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Die Führer der Cardassianischen Regierung fliehen von Cardassia und sie bitten Sisko um Hilfe. Sisko fliegt mit der ''Defiant'' in den cardassianischen Raum um sich dort mit den cardassianischen Führen zu treffen. Auf den Weg dort hin trifft die ''Defiant'' auf die Überreste der cardassianischen Flotte, welche von den Klingonen angegriffen worden ist. Bashir will den Verwundeten helfen, aber Worf und Sisko lehnen dies ab, da es sich um eine Falle der Klingonen handeln könnte. Die ''Defiant'' erreicht das Schiff der Cardassianer, aber diese werden von den Klingonen angegriffen. Die ''Defiant'' greift die Klingonen an und es gelingt Sisko die Cardassianer noch rechtzeitig an Bord der ''Defiant'' zu beamen. Bashir kümmert sich darauf um die verletzten Ratsmitglieder und macht auch Bluttests, um zu prüfen, ob sich Gründer unter den Ratsmitgliedern befinden. Die ''Defiant'' flieht zurück nach Deep Space 9 und dort wird das Schiff bereits von der klingonischen Flotte erwartet. Die Klingonen greifen die Station an und Bashir bereitet sich auf der Krankenstation auf die Verletzten vor. Wenig später kommt es zu Kämpfen auf dem Promenadendeck und Bashir muss einige Angriffe der Klingonen abwehren. Als Odo von einem Klingonen angegriffen wird, rettet Bashir diesen mit einem Phaserschuss. Schließlich können die Klingonen von der Station zurückgedrängt werden und sie ziehen sich schließlich zurück. Zwar haben die Klingonen den Angriff auf die Station abgebrochen aber nun herrscht Krieg zwischen der Föderation und den Klingonen. ({{DS9|Der Weg des Kriegers, Teil II}})

Wenige Wochen später führen Bashir und O'Brien einige Biountersuchungen auf [[Merik III]] im Gamma-Quadranten durch. Auf den Rückflug nach Deep Space 9 erhält ihr Schiff einen Notruf und die beiden Offiziere gehen diesem nach. Das Runabout fliegt nach [[Bopak III]], von wo der Notruf stammt. Doch als O'Brien das Runabout landen will, stürzt dieses ab und auf der Oberfläche werden die beiden von den Jem'Hadar gefangen genommen. Die Jem'Hadar wollen Bashir und O'Brien hinrichten, doch als der Anführer [[Goran'Agar]] herausfindet, dass Bashir ein Arzt ist lässt er Bashir und O'Brien am Leben. Goran'Agar bittet Bashir ihm bei Forschung, damit seine Soldaten ohne die Droge [[Ketracel-White]] leben können, zu helfen. Bei der Zusammenarbeit mit Goran'Agar bemerkt Bashir, dass dieser kein normaler Jem'Hadar ist und Bashir ist bereit ihm zu helfen. Aber O'Brien sieht in Goran'Agar nur einen normalen Jem'Hadar und sieht in den Jem'Hadar eine Bedrohung. O'Brien ist nicht mehr bereit Bashir bei seinen Forschungen zu unterstützen und beide geraten in einen heftigen Streit. O'Brien versucht nun zu fliehen. Als die Jem'Hadar O'Brien einfangen, verschont Goran'Agar ihn. Die anderen Jem'Hadar sehen darauf in Goran'Agar Schwäche und bedrohen nun auch ihn. Doch Goran'Agar will noch immer Bashir schützen und auch O'Brien vor den anderen retten. Bashir ist somit allein, als plötzlich O'Brien auftaucht und Bashir auffordert mit zum Runabout zu kommen. Doch Bashir will seine Forschung beenden. Darauf zerstört O'Brien die Forschungseinrichtung von Bashir und zwingt ihn mit zum Runabout zu kommen, damit diese von dem Planeten zu fliehen. Plötzlich taucht Goran'Agar wieder auf und sieht was O'Brien getan hat. Trotzdem hilft Goran'Agar den beiden bei der Flucht. Goran'Agar bleibt, trotz der Bitte von Bashir bei seinen Männern auf den Planeten zurück. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})

Kurz darauf verlässt Nog Deep Space 9 um auf die Sternenflottenakademie zu gehen. Zum Abschied verkauft Nog all seine Sachen. Dax kauft Nog ein erotisches Holosuite-Programm ab und schenkt dieses Programm Bashir. Später schenken O'Brien und Bashir Nog zum Abschied einen Reiseführer über die Erde und Nog nimmt diesen Dankbar entgegen. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}})

