[[Datei:Bashir im Spiegeluniversum.jpg|thumb|Doktor Julian Bashir gefangen im Spiegeluniversum.]]
Einige Wochen Wenig später wird explodiert der cardassianische [[Frachter]] [[Bok'Nor|''[[Bok'Nor'']]'' vom Maquis bei , als dieser Deep Space 9 vernichtetverlässt. Es gibt keine Überlebenden. Die Führungsoffiziere beginnen sofort zu ermitteln, was die Explosion auf den Frachter ausgelöst hat. Zu dieser Zeit haben die Föderation und die Cardassianer einen neuen Vertrag abgeschlossen und es wurde eine [[Entmilitarisierte Zone]] gegründet, allerdings müsse beide Großmächte einige Kolonien aufgeben. Sisko beginnt mit Commander [[Calvin Hudson]] weiter zu dieser Explosion zu ermitteln, da beide den neuen Friedensvertrag in Gefahr sehen. Schließlich mischen sich auch die Cardassianer in diese Ermittlung ein und Gul Dukat leiten einige Untersuchungen wendet sich an Sisko. Es kommt inzwischen zu diesem Konflikten zwischen den Cardassianern und den Kolonisten in der Entmilitarisierten Zone und auch diese Kolonisten sind für den Anschlagauf die ''Bok'Nor'' verantwortlich. Wenig später wird auch Dukat von diesen Kolonisten entführt. Sisko Siko will den diese Kolonisten, welche sich [[Maquis ]] nennen, aufsuchen und verfolgt die Spur von Dukats Entführern in den die [[Badlands]] aufspüren und nimmt dafür auch Bashir und Kira mit. Auf einem Planeten werden sie vom Maquis gefangen genommen. Aber sie werden kurz darauf wieder freigelassen. Später ist einen Asteroiden trifft Sisko gezwungen einige Schiffe des auf den Maquis aufzuhalten. Es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien und unter den Anhängern befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis-Schiffe an. Am Ende gelingt es der Sternenflotte den Maquis vorläufig aufzuhaltenauch Siskos Freund Hudson. ({{DS9|Der Maquis, Teil I|Der Maquis, Teil II}})
Einige Zeit Hudson erklärt Sisko, dass die Föderation die Kolonisten aufgegeben hat und das die Cardassianer Waffen in die Entmilitarisierte Zone schmuggeln. Sisko versucht Hudson zu überzeugen zur Sternenflotte zurück zu kehren, doch Hudson setzt Sisko, Kira und Bashir außer Gefecht. Die drei Offiziere kehren darauf auf die Station zurück. Inzwischen verhaftet Odo Quark, da er festgestellt hat, dass Quark Waffen an den Maquis verkauft. Sisko und Odo verhören darauf Quark und Quark verrät seine Geschäftspartner beim Maquis. Wenig später bricht Garak spührt Sisko die Maquis-Basis auf, wo Dukat gefangen gehalten wird. Sisko, Bashir und Odo gelingt es Dukat aus der Gewalt des Maquis zu befreien und einige Anhänger des Maquis zu verhaften. Später ist Sisko gezwungen eine Waffenlieferung des Maquis zu stoppen und es kommt zu einem Kampf im Replimat zusammen[[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir will Garak behandelnauf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis-Schiffe an. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfen. Zwar kann der Maquis aufgehalten werden, aber dieser weigert Sisko weiß das die Lage in der Entmilitarisierte Zone angespannt bleiben wird. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}}) Als sichGarak und Bashir über cardassianische Literatur unterhalten, zeigt Garak Schmerzsymthome. Bashir wil Garak auf die Krankenstation bringen und ihn dort untersuchen, doch Garak verweigert dies. Bashir versteht nicht, warum sich Garak nicht von Bashir behandeln zu ihn helfen lassenwill. Wenig später sieht Bashir Garak begibt bei Quark. Als sich darauf ins Bashir bei Quark über Garak erkundigt, erklärt Quark das Garak nur Material für sein Geschäft kaufen wollte. Doch Bashir glaubt Quark nicht und betrinkt sich dortforscht weiter. Wenig später findet Bashir Garak betrunken bei Quark ist gezwungen vor. Bashir zu rufenwill nun Garak untersuchen, doch er weigert sich. Plötzlich bricht Garak zusammen und Bashir bringt den betrunkenen Garak auf diesen in die Krankenstation. Dort erfährt stellt Bashir von Garakfest, dass in Garak ein Implantat implantiert ist, welches ausgefallen ist. Durch Odo erfährt Bashir, dass Quark im Auftrag Kontakt mit einigen cardassianischen Offizieren hat, welches um an ein neues Implantat zu gelangen. Bashir erfährt auch etwas über die Vergangenheit von Garak und das dieser etwas mit dem [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Orden]] zu tun hat. Als Bashir auf die Krankenstation zurück kehrt, ist Garak verschwunden und Bashir findet diesen in seinem Körper Quartier vor. Von Garak erfährt Bashir, dass das Implantat [[Endorphin]]e frei setzt. Doch Garak und er mittlerweile davon abhängig ist von diesem Implantat abhängig. Um Garaks Leben zu retten deaktiviert Bashir das Implantat. Garak erzählt Bashir mehrere Lügengeschichten, wie er dieses Implantat erhalten hat. Als Garak allerdings unter Entzugserscheinungen leidet beschimpft er Bashir und erzählt wie er sein Leben hasst. Doch um Garaks Leben zu retten, begibt sich Bashir zu [[Enabran Tain]], dem ehemaligen Chef des [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Ordens]]. Von ihm bekommt Bashir ein neues Implantat und kann damit Garaks Leben retten. Garak entschuldigt sich daraufhin für sein Verhalten und er ist Bashir sehr dankbar, dass dieser sein Leben gerettet hat. ({{DS9|Das Implantat}})
[[Datei:Bashir und Kira.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir und Kira Nerys kämpfen gegen das Dominion.]]