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Die wichtigsten Fraktionen des Krieges sind die [[Föderation]] bzw. die [[Föderiert-Klingonisch-Romulanische Allianz|Föderationsallianz]], welche sich aus der Föderation selbst, dem [[Klingonisches Reich|Klingonischen Reich]] und später auch den [[Romulaner]]n zusammensetztezusammensetzt, und das [[Dominion]], welches sich mit den [[Cardassianer]]n und den [[Breen]] verbündet, um den [[Alpha-Quadrant]]en zu unterwerfen. Ermöglicht wird dieser Konflikt zwischen den eigentlich räumlich weit auseinanderliegenden Kontrahenten durch das [[Bajoranisches Wurmloch|bajoranische Wurmloch]], welches den Alpha- mit dem entfernten [[Gamma-Quadrant]]en, dem Ursprung des Dominion, verbindet.

Im Jahr [[2369]] wird von der [[Föderation]] das [[bajoranisches Wurmloch|bajoranische Wurmloch]] entdeckt, welches eine schnelle Passage vom [[Alpha-Quadrant]]en in den unerforschten [[Gamma-Quadrant]]en ermöglicht. Um das [[Wurmloch]] zu schützen wird sogar die [[Raumstation]] [[Deep Space 9]] aus dem [[Orbit]] von [[Bajor]] in die nähe Nähe des Wurmloches verlegt. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I|Der Abgesandte, Teil II}})

Im Verlauf des Jahres erfährt erhält die Föderation nur vereinzelt weitere Informationen über das Dominion. Allerdings wird in diesen Berichten das Dominion als [[Militär|militante]] Macht im Gamma-Quadrant Quadranten dargestellt. Von den [[Skrreea]] erfährt [[Commander]] [[Benjamin Sisko]], dass die Armeen des Dominions eine einheimische Spezies aus dem Gamma-QuadrantQuadranten, die [[T-Rogoraner]] , erobert haben. ({{DS9|Auge des Universums}})

Aufgrund des aktiven Flugverkehrs durch das Wurmloch wird das Dominion auf die Besucher aus dem Alpha-Quadranten aufmerksam. Das Dominion beginnt damit, Informationen über den Alpha-Quadranten zu sammeln. Mit der Zeit erhält das Dominion Informationen über dort einheimische Spezies und ihrer Kulturen, aber auch über das politische Geschehen im Alpha-QuadrantQuadranten, wie etwa die Einrichtung der [[Entmilitarisierte Zone|Entmilitarisierten Zone]] zwischen den [[Cardassianer]]n und der Föderation. Da das Dominion kein weiteres Eindringen in seinen Raum wünscht, beginnt das Dominion die Großmacht, dem ein Ende zu setzen. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})

Zu der Zeit befinden sich Commander Sisko, sein Sohn [[Jake Sisko|Jake]], Quark und sein Neffe [[Nog]] auf einem Planeten im Gamma-Quadranten, um diesen zu erforschen. Während Sisko und Quark am Abend auf eine Fremdetreffen, welche sich [[Eris]] nennt, treffen, werden sie plötzlich von den Jem'Hadar angegriffen und entführt. Sisko, Quark und Eris sind nun Gefangene des Dominions und werden von den Jem'Hadar verhört. Währenddessen erscheint bei Deep Space 9 ein [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]], und der Jem'Hadar [[Talak'talan]] beamt sich auf die [[Operations Center|OPS]] der Station. Talak'talan informiert die [[Führungsoffizier]]e darüber, dass das Dominion keine Einmischung mehr wünscht und die Durchreise durch das Wurmloch unterbinden will. Um dies zu bekräftigen, übergibt Talak'talan eine Liste von Schiffen, welche vom Dominion vernichtet worden sind, und Talak'talan bestätigt auch, dass Neu Bajor von den Jem'Hadar ausgelöscht worden ist. Des weiteren bestätigt Talak'talansowie den Umstand, dass sich Commander Sisko in der Gewalt des Dominons befindet. Darauf beamt sich Talak'talan von der Station.

Als Folge dieser Warnung wird vorerst jeglicher Verkehr durch das Wurmloch in den Gamma-Quadranten eingestellt. Im Auftrag der Sternenflotte fliegt die [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] unter dem [[Kommando]] von [[Captain]] [[Keogh]] in den Gamma-Quadranten, um Sisko, Quark und die Jungen zu retten. Die Führungsoffiziere von Deep Space 9 unterstützen die ''Odyssey'' mit den zwei [[Runabout]]s - der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und der [[USS Orinoco|USS ''Orinoco'']] - bei dieser Befreiungsaktion. In der Nähe des Planeten wird die Föderationsflotte von drei Jem'Hadar-Angriffsjägern angegriffen. Die ''Odyssey'' wird bei diesem Gefecht schwer beschädigt, da die feindlichen Schiffe mit ihren [[Polaronwaffe]]n in der Lage sind, die [[Schutzschild|Schilde]] der Sternenflottenschiffe zu durchdringen. Inzwischen gelingt es Sisko, Quark und Eris, den Jem'Hadar zu entkommen, und sie werden an Bord eines der Runabouts gebeamt. Zur gleichen Zeit stürzt sich unerwartet einer der Angriffsjäger in die ''Odyssey'', und diese wird dabei so schwer beschädigt, dass die ''Odyssey'' sie schließlich explodiert. Nach der Rückkehr in den Alpha-Quadranten enttarnt Quark Eris als [[Spion]]in des Dominions. Sisko erkennt den Plan des Dominions, dass Eris in den Alpha-Quadrant gelangen und diesen dort ausspionieren soll. Als Eris enttarnt wird, beamt sich diese mit den Worten an Sisko, dass er keine Ahnung hat, was gerade begonnen hat, von Deep Space 9. Sisko plant darauf daraufhin, sich auf einen Angriff des Dominions vorzubereiten. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})