Einige Zeit später befindet sich die ''Defiant'' im Gamma-Quadranten um mit den Karemma zu verhandeln. Plötzlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen. Sisko lässt das Schiff in einem [[Gasriese]]n fliegen um dem Jem'Hadar-Abfangjägern zu entkommen. Doch die Jem'Hadar folgen der Defiant in die Atmosphäre und es kommt zu schweren Gefechten, dabei wird die ''Defiant'' schwer beschädigt. Als sich ein Riss in der Hülle bildet, muss die Krankenstation evakuiert werden. Während Bashir die Evakuierung leitet, kommt es zu einer Explosion und dabei wird Dax verletzt. Bashir kann Dax noch rechtzeitig in eine Jefferies-Röhre bringen, bevor das schützende [[Kraftfeld]] um die [[Schiffshülle]] nachlässt. Die beiden sitzen in der Röhre fest, doch der [[Sauerstoff]] reicht nur für wenige Stunden und es wird immer kälter. Dax lehnt sich an Bashir an, damit die beiden sich gegenseitig wärmen. Für Bashir geht damit indirekt ein Wunsch in Erfüllung, er hat sich immer gewünscht mit Dax in eine Notsituation zu kommen, bei der sie dann zusammen kommen. Worf gelingt es in der Zwischenzeit die Dominionschiffe zu vernichten. Ein paar Stunden später können Dax und Bashir gerettet zu werden. ({{DS9|Das Wagnis}})

Wenige Wochen später spielt Bashir neues Holosuitprogramm als Garak ihn in der Holosuite besucht. In diesem [[Julian Bashir, Geheimagent|Holosuitprogamm]] ist Bashir ein [[Julian Bashir (Geheimagent)|Geheimagent]] im Jahr [[1964]]. Bashir ist über Garak, da dieser einfach die Holosuite betreten hat und ihn in seinem Spiel beobachtet. Trotzdem erlaubt Bashir Garak bei diesem Programm mit zu machen. Zur gleichen Zeit kehren die Führungsoffiziere von einer Konferenz zurück, allerdings wird ihr Runabout [[USS Orinoco|USS ''Orinoco'']] von einer cardassianischen Gruppe, welche sich [[Der wahre Weg]] nennt sabotiert. Wenig später explodiert das Runabout, allerdings gelingt es Sisko, Kira, Worf, Dax und O'Brien sich von Bord zu beamen. Durch die Explosion werden die Muster der Offiziere im Musterpuffer der Station gespeichert, da sich dort die Muster schnell zersetzen, werden die Musterdaten, auf Befehl von Eddington, im Computer der Station intigriert und so gelangen auch die Daten in Bashirs Programm. Als Bashir Kira plötzlich in seinem Programm sieht, hält er dies anfangs für einen [[Scherz]], doch Kira scheint Bashir nicht wieder zu erkennen. Lieutenant Commander [[Michael Eddington]] informiert Bashir darauf über die aktuelle Lage und das er das Programm weiter laufen lassen muss, damit die Muster der Personen nicht verloren geht. Bashir ist nun gezwungen das Programm durch zu spielen um seine Freunde zu retten. Inzwischen versuchen Eddington und Odo einen Weg zu finden die Muster der Offiziere aus der Holosuite zu bekommen. Plötzlich taucht O'Brien in der Rolle des [[Falcon]] auf und bedroht Bashir und Garak. Doch Bashir gelingt es diesen außer Gefecht zu setzen, doch dabei wird Garak verletzt und beide erkennen, dass die [[Schutzvorrichtung]] der Holosuite nicht funktioniert. Trotz allem spielen Bashir und Garak das Programm weiter durch und dabei geraten beide mehrmals in Lebensgefahr. Garak will darauf das Programm beenden, um sein Leben zu retten. Doch Bashir schießt Garak nieder, um so das Leben seiner Freunde zu schützen. Garak ist von Bashir positiv überrascht, da er nicht damit gerechnet hat das dieser auf ihn schießt. Inzwischen gelingt es Eddington, Odo und Rom den Transporter der ''Defiant'' mit der Holosuite zu verbinden und die Muster werden schließlich heraus gebeamt. ({{DS9|Unser Mann Bashir}})

Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. In dieser Zeit versuchen sich Bashir und O'Brien auf der Holosuite abzulenken. Auf der Erde findet Captain Sisko heraus, dass Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putsch von Leyton hat. Leyton will das verhindern und lässt die ''Defiant'' [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt Tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain [[Erika Benteen]] den Verrat von Leyton erkennt. Später wird Leyton von Sisko gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})

Bashir nimmt wie die anderen Führungsoffiziere an der Begrüßung von [[Shakaar Edon]] teil. ({{DS9|Emotionen}})

