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Wenig später gehört Kim zu einem Außenteam unter Chakotay und Neelix, dass [[Nahrung|Nahrungsmittel]] sucht. Nachdem auf der ''Voyager'' ein Kazon-Schiff entdeckt wird, lässt Janeway das Außenteam hochbeamen. Da Seska nicht gefunden werden kann, begibt sich Chakotay auf die Suche nach ihr und übergibt Kim das Kommando. Kim lässt daraufhin, dass Außenteam aufs Schiff beamen. Nachdem die ''Voyager'' den [[Notruf]] eines Kazon-Schiffes empfangen, analysiert Kim die Sensordaten, um festzustellen, ob es eine Falle ist. Auf dem Schiff findet die Crew Hinweise, dass ein Besatzungsmitglied das Schiff an die Kazon verraten hat. Später ortet Kim eine nicht autorisierte Transporterbenutzung. Nachdem sich herausstellt, dass es Seska ist, erfasst er sie mit dem Transporter und beamt sie nach einem Zwischenfall raus. Seska wird dabei verletzt und auf der Krankenstation behandelt. Kurz darauf trifft ein zweites Schiff der Kazon ein und [[Erster Maje|Maje]] [[Culluh]] will von Janeway alles über den Vorfall auf seinem beschädigten Kazonschiff erfahren. Als sich dieser feindseelig verhält muss er die ''Voyager'' verlassen. Wenig später wird Fähnrich Seska als Verräter enttarnt und diese flieht darauf zu den Kazon und kann entkommen. ({{VOY|Der Verrat}})
Als das Shuttle von Chakotay und Tuvok schwer beschädigt wird und Kim dies mit den Sensoren [[Sensor]]en entdeckt, meldet er dies Captain Janeway, die die beiden daraufhin auf die Krankenstation beamen lässt. Nachdem wenig später das Schiff scheinbar eigenmächtig den Kurs ändert, macht Kim eine Analyse der [[Conn]]-Station. Jedoch bringt diese Analyse keine Ergebnisse. Nachdem der Kurs erneut geändert wird, versucht er Kim es zu korrigieren, muss aber feststellen, dass seine Station deaktiviert wurde. Als Ursache der Fehlfunktionen, macht man ein fremdes, körperloses Wesen aus und will es mit einem Magnetonscan sichtbar machen. Als Torres ihn Kim nach seiner Meinung fragt, ist er gerade geistesabwesend, weshalb Tuvok einen [[Phaser ]] auf ihn richtet und Kim von Torres gescannt wird. Daraufhin fragt erKim, was er getan habe. Als Torres keine ungewöhnlichen Werte feststellt, wird er befragt. Er Kim meint, dass er sich an eine alte Studie über Magnetonscanner erinnerte und geistesabwesend war. Als Sicherungsmaßnahme werden die Kommandocodes auf den Doktor transferiert, der als Sicherung fungieren soll. Allerdings wird dessen Programm vom fremden Wesen abgeschaltet, um die Codes in einen humanoiden Wirt zu zwingen. Als Janeway sich dazu entschließt die Kommandocodes zur Sicherheit aufzuteilen, wird sie von dem fremden Wesen besetzt und greift Tuvok an. Nachdem sie von Paris betäubt wurde, besetzt das fremde Wesen Kim, der daraufhin seinen Phaser zieht und auf Tuvok schießt. Er wird jedoch von Paris überwältigt. Nachdem alle auf der Krankenstation behandelt wurden, untersucht er Kim mit Captain Janeway das Programm des Doktors und stellt fest, dass es sehr gut sabotiert wurde.Wenig später stellt sich heraus, dass Tuvok der Angreifer war gewesen ist und Janeway wird ihrem Sicherheitschef gegenüber immer misstrauischer. Dieser übernimmt bald darauf das Kommando auf der Brücke und bedroht die Crew mit einem Phaser. Kim übergibt daraufhin seine Station und erklärt Janeway die Sensordaten: Eine Lebensform komme auf sie zu. Das Wesen, dass Tuvok kontrolliert, erklärt, dass sie die [[Komar ]] seien und Wirte suchen. Jedoch wird der Plan vereitelt, als der [[Warpkern ]] des Schiffes abgestoßen wird. Kim fragt sich, wie dies möglich sein kann. Im Gespräch mit Janeway, erkennt Kim, dass Chakotays neurale Energie auch Personen kontrollieren muss, um den Plan der Komar zu sabotieren. Nachdem es gelingt, gelungen ist das Wesen aus Tuvoks Körper zu vertreiben, beobachtet Kim das fremde Volk mit den Sensoren und setzt einen Fluchtkurs, der das Schiff letztlich rettet. ({{VOY|Bewußtseinsverlust}})
Nachdem ein Außenteam auf einem dem Planeten [[Avery III]] vermisst wird, analysiert Harry Kim ein [[Höhle]]nsystem und informiert Janeway darüber, dass nach ihren [[Scanner|Scan]]s ein [[Tunnel]] scheinbar seine Position verändert hat. Da erwogen wird ein Rettungsteam zu schicken, bringt Kim zum Ausdruck, dass sie eine Spur aus <q>Brotkrümeln</q> hinterlassen könnten, um nicht den Kontakt zu verlieren. Nachdem sie Kim und die anderen entdecken, dass die Vidiianer ihr Außenteam gefangen halten, arbeitet Harry Kim mit an einer Möglichkeit, das vidiianische [[Kraftfeld]] zu durchdringen. Chkotay, verkleidet als Vidiianer gelingt es schließlich das Außenteam zu retten. ({{VOY|Von Angesicht zu Angesicht}})
Als die bioneuralen Gelpacks des Schiffes infiziert werden, und einige von ihnen ausfallen, checkt Kim die Transporterlogbücher, welche jedoch keine Erklärung liefern. Nachdem die Lebenserhaltung und der Antrieb sowie kurze Zeit später das [[Gravitationsgitter]] auf Deck 8 ausfallen, meldet er dies Janeway. Nachdem alle Bakterien durch eine Erhitzung des Schiffes abgetötet wurden, fährt er wieder die Lebenserhaltungssysteme hoch. ({{VOY|Erfahrungswerte}})