In den folgenden Wochen werden auf Deep Space 9 Simulation Simulationen durchgeführt, wie schnell das Dominion die Station übernehmen kann. Doch die Die Ergebnisse fallen alle sehr schlecht aus. Zu der dieser Zeit begibt sich Sisko wegen der Bedrohung durch das Dominion zur [[Erde]]. Zum besseren Schutz von Bajor und Deep Space 9 bekommt Sisko [[2371]] das experimentelle Kampfschiff [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'']] von der Sternenflotte zugewiesen. Die ''Defiant'' verfügt über eine [[Tarnvorrichtung]] der [[Romulaner]], die im Gegenzug mit allen gesammelten Informationen bezüglich des Dominion versorgt werden wollen. Sisko bekommt von der Sternenflotte den Auftrag, mit der ''Defiant'' in den Gamma-Quadrant Quadranten zu fliegen, um Kontakt mit den [[Gründer]]n aufzunehmen. Da Quark bereits Verhandlungen mit den Karemma, einem Mitglied des Dominions, durchgeführt hat, zwingt ihn Sisko, ihn auf dieser Mission zu begleiten, um so Kontakt mit den Dominion herstellen zu können. Mit Hilfe der Karemma erfährt Sisko von einer [[Kommunikation]]srelaisstation auf [[Callinon VII]], mit der die Karemma Kontakt mit den Gründern unterhalten. Jadzia Dax und [[Chief]] [[Miles O'Brien]] beamen darauf daraufhin auf die Relaisstation, werden dort allerdings gefangen genommen. Da sich mehre Jem'Hadar-Angriffsjäger dem Planeten nährennähern, ist Sisko gezwungen, Dax und O'Brien auf den dem Planeten zurückzulassen. Wenig später wird die ''Defiant'' von drei Jem'Hadar-Angriffsjägern angegriffen und dabei schwer beschädigt. Die Jem'Hadar beamen sich an Bord und überwältigen dort die Crew. Nur [[Kira Nerys]] und [[Odo]] können mit einem [[Shuttle]] entkommen. Odo steuert das Shuttle zu einem Planeten im [[Omarion-Nebel]]. Auf der Oberfläche trifft Odo zum ersten Mal auf seine Spezies. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})

Zur selben Zeit befinden sich die Führungsoffiziere der ''Defiant'' in der Gewalt des Dominions. Die [[Gründer]] versuchen, in einer Simulation heraus zu findenherauszufinden, wie viel die Föderation für den Frieden bereit ist zu opfern. In dieser Simulation will das Dominion die Kontrolle über Bajor übernehmen, aber Sisko und seine Führungsoffiziere sind lassen dies nicht bereit, dies zuzulassen zu und sind sogar dazu bereit, das Wurmloch zu verschließen, um eine [[Invasion]] des Dominions zu verhindern. Odo und Kira finden inzwischen heraus, dass Odos Spezies, bestehend aus [[Formwandler]]n, Sisko und seine Führungsoffiziere gefangen halten. Die beiden befreien darauf die anderen Führungsoffiziere und diese erkennen, dass es sich bei den vergangenen Erlebnissen nur um eine Simulation handelt. Odo vermutet darauf, dass seine Spezies Mitglied des Dominions ist. Allerdings liegt er falsch und die Die Formwandler erklärtenklären ihn darüber auf, dass sie selbst die Gründer und somit das Dominion sind. Odo entschließt sich daraufdaraufhin, nicht bei seinem Volk zu bleiben, sondern kehrt mit der ''Defiant'' in den Alpha-Quadrant Quadranten zurück. ({{DS9|Die Suche, Teil II}})

Nach dem unerfreulichen ersten Kontakt und nachdem die Absichten des Dominions klar werden, beginnt ein [[Kalter Krieg (Erde)|kalter Krieg]] zwischen der Föderation und dem Dominion. Es herrscht innerhalb des [[Föderationsraum|Föderationsraums]] eine große Furcht vor dem Dominion. Auch auf der unter dem Kommando der Sternenflotte stehende stehenden Raumstation Deep Space 9 macht sich Angst breit, so dass immer mehr [[Familie]]n und [[Händler]] die Station verlassen. ({{DS9|Das Haus des Quark}})

Wenige Wochen später kauft Quark die [[Trümmer]] eines Schiffswracks aus dem Gamma-QuadrantQuadranten. In dem Wrack ein findet der Ferengi ein [[Baby]], dessen Spezies zunächst unbekannt ist. Nach Einschätzung von [[Doktor]] [[Julian Bashir]] ist das Baby gesund, weist allerdings einen erhöhten [[Stoffwechsel]] auf. Das Baby entwickelt sich schnell und innerhalb der nächsten drei Tage wird klar, dass es sich bei dem Kind um einen Jem'Hadar handelt. Anhand dieses Jem'Hadar-Jungen findet Bashir heraus, dass die Dominion-Soldaten [[Genetik|genetisch]] gezüchtet werden und dass sie von einer [[Droge]] namens [[Ketracel-White]] abhängig sind, sobald sie ein gewisses Alter erreicht haben. Wie alle Jem'Hadar, ist auch dieser sehr aggressiv; trotzdem versucht Odo, aber Odo versucht dem Jungen zu helfen, friedfertig zu werden. Als Odo er damit scheitert, befiehlt die Sternenflotte Sisko, den Jungen zur [[Sternenbasis 201]] zu bringen, damit man ihn dort analysieren kann. Doch Odo will nicht, dass der Junge als Versuchsobjekt misbrauch und eventuell sogar getötet wird. Deshalb bringt Odo er den Jungen in den Gamma-Quadrant Quadranten zum Dominion zurück. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})