Wenig später kommt der Klingone [[Kurn]] an Bord der Station, allerdings ist dieser betrunken und bedroht Odo und seine Sicherheitsoffiziere. Schließlich kommt Worf hinzu, um sich um seinen Bruder zu kümmern. Kurn will, dass Worf bei ihm das [[Mauk-to'Vor]] durchführt, damit dieser einen ehrenvollen Tod stirbt. Doch Dax findet heraus, dass Worf seinen Bruder töten will. Sie und Odo versuchen Worf aufzuhalten, doch sie kommen zu spät Worf hat das Messer schon in den Körper von Kurn gestoßen. Dax beamt Kurn sofort auf die Krankenstation und Odo droht Worf, falls dieser stirbt er Worf wegen Mordes anklagen wird. Bashir gelingt es jedoch das Leben von Kurn zu retten. Wenig später dockt die schwer beschädigte [[IKS Drovana|IKS ''Drovana'']] an der Station an und Bashir kümmert sich um die verletzten Klingonen. Da das Schiff an einer verdeckten Mission gegen die Föderation arbeitet, verändert Bashir vorübergehend die DNS und das Aussehen von Worf und Kurn, damit die beiden unbemerkt auf das klingonische Schiff gelangen können. Worf und Kurn können an Bord ihre Mission erfüllen, aber denoch hat Kurn nun entgültig seinen Lebenswillen verloren und will nur noch sterben. Für Worf gibt es nur noch einen Weg das Leben seines Bruders zu retten, er lässt von Bashir das Gedächtnis von Kurn löschen und Kurn bekommt eine neue Identität als [[Rodek]], damit dieser ein neues Leben beginnen kann. ({{DS9|Die Söhne von Mogh}})

Einige Zeit später bricht Rom im Quarks zusammen und wird auf die Krankenstation gebracht. Bashir entdeckt bei Rom eine Infektion des [[Trommelfell]]s, an der Rom hätte sterben können. Als Bashir von Rom von den Schrecklichen Bedingungen im Quarks erfährt, rät er Rom eine [[Gewerkschaft]] zu gründen. Als Quark wenig später seinen Angestellten den Lohn kürzt, treten Rom und die anderen Angestellten in den Streik. Die Angestellten kämpfen um ihre Forderungen nach mehr Lohn und besseren Arbeitsbedingungen. Wenig später wetten Bashir und O'Brien vor der Bar, wer den Streik unterstützt oder die Bar besucht. Als Worf unerwartet die Bar besucht, wollen die beiden ihn aufhalten. Es kommt zu einer kleinen Rangelei in der Bar und Bashir wird von Worf über den Tisch geworfen. Odo greift schließlich ein darauf werden die drei in eine [[Arrestzelle]] gebracht. Zur Strafe für dieses Verhalten lässt Sisko die Drei über Nacht dort. Kurz darauf geht Quark auf die Forderungen seines Bruders ein und der Streik wird beendet. ({{DS9|Der Streik}})

Als Keiko O'Brien nach einem Jahr auf Bajor nach Deep Space 9 zurück zieht, hilft Bashir O'Brien beim Aufräumen seines Quartiers. Da O'Brien sich nun um seine Familie kümmern muss, hat er jetzt weniger Zeit für seinen besten Freund Bashir. Anstatt mit O'Brien verbringt Bashir seinen Dartabend mit Morn, aber das ist nicht das gleiche wie mit O'Brien. Auch Keiko bemerkt, dass es ihrem Mann schlecht geht und so bringt sie die beiden mit einem Trick wieder zusammen und beide treffen sich daraufhin wieder in der Holosuite. ({{DS9|Die Übernahme}})

Nachdem Worf wegen eines Angriffs auf einen klingonischen Transporter bei einem Prozess freigesprochen wird, organisieren O'Brien und Bashir eine Party für ihn. Worf will zuerst nicht mit feiern, doch Sisko ermutigt diesen mit zu feiern. ({{DS9|Das Gefecht}})

Bashir und die anderen Führungsoffiziere werden zur [[Hochzeit]] von Lwaxana Troi und Odo eingeladen. Die Gäste ahnen aber nicht, dass diese Hochzeit nur stattfindet, damit Lwaxana Troi ihr ungeborenes Kind, welches von [[Jeyal]] stammt, behalten kann. Später muss Bashir Jake Sisko behandeln, der aufgrund des Einflusses von [[Onaya]] im Sterben liegt. ({{DS9|Die Muse}})

Garak lädt kurz darauf Bashir zu einem [[Springball]]-[[Spiel]] ein. Die beiden schauen interessiert dem Spiel zu, bis sich Garak mehr für [[Tora Ziyal]] interessiert. ({{DS9|In eigener Sache}})

[[Datei:Odo als Solid.jpg|thumb|left|Bashir stellt fest das Odo ein Solid ist.]]

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