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Kurz bevor die ''Enterprise'' auslaufen soll, stürzt ein [[Klaangs Schiff|klingonisches Schiff]] auf die Erde. Der Pilot [[Klaang]] wird auf der Erde schwer verletzt. Die Vulkanier raten der Sternenflotte , den Klingonen sterben zu lassen, aber Archer kann die Sternenflotte davon überzeugen, den Klingonen zu seiner Heimatwelt [[Qo'noS]] zu bringen. Aber Archer braucht für diese Mission Hilfe, so bekommt er den [[Denobulaner|denobulanischen]] [[Arzt]] [[Phlox]] und die Vulkanierin T'Pol zu seiner Crew hinzu. Archer bringt den Klingonen nach Qo'noS, aber ohne es zu ahnen greift er in den [[Temporaler Kalter Krieg|Temporalen Kalten Krieg]] ein. Die Suliban, eine Fraktion in diesem Konflikt, versuchen zu verhindern, dass Klaang wichtige Information nach Qo'noS überbringt. Obwohl die Suliban Klaang mehrmals Entführen, gelingt es Archer ihn zu befreien und Klaang erfolgreich nach Qo'noS zu bringen. Dort überbringt Klaang die wichtige Nachricht über die Einmischung der Suliban in das [[Klingonisches Reich|Klingonische Reich]]. Die Sternenflotte ist von der erfolgreichen Mission der ''Enterprise'' begeistert und die ''Enterprise'' beginnt mit der Erforschung des [[Tiefenraum]]s. ({{ENT|Aufbruch ins Unbekannte, Teil I|Aufbruch ins Unbekannte, Teil II}})

Während der ersten Wochen ihres Fluges rüstet Lieutenant [[Malcolm Reed]] die Fusionstorpedo Fusionstorpedos auf und Captain Archer gelingt erfolgreich der [[Erstkontakt]] mit den [[Axanar]]. ({{ENT|Freund oder Feind}})

Nur wenige Wochen später gelingt es der der Enterprise Crew, das Geheimnis von [[Terra Nova]] zu lösen. Terra Nova ist im [[21. Jahrhundert]] die am weitesten entfernte [[Terra-Nova-Kolonie|Kolonie]] der Menschen, als plötzlich nach Streitigkeiten der Kontakt mit der [[Kolonie]] abgebrochen ist. Die Crew der ''Enterprise'' findet heraus, dass ein [[Asteroid]] auf den Planeten eingeschlagen ist. Die Bewohner der Kolonie machen die Menschen von der Erde für den Angriff verantwortlich, aber Archer berichtet ihnen, dass die Menschen dafür nicht verantwortlich waren und ihm gelingt es , das Vertrauen der [[Novaner]] zu gewinnen. ({{ENT|Terra Nova}})

Kurz darauf erreicht die ''Enterprise'' [[P'Jem]], ein Planet, welcher sich im [[Orbit]] von [[Luytens Stern]] befindet. Auf den Planeten befindet sich ein vulkanisches [[Kloster]] welches Archer dort besucht. Aber im Kloster werden Archer, T'Pol, Tucker und die vulkanischen Mönche Geiseln der [[Andorianer]]. Die Andorianer vermuten im Kloster einen Horchposten der Vulkanier, welcher die Heimatwelt der Andorianer ausspionieren soll. Ein Befreiungsversuch von der ''Enterprise'' scheitert. Später findet Archer heraus, dass die Andorianer recht Recht haben und das dass sich ein Horchposten unter dem Kloster befindet. Archer [[scan]]nt die die Daten über den Horchposten und übergibt den [[Scanner]] an den andorianischen Kommandant Kommandanten [[Shran]]. ({{ENT|Doppeltes Spiel}})

Die ''Enterprise'' steht im ständigen Kontakt mit der Erde und der Sternenflotte. So teilen sie einer Schulklasse, die Entdeckung eines [[Komet]]sen, der auch nach Captain Archer in [[Archer-Komet]] benannt wird, mit. Bei der Erforschung des Kometen ist auch das vulkanische Schiff [[Ti'Mur|''Ti'Mur'']] anwesend. Später beteiligt sich das Schiff an der Rettung von Lieutenant Malcolm Reed und Ensign Travis Mayweather. Mit Hilfe des [[Traktorstrahl]]s kann die ''Ti'Mur'' die Fähre befreien, mit der die beiden auf den dem Kometen eingebrochen sind. ({{ENT|Das Eis bricht}})

In vier Monaten hat die ''Enterprise'' eine Strecke von ungefähr 75 [[Lichtjahr]]e en zurückgelegt. Neben der Erforschung des Alls erfüllt die ''Enterprise'' auch eine Polizeifunktion. So beschützt die ''Enterprise'' die [[Heimatwelt der Akaali]] vor den [[Malurianer]]n. Kurz darauf hilft die ''Enterprise'' dem irdischen [[Frachter]] [[ECS Fortunate|ECS ''Fortunate'']], welcher kurz vorher von den [[Nausikaaner]] n angegriffen wurde. Als Archer aber bemerkt, dass der stellvertretende Captain [[Matthew Ryan]], einen Nausikaaner gefangen hält, versucht Archer , diesen den Nausikaaner Nausikaanern zu übergeben. Es kommt zu kurzen Kämpfen zwischen den Nausikaanern und der ''Fortunate'', den die ''Enterprise'' mit der Übergabe des gefangen Nausikaaner beenden kann. ({{ENT|Die Saat|Familienbande}})

