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Damit Unfälle vermieden werden, gibt es sogenannte [[Sicherheitsprotokoll]]e. So sind zum Beispiel [[Projektilwaffe]]n oder Stürze in einem Holodeck in der Regel nicht gefährlich. Deaktiviert werden können sie nur durch Befehl zweier [[Offizier]]e oder eines [[Führungsoffizier]]s. Werden diese Sicherheitsprotokolle jedoch trotzdem deaktiviert, verhalten sich sämtliche Gegenstände wie ihre Vorbilder in der Realität. Somit können auch holographische Waffen oder Unfälle im Holodeck tödliche Verletzungen erzeugen. ({{TNG|Angriff der Borg, Teil I}}; {{Film|8}})
Auf die, an der Simulation teilnehmenden Personen, kann Kleidung sowie ein verändertes Aussehen projiziert werden. ({{VOY|Menschliche Fehler}}; {{Film|8}})
=== Fehlfunktionen ===
Fehlfunktionen in holographischen Umgebungssimulatoren können entstehen, wenn beispielsweise ein Programm sehr lange ohne Pause laufen gelassen wird oder jemand absichtlich Fehlfunktionen in ein Programm einbaut, die zum Beispiel beim Abspielen oder Bearbeiten des Programms auftreten.
Kommt es auf dem Holodeck zu Fehlfunktionen, so hat dies meist nachteilige Auswirkungen auf die Holodeckkontrollen oder das Programm, welches gespielt wird oder auf die Holodeckkontrollen:
* In dem ersten Fall kann das Programm etwa nicht mehr beendet werden, das Verlassen des Holodecks ist nicht möglich, weil der Ausgang gesperrt ist oder die Sicherheitsprotokolle sind deaktiviert. Ebenfalls können einige Standardbefehle nicht mehr oder nur teilweise ausgeführt werden, etwa das Programm anzuhalten bzw. einzufrieren.Solch ein Fehler kann auch bewusst vom Ersteller eines Programms eingebaut werden, wie es beispielsweise [[Tom Paris]] [[2378]] in seiner Überarbeitung von [[Photonen brauchen Freiheit]] tut. ({{VOY|Die Veröffentlichung}})
* Im zweiten Fall ist das Abschalten des Holodecks nur bei einer Abschaltung der Energie möglich, es kann jedoch sein, dass auch eine Energieabschaltung nicht durchführbar ist. Auch ist das Holodeck von außen nicht mehr zu betreten, da die Türen gesperrt sind. Wenn ein Programm nicht von innen beendet werden kann hängt dies oft auch mit den Holodeckkontrollen zusammen.
Eine andere Form von Fehlfunktion ist, dass die holographischen "Personen" merken, dass das Sternenflottenpersonal eventuell an dem Programm herumspielt oder auf seltsame Weise einfach erscheint und wieder verschwindet.
Fehlfunktionen können auch dann auftreten, wenn man ein Programm bearbeiten möchte. In einem Fall, der auf der USS ''Voyager'' beobachtet wurde, wurde ein Programm etwa gestartet , anstatt es zur Bearbeitung zu öffnen. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
Das Hologitter kann sich bei Fehlfunktionen auch überlasten, wodurch der oder die Benutzer sterben können. Solche Fehlfunktionen können aber auch von Anwendern absichtlich in das Programm eingebettet werden. Beispiele hierfür sind die [[Bynar|Binären]], [[Seska]] oder [[Tom Paris]]. ({{TNG|Der große Abschied}}; {{VOY|Fair Haven|Das Geistervolk|Die Veröffentlichung}})
