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Zurück auf der Brücke verfolgt Kirk die Öffnung des Torpedos und somit auch den Schockmoment, wo McCoy ausversehen den Torpedo aktiviert. Da der Transporter nur beide oder keinen von beiden hochbeamen konnte, hat Kirk nur die Wahl Dr. Marcus, die den Torpedo entschärfen will, in Sicherheit zu bringen. Er zögert und ist dementsprechend erleichtert, als das Entschräfen funktioniert und sich eine Kryo-Kapsel im Inneren des Torpedos offenbart.
====Die Vanguard''Vengeance''====Kurz darauf taucht [[Alexander Marcus|Admiral Marcus]] im neusten und geheimsten Schiff der Flotte, der [[USS VanguardVengeance|USS ''Vengeance'']], auf und befiehlt Kirk, der entgegen seiner Anweisung Khan nicht getötet sondern in Gewahrsam genommen hat, diesen auszuhändigen. Kirk weigert sich und lässt Kurs Richtung Erde setzen. Mitten während des Warp-Fluges, wird die Enterprise von der Vanguard''Vengeance'', die eine neue Technik besitzt, eingeholt und angegriffen. Die Enterprise fällt, schwer getroffen, aus den Warp-Tunnel, worauf sich Admiral Marcus meldet und "zu seinem Bedauern" mitteilt, dass er das Schiff und mit ihm Kirk, wegen Beihilfe zu Khans Machenschaften, zerstören muss. <br/>Kirk springt auf und erklärt, dass seine Crew nur seinen Befehlen gehorcht hat und deswegen nur er alleine zur Verantwortung gezogen werden kann. Er bittet den Admiral das Schiff und seine Crew zu verschonen, dafür will er sich allerdings in dessen Gewahrsam nehmen lassen. Marcus winkt ab und erklärt, dass er nie vorhatte die Enterprise zu verschonen, worauf die Vanguard ''Vengeance'' die Waffen hochfährt und auf die Enterprise richtet. Im entscheidenen Moment allerdings werden die Systeme dieses Schiffes runtergefahren und Scotty meldet sich, zur allgemeinen Freude, vom anderen Schiff, welches er sabotiert hat. Daraufhin lässt sich Kirk einen waghalsigen Plan einfallen, um auf das andere Schiff zu kommen; doch dafür bracht er Khan.
Er geht runter zur Krankenstation, wird aber währenddessen von seinem Ersten Offizier darauf hingewiesen, dass dies nicht die beste Idee sei. Kirk gibt Spock recht, sagt aber gleich dazu, dass er nicht in der Lage sei das alles logisch zu durchdenken sondern rein nach Bauchgefühl arbeite, dann gibt er Khan bescheid und geht mit ihm runter zur Luftschleuse.
<br/>Im Flug durch das Trümmerfeld muss er immer wieder Trümmern der Enterprise ausweichen und zurück auf Kurs kommen, was sich allerdings nach dem Einschlag eines Mikroasteroiden und dem Ausfall seines HUDs als ''"mathematisch unmöglich"'' (Spock) gestaltet. Ohne Khan, der noch ein funktionierendes Display besaß, hätte er das nicht geschafft. Scotty, der derweil im Hangar saß und die Luftluke für die beiden öffnen sollte, wird von einem Sicherheitsmann erwischt und bedroht und kann erst im letzten Moment die Schleuse öffnen.
Auf der Vanguard ''Vengeance'' kämpft er sich bis zur Brücke vor, dort stellt sich allerdings Khan gegen ihn. Khan tötet Admiral Marcus und droht mit der Ermordung von Kirk, sollte er nicht die 72 Torpedos bekommen. Während Khan die Torpedos mit seiner Mannschaft darin auf die Vanguard ''Vengeance'' holt, beamt er Kirk, Scotty und Carol Marcus auf die Enterprise und beginnt abermals auf das Schiff zu schießen. Doch kurz darauf zünden die Torpedos und reißen ein riesiges Loch in die Vanguard''Vengeance''. Doch die Enterprise ist davon auch betroffen und wird, jeglicher Energie beraubt, in die Erdatmosphäre geschleudert.
====Rettung====
