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[[Datei:Bashir und Kira.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir und Kira Nerys kämpfen gegen das Dominion.]]
Bashir und Kira helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-Quadranten. Als die beiden durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen sie durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist, muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Bashir hat schwer unter dem sadistischen Odo zu leidenund muss unter seiner Aufsicht hart Arbeiten. Dort Während der Arbeit freundet Bashir sich mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles "Smiley" O'Brien]] an. Als eine Leitung bricht, nutzen Bashir und die anderen Terraner das Chaos zur Flucht, dabei erschießt Bashir Odo. Mit Hilfe von Doch die Flucht scheitert und Bashir wird verhaftet und die Intendantin Kira befiehlt [[Elim Garak (Spiegeluniversum)|Garak]] Bashir qualvoll hinzurichten. Doch plötzlich greift [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]] aus dem Spiegeluniversum, und seine verbündeten ein und bedrohen die Intendantin. Darauf können die Terraner, Kira und Bashir von der Station fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kiradurch das Wurmloch, wieder in unser Universum zurück zu kehren. ({{DS9|Die andere Seite}})
Nachdem O'Brien von den Cardassianern verhaftet worden ist, wird er auf [[Cardassia]] wegen des [[Schmuggel|Waffenschmuggels]] für den Maquis angeklagt. Bashir hilft kann es nicht glauben, dass dieser den Maquis unterstützt. Wenig später taucht ein Mitglied des Maquis bei Bashir auf Deep Space 9 nachzuweisender Krankenstation auf und erklärt, dass O'Brien unschuldig istder Maquis nichts mit diesen Vorfällen zu tun hat. Ihm Später gelingt es schließlich auch nachzuweisenden Führungsoffizieren Beweise zu finden, dass O'Brien unschuldig ist und die Cardassianer hinter der ganzen Sache stecken. Die Cardassianer sind darauf gezwungen O'Brien wieder frei zu lassen. ({{DS9|Das Tribunal}})
Als Ende 2370 Sisko, sein Sohn Jake, Quark und [[Nog]] vom [[Dominion]] gefangen genommen worden sind, hilft Bashir bei der Befreiung. Zusammen mit der [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] fliegen die drei Runabouts in den Gamma-Quadranten um diese aufzuspüren. Zwar gelingt es Sisko und die anderen zu befreien, aber die Schiffe werden in Kämpfe mit [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]]n verwickelt. Als die Föderationsschiffe fliehen wollen, fliegt ein Angriffsjäger in die ''Odyssey'' und vernichtet diese. Die Runabouts gelangen sicher in den Alpha-Quadranten. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})