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Nach mehr als drei Wochen Flugzeit erreicht die ''Enterprise'' Anfang [[2154]] schließlich das System und findet mit einem aus einem insektoiden Schiffswrack geborgenen Aufklärungsschiff die Konstruktionsstätte der Waffe, welche in einem Ozean liegt. Archer macht sich schließlich auf den Weg, um die Waffe zu zerstören, allerdings ist sie bei seiner Ankunft verschwunden. Das Aufklärungsschiff wird schließlich abgefangen und durch aquarianische Schiffe außer Gefecht gesetzt. Bevor sich Archer aber auf den Weg macht , erfährt er von Daniels, dass in Wirklichkeit die [[Sphärenbauer]] für diesen Konflikt verantwortlich sind. Sie benutzen die Xindi dafür die Menschen zu vernichten, damit diese den Spährenbauern Sphärenbauern in der Zukunft nicht mehr gefährlich werden können. Er gibt Archer eine [[Xindi-Initiationsmedaille|Initiationsmedaille der Xindi]] mit um zu beweisen, dass die Menschen und Xindi einmal Alliierte werden. Nachdem Archer von den Xindi gefangen genommen wurde, will dieser den Xindi beweisen, dass die Menschen nicht die Feinde sind. Aber die Reptilianer glauben Archer nicht und sie beginnen mit dem Angriff auf die im System entdeckten ''Enterprise''. Obwohl sich die ''Enterprise'' wehrt , ist das Schiff den Xindi unterlegen und steht kurz vor der Vernichtung. ({{ENT|Brutstätte|Azati Prime}})

In der Zwischenzeit gelingt es Archer Degra zu überzeugen, dass er die Wahrheit sagt. Degra lässt darauf daraufhin den Angriff auf die schwer beschädigte ''Enterprise'' abbrechen. Archer kehrt auf die ''Enterprise'' zurück. Nach dem Kampf mit den Xindi gibt es 18 Todesopfer an Bord und der Warpantrieb ist ausgefallen. Um die Warpfähigkeit wieder herzustellen ist Archer gezwungen von den [[Illyrianer]] n eine [[Warpspule]] von deren [[Illyriansches Raumschiff|Raumschiff]] zu stehlen. Nachdem die Warpfähigkeit wieder hergestellt wiederhergestellt wurde , fliegt die ''Enterprise'' zum Treffpunkt um sich dort mit Degras Raumschiff zu treffen. ({{ENT|Beschädigungen}})

Beim Treffpunkt entschuldigt sich Degra für den Angriff der Xindi auf die Erde. Er vertraut inzwischen den Menschen und weiß nun , wer der wirkliche Feind ist. Degra gibt Archer die Koordinaten für den [[Xindi-Ratsplanet|Ratsplaneten]], damit Archer den [[Xindi-Rat]] überzeugen kann den Angriff auf die Erde abzubrechen. ({{ENT|Die Vergessenen}})

Um den Ratsplaneten zu erreichen, muss die ''Enterprise'' einen [[Subraumkanal]] durchfliegen, welcher von einer feindseligen Spezies bewacht wird. Bevor die ''Enterprise'' in den Korridor fliegt , taucht ein weiteres Schiff der NX-Klasse auf. Es stellt sich heraus, dass es sich bei diesem Schiff um die ''Enterprise'' handelt, welche durch eine Wechselwirkung des [[Impulsantrieb]]s mit dem Korridor in die Vergangenheit geschleudert und dort zu einem Generationenschiff umgebaut wurde. Nach einigen Meinungsverschiedenheiten mit Archers Nachfolger [[Lorian]], welcher der Sohn von T'Pol und Trip ist, bei dem sich beide Schiffe auch ein Feuergefecht liefern, gelingt es den Impulsantrieb der jüngeren ''Enterprise'' um zurüsten umzurüsten und die Gegner im Nebel einige Zeit in Schach zu halten. Als Archers ''Enterprise'' jedoch manövrierunfähig geschossen wird, schleppt sie Loriens Schiff mit einem [[Traktorstrahl]] soweit, bis sie genügend Schwung hat, um den Korridor zu erreichen. Lorien lenkt auf dem letzten Stück die angreifenden Schiffe ab. Archer und seine ''Enterprise'' erreichen so rechtzeitig das Treffen mit Degra , während die andere ''Enterprise'' verschollen bleibt. ({{ENT|E²}})

Archer und Ensign Sato sprechen schließlich unter dem Schutz der arboralen und der humanoiden Xindi vor dem Rat und zeigen nach und nach auf, dass die Sphärenbauer die Xindi getäuscht und missbraucht haben. Es gelingt sogar die Aquarianer zu überzeugen, allerdings beugen sich die insektoiden und die reptilianischen Xindi nicht dem Ausgang der Sitzung und entführen die Superwaffe, die bis zu ihrem Start in einem gewaltigen Hangar des Planeten verborgen liegt. [[Dolim]] , der Anführer der Reptilianer , entführt Ensign Sato, damit diese mit ihren Fähigkeiten den Waffenaktivierungscode entschlüsselt. ({{ENT|Der Rat}})

