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[[Datei:Bashir auf Ajilon Prime.jpg|thumb|Doktor Julian Bashir nach einem harten Arbeitstag auf Ajilon Prime.]] Sisko bekommt Anfang [[2373]] den Auftrag, die Klingonen zu infiltrieren und Gowron als Gründer zu enttarnen. Um dies zu erreichen, verändert Bashir durch [[Plastische Chirurgie|plastische Chirurgie]] das Aussehen von Sisko, Worf, Odo und O'Brien, damit sie wie Klingonen aussehen. Die Mission der vier Vier verläuft darauf erfolgreich, zwar stellt sich heraus, dass Gowron kein Gründer ist, dafür wird General Martok als [[Martok (Gründer)|Gründer]] enttarnt. Nach der erfolgreichen Mission stellt Bashir das normale Aussehen der vier Vier wieder her. ({{DS9|Die Apokalypse droht}})
Kurz darauf bestellt Bashir bei Quark einige [[regalianische Flohspinne]]n. Bashir will aus dem Gift der [[Spinne]]n ein Mittel, welches Kira ihre Schwangerschaft erleichtern soll, herstellen. Aber Quark nutzt diesen Auftrag um selbst Waren zu schmuggeln. Aber Odo verhaftet Quark und auch Bashir, dadurch dass er Quark den Auftrag gegeben hat. Bashir ist sehr verärgert über Quark und kommt zusammen mit ihn vorläufig in den Arrest. ({{DS9|Das Schiff}})
[[Datei:Kirks Verhör.jpg|thumb|left|James T. Kirk verhört Julian Bashir und Miles O'Brien.]]
Wenige Wochen später begleitet Jake Sisko Dr. Bashir auf eine medizinische Konferenz, um einen Artikel über ihn zu schreiben. Aber Jake langweilen die Reden Auf den Rückflug zur Station, berichtet Bashir von Bashirseinen medizinischen Erfolgen, als doch dem jungen Sisko langweilen die beiden plötzlich Erzählungen. Plötzlich erhält das Runabout einen Notruf von [[Ajilon Prime]] erhalten. Die Kolonie wird von den Klingonen angegriffen und da es an medizinischen Personal mangelt fliegt Bashir dort hin. Allerdings macht sich Bashir leistet Sorgen, dass Jake Sisko etwas geschehen könnte, doch Jake erwähnt er wird schon auf sich achten. Auf der Kolonie Oberfläche leistet Bashir medizinische Hilfe. Auch Jake und Sisko wird auf der Kolonie als Sanitäter eingesetzt. Bashir führt einige Operationen an den Patienten durch, als ein weiter Angriff der Klingonen auf die Kolonie stattfindet. Der und der Strom fällt aus. Da die Kolonie ihre weiteren Generatoren zum Schutz vor den Klingonenangriffen benötigen und die Patienten aufgrund des Energieausfalls im sterben liegen, versucht Bashir versucht zusammen mit Jake Sisko einen Generator aus ihrem Shuttle zu holen. Auf den Weg dorthin werden die beiden von den Klingonen angegriffen. Bashir wird verletzt und von Jake dem jungen Sisko getrennt. Jake Sisko bekommt Angst und versucht sein Leben zu retten indem er weg rennt weg. Mit letzter Kraft Inzwischen gelingt es Bashir den mit letzter Kraft dem Generator aus dem Shuttle Runabout zu bergen und zur Kolonie zu bringen. Dort Die Energieversorgung wird wieder hergestellt und Bashirs Verbrennungen werden seine Verbrennungen versorgt. Bashir macht sich Vorwürfe, da er nicht weiß was mit Sisko geschehen ist und er den Jungen in Gefahr gebracht hat. Als Sisko wieder auftaucht ist Bashir erleichtet und entschuldigt sich bei ihm, dass er Jake ihn auf den diesen Planeten mitgenommen hat. Er Doch Bashir ahnt aber nichts von Jakes Siskos Schuldgefühlen ihm gegenüber, weil Jake ihn da Sisko Bashir im Stich gelassen hat. Schließlich Bei einem weiteren Angriff der Klingonen, dringen diese in den Komplex ein und Bashir hilft bei der Evakuierung der Patienten. Wenig später trifft die ''Defiant'' bei Ajilon Prime ein und kann die Klingonen vertreibenkönnen vertrieben werden. Wieder an Bord von Deep Space 9 schreibt Jake Sisko über die Ereignisse und seine Erlebnisse auf Ajilon Prime. ({{DS9|Die Schlacht um Ajilon Prime}})
[[Datei:Bashir und OBrien im 23. Jahrhundert.jpg|thumb|Bashir und O'Brien finden einen Tribble.]]