferenz auf Meezan IV|Konferenz]] auf [[Meezan IV]]. Er legt sich dort eines Abends zum Schlafen ins [[Bett]] und wacht später im [[Internierungslager 371]] auf. Das Dominion ersetzt ihn unterdessen durch einen [[Julian Bashir (Gründer)|Wechselbalg]], welcher zurück nach Deep Space 9 reist. Bashir verbringt mehre Wochen im Internierungslager 371 und freundet sich dort mit dem echten General [[Martok]] an. Nachdem sich Bashir über die Essensrationen beschwert hat, kommt er für fünf Tage in [[Isolationshaft]]. Als er aus der Isolationshaft entlassen wird, ist er überrascht auf Garak und Worf zu treffen, die ebenfalls vom Dominion gefangen genommen worden sind. Um festzustellen, dass keiner ein Wechselbalg ist, macht Bashir mit den anderen einen Bluttest. Auch Enabran Tain ist ein Gefangener im Lager. Bashir ist dabei, als Tain stirbt und Tain sich von Garak verabschiedet. So erfährt Bashir das , dass Tain Garaks Vater ist. Garak, Worf, Martok und Bashir beginnen darauf mit der Planung der Flucht aus dem Internierungslager. ({{DS9|Die Schatten der Hölle|Inquisition}})