Als die ''Enterprise'' die Erde nach nun acht Monaten in der Ausdehnung erreicht, stellt die Crew dort fest, dass es keine Verbindung zur Sternenflotte gibt. Als man mit einer Fähre auf die Erde fliegt, um dieser Sache nach zu gehennachzugehen, stellt man dort fest, dass die ''Enterprise'' in die Vergangenheit zurück versetzt wurde. Die ''Enterprise'' befindet sich im [[20. Jahrhundert]] zur Zeit des [[Zweiter Weltkrieg|Zweiten Weltkriegs]]. Es stellt sich heraus, dass Daniels für diesen Zeitsprung verantwortlich ist. Zu diesem Zeitpunkt wurde aus dem Temporalen Kalter Kalten Krieg ein richtiger Krieg. Die [[Na'kuhl]] verändern die Geschichte und werden von den [[Nazi]]s im 20. Jahrhundert unterstützt. Die Nazis beginnen mit der [[Invasion]] auf die der [[USA]] , während [[Vosk]] und seine Anhänger einen [[Vosks Zeitkanal|Zeitkanal]] bauen , damit die Na'kuhl damit die Geschichte kontrollieren können. Captain Archer, welcher ebenfalls von Daniels in diese Zeit gebracht wird, kann mit Hilfe einiger amerikanischen Rebellen die Nazis aufhalten , während die ''Enterprise'' versucht den Zeitkanal zu vernichten. Dabei wird das Schiff von einigen aufgerüsteten [[Stuka-Bomber]]n angegriffen. Archer gelingt es Vosk aufzuhalten und den Zeitkanal zu vernichten. Die Geschichte wird wieder hergestelltwiederhergestellt. Daniels erscheint und bedankt sich bei Archer, er bringt ihn und die ''Enterprise'' wieder zurück ins 22. Jahrhundert. Dort wird die ''Enterprise'' von einer Flotte aus Sternenflottenschiffen empfangen, welche die ''Enterprise'' zurück zur Erde geleiten. ({{ENT|Sturmfront, Teil II|Sturmfront, Teil I}})

Auf der Erde wird die Besatzung der ''Enterprise'' als Helden gefeiert, man Gedenkt gedenkt aber auch den 27 verstorben Crewmitglieder, die während der [[Xindi-Krise]] verstorben sind. In den folgenden drei Monaten wird die ''Enterprise'' repariert und Technologisch technologisch auf den neusten Stand gebracht. ({{ENT|Zuhause}})

Im Mai 2154 greifen greift eine Gruppe menschlicher [[Augment]]s einen klingonischen Bird-of-Prey an und kapern kapert diesen. Mit diesem Vorfall beginnt die [[Augment-Krise]]. Der Vorfall führte führt zu einer akuten Kriegsgefahr zwischen Menschen und Klingonen. Die ''Enterprise'' wird wieder in den Einsatz geschickt um die Augments aufzuhalten. An Bord der ''Enterprise'' befindet sich [[Arik Soong]], ein Gefangener , welcher der Ziehvater der Augments ist. Die ''Enterprise'' fliegt ins [[Borderland]] um dort die Augments aufzuspüren. Dort gelingt Soong die Flucht von der ''Enterprise'' und er kann mit den Augments entkommen.

Die Augments stehlen von [[Cold Station 12]] einige tödlichen tödliche [[Virus|Viren]]. [[Malik]], der Anführer der Augments , will mit diesen Viren die klingonische [[Qu'Vat]]-[[Kolonie]] angreifen um somit einen Krieg zwischen Menschen und Klingonen auszulösen. Aber Soong weigert sich diesen Plan durch zu führen durchzuführen und die Augments [[Meuterei|meutern]] gegen ihren Ziehvater. Soong kann in einer Fluchtkapsel entkommen und wird von der ''Enterprise'' wieder aufgenommen. Die ''Enterprise'' kann die Augments aufhalten und den Angriff auf Qu'Vat-Kolonie verhindern. Der Bird-of-Prey wird im Orbit des Planeten vernichtet und der Krieg zwischen den Klingonen und den Menschen kann verhindert werden. ({{ENT|Borderland|Cold Station 12|Die Augments}})

Kurz darauf kommt es zu einem Bombenanschlag auf die [[Botschaft]] der Erde auf Vulkan. Dabei sterben 43 Menschen, darunter auch Admiral Forrest. Die ''Enterprise'' fliegt nach Vulkan, um den Vorfall zu untersuchen. Unter Verdacht stehen die [[Syrrannit]]en, eine pazifistische Gruppierung auf [[Vulkan]]. Aber es stellt sich heraus, dass [[Administrator]] [[V'Las]] vom vulkanischen Oberkommando mit mitverantwortlich für diesen Anschlag verantwortlich ist. Er gibt den Syrranniten die Schuld um von einem Angriff auf [[Andoria]] abzulenken. Den Angriff auf Andoria hingegen erklärt V'Las seinen Ministern, indem er behauptet, dass die Andorianer die Xindi-Superwaffe besitzen.

