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Als man plant eine Transwarpspule von einem Borgschiff zu stehlen, führt er mit den anderen Offizieren Kampfsimulationen durch. Gemeinsam mit Tuvok sprengt er dabei den Schildgenerator der Borg, sodass die Transwarpspule auf die ''Voyager ''gebeamt werden kann. Zwar können sie auf das Schiff zurückgebeamt werden, jedoch entern die Borg die ''Voyager''. Um dieses Problem zu beheben, studiert Seven of Nine weitere Daten ihrer Eltern. Auf diese Weise findet man scheinbar einen Weg, die Transwarpspule von den Borg zu stehlen. Kim gehört zum Außenteam und sprengt mit Tuvok den Schildgenerator der Borg. Auf dem Rückweg werden sie von den Borg entdeckt, können jedoch zurückgebeamt werden. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I}})
Nachdem man auf ein Generationenschiff der Varro trifft, nähert sich Kim der [[Varro]] [[Derran Tal]] an. Sie beginnen eine heimliche Affäre. Als er bemerkt, dass der Plasmatransfer beginnt, zieht er sich rasch an und kehrt auf die ''Voyager'' zurück. Dort ist sein Verschwinden zunächst nur Paris aufgefallen, der es für sich behalten will. Dieser verhindert auch Kims Entdeckung, als Tuvok auf Kims heimliche Kommunikation aufmerksam wird. Am nächsten Tag arbeitet Kim mit Seven of Nine an einer Diagnose des Varroschiffes in der Astrometrie. Dabei zeigt Kim jedoch Krankheitssymptome und Seven erkennt, dass seine Körpertemperatur erhöht ist. Nachdem seine Haut luminisziert, bringt sie ihn auf die Krankenstation, wo er vom Doktor untersucht wird. Als dieser Bioalarm auslösen will, gesteht Kim, dass er sich mit einer Varrofrau getroffen hat und intimen Kontakt hatte. Auch muss der Doktor den Captain informieren, der Kim daraufhin zu sich zitiert. Sie befiehlt ihm ihre Beziehung zu beenden. Über diese Entscheidung, informiert er Derran Tal. Jedoch will er sie nicht verlassen und küsst sie. Wenig später beamt er sie auf ein Shuttle und macht mit ihr einen Ausflug. Während sie einen Nebel beobachten, kommen sie sich näher. Sie werden jedoch vom ''Delta-Flyer'' abgefangen. Nach einem Verhör, gesteht Tal zu, die Parasiten zu verlangsamen, damit gefährdete Segmente des Varro-Schiffs geräumt werden können. Nach dieser Besprechung, spricht Janeway mit ihm. Da er laut den Bioscans des Doktors eine biochemische Verbindung mit Tal eingegangen ist, wird sie ihn nicht vors Kriegsgericht stellen und sich auf der Krankenstation melden. Dies lehnt Kim jedoch ab. In einem persönlichen Gespräch, stellt er klar, dass er Tal liebt. Sie werden jedoch unterbrochen, als es auf dem Varroschiff zu Dekompressionen gibt. Er schlägt vor, dass Integritätsfeld auf das Varroschiff auszudehnen, um die Trennung des Schiffs zu verlangsamen. Durch dieses Manöver, kann die Trennung so lange verlangsamt werden, dass alle Varro aus den geföhrdeten Bereichen evakuiert werden können. Nachdem sich die Kapseln getrennt haben, verabschiedet er sich von Tal, die mit den Dissidenten zum [[Natori-System]] fliegt. Daraufhin entschließt er sich, die Auswirkungen der Hormone zu ertragen, anstatt ein Medikament zu nehmen. Im Kasino fragt ihn Seven of Nine, weshalb er eine Behandlung ablehnt. Sie meint, dass Liebe auch eine Quelle für Stärke sein kann und er bald wieder gesund werden soll. ({{VOY|Das Generationenschiff}})
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