Wenige Wochen später wird die ''Enterprise'' wieder in den Temporalen Kalten Krieg verwickelt. Der [[Future Guy]] schickt den Suliban [[Silik]] an Bord der ''Enterprise''. Die ''Enterprise'' befindet sich zu dieser Zeit bei der [[Große Wolke von Agosoria|Großen Wolke von Agosoria]]. Zu der Zeit befinden sich einige Pilger als Gäste an Bord der ''Enterprise''. Unter den Pilgern befindet sich auch Silik, welcher kurz darauf die ''Enterprise'' vor einer Energieentladung rettet. Captain Archer findet heraus, dass ein Crewmitglied [[Daniels (Crewman)|Daniels]] auch ein Zeitagent aus der [[31. Jahrhundert|fernen Zukunft]] ist. Daniels erklärt Archer , er müsse Fremdeingriffe aus der Zukunft, welche die Vergangenheit zu ihren Gunsten verändern will, verhindern. Archer vertraut Daniels und unterstützt ihn bei der Jagd nach Silik. Aber Silik gelingt es , Daniels zu töten und er versucht , Daniels Daten zu stehlen. Archer gelingt es zwar , die Daten von Daniels zu vernichten , aber Silik kann entkommen. ({{ENT|Der kalte Krieg}})

Im September das Jahres setzt die ''Enterprise'' den [[Subraumverstärker]] [[Echo Zwei]] aus, damit das Schiff weiter im Kontakt mit der Sternenflotte bleiben kann. Zu der Zeit befindet sich das Schiff ungefähr 100 Lichtjahre von der Erde entfernt. Plötzlich wird die ''Enterprise'' von einem unbekannten Schiff angegriffen. Das fremde Schiff spielt mit der ''Enterprise'' Katz und Maus. Captain Archer beschließt vor dem Schiff zu fliehen und zur Erde zurückzukehren, damit dort die Waffen der ''Enterprise'' aufgerüstet werden. Auf den Rückflug zur Erde installieren Tucker und Reed [[Phasenkanone]] n an Bord der ''Enterprise''. Mit diesen Phasenkanonen gelingt es der ''Enterprise'', den unbekannten Feind zu besiegen und die ''Enterprise'' setzt ihre Mission fort. ({{ENT|Lautloser Feind}})

Kurz darauf ist die ''Enterprise'' an mehren Rettungsmissionen beteiligt. So helfen hilft die Crew den [[Valakianer]] bei der Bekämpfung einer [[Seuche]] auf den Planeten. Doktor Phlox kann zwar der Bevölkerung nicht ein Heilmittel übergeben, denn das wäre eine Einmischung in die natürliche [[Evolution]] auf den Planeten, aber er übergibt ein Mittel, welches die Symptome lindert. Nach diesen Ereignissen rettet die ''Enterprise'' ein klingonisches Schiff der [[Raptor-Klasse|''Raptor''-Klasse]] aus der [[Atmosphäre]] eines [[Gasriese]]n. ({{ENT|Lieber Doktor|Schlafende Hunde}})

Bei einem Besuch auf den Planeten [[Coridan]] werden Archer und T'Pol von einer Gewaltbereiten Gruppe, welche gegen die coridinische coridanische Regierung arbeitet entführt. Archer und T'Pol werden kurz darauf von den Andorianern und Vulkaniern befreit. Kurz vorher kommt es zu einem Konflikt zwischen der Sternenflotte und den Vulkaniern, weil durch das Eingreifen der ''Enterprise'', der Horchposten der Vulkanier auf P'Jem enttarnt wurde. Da die Vulkanier keine Vollmacht über die ''Enterprise'' haben, wollen diese T'Pol von Bord holen, aber nach den Ereignissen auf Coridan darf T'Pol an Bord der ''Enterprise'' bleiben. ({{ENT|Im Schatten von P'Jem}})

Wenige Wochen später erreicht die ''Enterprise'' den [[Arachnoidea-Nebel]]. Dort trifft die ''Enterprise'' sie auf die [[Vahklas|''Vahklas'']]. Auf dem Schiff leben Vulkanier, die sich ihren [[Emotion]]en hingeben. ({{ENT|Verschmelzung}})

Ende des Jahres wird die ''Enterprise'' von einer Gruppe [[Ferengi]] übernommen. Die Ferengi betäuben die gesamte Crew und beginn mit der Erbeutung sämtlicher Wertsachen von Bord. Commander Tucker hält sich zu dieser Zeit in der Dekontaminationskammer und bleibt so von dem Betäubungsgas verschont. Tucker gelingt es T'Pol und Archer zu wecken. Zu dritt gelingt es ihnen die Ferengi zu überlisten und wieder die Kontrolle über die ''Enterprise'' zu übernehmen. Nachdem die Crew wiederbelebt ist , werden die Ferengi gezwungen, alles wieder an seinen Platz zu bringen. Schließlich lassen sie die Ferengi fliegen, nachdem Archer ihnen gedroht hat, sie sofort anzugreifen, wenn sie noch einmal einen Überfall versuchen. ({{ENT|Raumpiraten}})