Eine Flotte Vulkanischer vulkanischer Schiffe droht die Andorianer anzugreifen, aber Commander Tucker warnt mit der ''Enterprise'' die Andorianer. Die ''Enterprise'' schließt sich den Andorianern an. Es kommt kurz darauf zum Gefecht zwischen beiden Flotten, der [[Schlacht von Andoria]], welche sehr zu Ungunsten der Andorianer verläuft. Die ''Enterprise'' fliegt zwischen die Fronten um ein Gefecht zwischen beiden Völkern zu unterbinden.

In der Zwischenzeit findet Captain Archer das [[Kir'Shara]], ein vulkanisches Heiligtum von [[Surak]]. V'Las versucht dieses zu verhindern und Archer gelingt es zusammen mit [[T'Pau]] , die anderen Minister des Oberkommandos zu überzeugen, dass in Wirklichkeit V'Las für den Anschlag und den Angriff auf Andoria verantwortlich ist. V'Las wird verhaftet und der Angriff auf die Andorianer wird abgebrochen. T'Pau wird in Folge dieser Ereignisse zur Ministerin ernannt und das Oberkommando wird aufgelöst. Die Vulkanier versprechen sich von nun an nicht mehr in die Missionen der ''Enterprise'' einzumischen. ({{ENT|Der Anschlag|Zeit des Erwachens|Kir'Shara}})

Zu der Zeit befindet sich auch die andorianische Delegation auf dem Weg nach Babel, als diese angegriffen wird. Es sieht so aus , als seien die Tellariten für diesen Angriff verantwortlich. Die ''Enterprise'' nimmt die Überlebenden auf , unter denen sich auch Shran befindet. Es stellt sich aber heraus, dass die Romulaner in Wirklichkeit für diesen Angriff verantwortlich sind. Die Romulaner sehen eine große Gefahr darin , wenn sich Menschen, Vulkanier, Andorianer und Tellariten verbünden. Um dies zu verhindern verwenden die Romulaner ein fernlenkbares [[Romulanisches Drohnenschiff|Drohnenschiff]], welches in der Lage ist, die [[Waffensignatur]] und mittels einer auf [[Multispektraler Emitter|multispektralen Emitter]]n basierenden [[Holografische Tarnvorrichtung|holografischen Tarnvorrichtung]] auch das Aussehen verschiedener Schiffe zu simulieren. Damit wollen die Romulaner Konflikte zwischen den Völkern schüren.

Die Besatzung der ''Enterprise'' findet heraus, dass es sich bei dem Angreifer um die Romulaner handelt. Die Vier vier Völker bilden aber eine [[Allianz (2154)|Allianz]] und eine Flotte aus andorianischen, tellaritischen, vulkanischen Raumschiffen und die ''Enterprise'' versuchen mit Hilfe eines [[Sensorennetz]]es das romulanische Schiff aufzuspüren. Am Ende gelingt es das romulanische Drohnenschiff aufzuhalten und Streitigkeiten zwischen Andorianern und Tellariten werden beigelegt. ({{ENT|Babel|Vereinigt|Die Aenar}})

Infolge der Augment-Krise beginnen die Klingonen Ende des Jahres mit der Manipulation ihrer eigenen Gene und versuchen sie mit der gefundenen Augment-[[DNS]] auf zu wertenaufzuwerten. Dabei entsteht jedoch ein aggressives mutagenes Virus, das schnell große Teile der klingonischen Bevölkerung infiziert. Da die Klingonen Hilfe benötigen , lassen diese Ende des Jahres Doktor Phlox entführen, welcher sich zu dieser Zeit auf der Erde befindet. Captain Archer versucht Phlox aufzuspüren , aber eine Gruppe [[Klingonischer Augment|klingonischer Augments]] dringt an Bord der ''Enterprise'' ein. Die Klingonen manipulieren den [[Warpantrieb]] und können von Bord entkommen. Die ''Enterprise'' beschleunigt und wird immer schneller und es droht ein [[Warpkernbruch]]. Die [[Columbia (NX-02)|''Columbia'' (NX-02)]] kommt der ''Enterprise'' zu Hilfe und nimmt die ''Enterprise'' in ihr [[Warpfeld]] auf. Somit kann Commander Tucker den Warpantrieb ausschalten und neu starten , ohne das dass die klingonische Sabotage größere Schäden an Bord der ''Enterprise'' anrichten kann. Phlox findet inzwischen ein Heilmittel für die Klingonen und kann kurz darauf von der ''Enterprise'' und der ''Columbia'' gerettet werden. ({{ENT|Die Heimsuchung|Die Abweichung}})