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Wenige Wochen später führen Bashir und O'Brien einige Biountersuchungen auf [[Merik III]] im Gamma-Quadranten durch. Auf den Rückflug nach Deep Space 9 erhält ihr Schiff einen Notruf und die beiden Offiziere gehen diesem nach. Das Runabout fliegt nach [[Bopak III]], von wo der Notruf stammt. Doch als O'Brien das Runabout landen will, stürzt dieses ab und auf der Oberfläche werden die beiden von den Jem'Hadar gefangen genommen. Die Jem'Hadar wollen Bashir und O'Brien hinrichten, doch als der Anführer [[Goran'Agar]] herausfindet, dass Bashir ein Arzt ist lässt er Bashir und O'Brien am Leben. Goran'Agar bittet Bashir ihm bei Forschung, damit seine Soldaten ohne die Droge [[Ketracel-White]] leben können, zu helfen. Bei der Zusammenarbeit mit Goran'Agar bemerkt Bashir, dass dieser kein normaler Jem'Hadar ist und Bashir ist bereit ihm zu helfen. Aber O'Brien sieht in Goran'Agar nur einen normalen Jem'Hadar und sieht in den Jem'Hadar eine Bedrohung. O'Brien ist nicht mehr bereit Bashir bei seinen Forschungen zu unterstützen und beide geraten in einen heftigen Streit. O'Brien versucht nun zu fliehen. Als die Jem'Hadar O'Brien einfangen, verschont Goran'Agar ihn. Die anderen Jem'Hadar sehen darauf in Goran'Agar Schwäche und bedrohen nun auch ihn. Doch Goran'Agar will noch immer Bashir schützen und auch O'Brien vor den anderen retten. Bashir ist somit allein, als plötzlich O'Brien auftaucht und Bashir auffordert mit zum Runabout zu kommen. Doch Bashir will seine Forschung beenden. Darauf zerstört O'Brien die Forschungseinrichtung von Bashir und zwingt ihn mit zum Runabout zu kommen, damit diese von dem Planeten zu fliehen. Plötzlich taucht Goran'Agar wieder auf und sieht was O'Brien getan hat. Trotzdem hilft Goran'Agar den beiden bei der Flucht. Goran'Agar bleibt, trotz der Bitte von Bashir bei seinen Männern auf den Planeten zurück. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})
[[Datei:Bashir gelangweilt.jpg|thumb|Bashir langweilt sich.]]
Als [[Kasidy Yates]] auf die Station ziehen will, kommt es zu Streitigkeiten zwischen ihr und Sisko. Sisko holt sich Ratschläge bei seinen Freunden, darunter auch Bashir und Dax, wie er sich nun verhalten soll. ({{DS9|Indiskretion}})
Bashir ist begeistert von Jadzia Dax' [[Zaubern|Zaubertricks]]. Er beobachtet sie gern dabei und er lernt auch von ihr einige Tricks um Quark zu ärgern. Später als [[Lenara Kahn]] an Bord der Station kommt, bittet Dax Bashir zu einer gemeinsamen Verabredung mit ihr und Lenara Kahn. Khan und Dax sind in einem früheren Leben verheiratet gewesen. Damit es nicht so aussieht, dass die beiden eine romantische Verabredung haben, begleitet Bashir sie, obwohl er zu Beginn nicht will. Dax und Khan unterhalten sich über ihre früheren Leben und Bashir beginnt sich sehr schnell zu langweilen. Erst als er wegen eines medizinischen Notruf gerufen wird, kann dieser endlich zu seiner Erleichterung gehen. Khan und Dax scherzen daraufhin, dass Bashir ihr diesen langweiligen Abend nie verzeihen wird. ({{DS9|Wiedervereinigt}})
Kurz darauf verlässt Nog Deep Space 9 um auf die Sternenflottenakademie zu gehen. Zum Abschied verkauft Nog all seine Sachen. Dax kauft Nog ein erotisches Holosuite-Programm ab und schenkt dieses Julian Programm Bashir. Später schenken O'Brien und Bashir Nog zum Abschied einen Reiseführer über die Erdeund Nog nimmt diesen Dankbar entgegen. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}})
[[Datei:Bashir und Dax gefangen.jpg|thumb|left|Julian Bashir und Jadzia Dax gefangen.]]
Einige Zeit später befindet sich die ''Defiant'' im Gamma-Quadranten um mit den Karemma zu verhandeln. Plötzlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen. Sisko lässt das Schiff in einem [[Gasriese]]n fliegen um dem Dominion Jem'Hadar-Abfangjägern zu entkommen. Bei den Kämpfen Doch die Jem'Hadar folgen der Defiant in die Atmosphäre und es kommt zu schweren Gefechten, dabei wird die ''Defiant'' schwer beschädigt. Als sich ein Riss in der Hülle bildet , muss die Krankenstation evakuiert werden. Während Bashir die Evakuierung leitet, kommt es zu einer Explosion und dabei wird Dax wird verletzt. Bashir kann Dax noch rechtzeitig in eine Jefferies-Röhre bringen, bevor das schützende [[Kraftfeld]] um die [[Schiffshülle]] nachlässt. Die beiden sitzen in der Röhre fest, doch der [[Sauerstoff]] reicht nur für wenige Stunden und es wird immer kälter. Dax lehnt sich an Bashir an, damit die beiden sich gegenseitig wärmen. Für Bashir geht damit indirekt ein Wunsch in Erfüllung, er hat sich immer gewünscht mit Dax in eine Notsituation zu kommen, bei der sie dann zusammen kommen. Worf gelingt es in der Zwischenzeit die Dominionschiffe zu vernichten. Ein paar Stunden später können Dax und Bashir gerettet zu werden. ({{DS9|Das Wagnis}})
Bashir befindet sich mit im Quarks als der [[Dahar-Meister]] [[Kor]] seine Geschichten erzählt, aber Bashir hält diese für übertrieben. ({{DS9|Das Schwert des Kahless}})
[[Datei:Bashir auf dem Holodeck.jpg|thumb|Julian Bashir als Geheimagent.]]
Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. Er macht sich Sorgen um seine Bekannten, welche auf der Erde leben. Auf der Erde findet Captain Sisko heraus, dass Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putsch von Leyton hat. Leyton will das verhindern und lässt die ''Defiant'' [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt Tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain den Verrat von Leyton erkennt. Schließlich ist Leyton gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})
