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[[Datei:Tom und B'Elanna werden gescannt.jpg|thumb|left|Paris und Torres werden von den Srivani gescannt.]]
In den nächsten Wochen vernachlässigen Paris und Torres ihren Dienst, da sie sich sehr um ihre Beziehung kümmern. Viele Offiziere beschweren sich bei Janeway über das Verhalten der . Auch Tuvok erwischt die beiden und Janeway beim Küssen im Maschinenraum. Paris versucht darauf mit Tuvok zu reden, damit er diesen Vorfall nicht meldet. Später knöpft sich die beiden Janeway Torres und Paris vor. Sie und befiehlt Paris und Torres den beiden mit ihrer Beziehung diskreter umzugehen. Zur selben Zeit treten genetische Mutationen bei der Crew auf und Paris und der Doktor versuchen die Ursache dafür zu finden. Der Doktor findet bei seinen Untersuchungen heraus, dass die DNS von der Crew manipuliert worden ist. Plötzlich wird das Programm des Doktors aus dem Computer gelöscht, doch dem Doktor gelingt es im letzten Moment aufs Holodeck zu transferieren. Paris muss sich darauf allein um die vielen Patienten kümmern. Wenig später stellt sich heraus, dass die [[Srivani]] mit ihren Experimenten für die Mutationen verantwortlich sind. Die Srivani erklären ihre Experimente fortzuführen oder ansonsten die gesamte Crew zu töten. Um die Srivani los ''Voyager'' zu werden steuert retten, fliegt Janeway die ''Voyager'' durch einen [[Pulsar|binären Pulsar]]. Darauf fliehen Da die Srivani glauben, die Fremden von Bord der ''Voyager''werde durch den Pulsar vernichtet, fliehen sie von Bord. Nachdem die Srivani verschwunden sind, kann der Doktor die genetischen Mutationen stoppen. ({{VOY|Verwerfliche Experimente}}) [[Datei:Paris will Torres retten.jpg|thumb|Paris will einen Rettungsplan für Torres ausarbeiten.]]
Paris steuert die ''Voyager'', als sich diese dem [[Krenim-Imperium|Krenim-Raum]] nähert. Ein [[Krenim]] warnt Janeway, dass dieses Gebiet umstritten ist und darauf umfliegt Paris den Krenim-Raum. ({{VOY|Ein Jahr Hölle, Teil II}})
Kurz darauf verbringt die Crew der ''Voyager'' ihren Landurlaub auf der Heimatwelt der [[Mari]]. Paris kauft dort für Torres einige Geschenke. Wenig später wird Torres wegen Verbreiten von Gewalttätigen Gedanken auf der Planetenoberfläche verhaftet. Durch eine [[engrammatische Reinigung]] sollen ihre gewalttätigen Gedanken gelöscht werden. Doch diese Prozedur ist nicht ungefährlich und Paris will alles dafür tun, damit Torres wieder frei kommt. Paris plant sogar Torres heimlich zu befreien, doch Chakotay verhindert dies. Chakotay gibt Paris ein paar Aufgaben, damit sich dieser Ablenken kann. Später gelingt es Tuvok die Unschuld von Torres zu beweisen und diese wird wieder frei gelassen. ({{VOY|Gewalttätige Gedanken}})
Wenig später gehört Neelix zu einem Außenteam, welches mit einem Shuttle in einen Nebel fliegt, um dort Protomaterie zu sammeln. Paris ist der Pilot auf dieser Mission. Doch im Nebel wird Neelix von einer Energieentladung getroffen und bricht zusammen. Paris tut alles um Neelix zu retten, doch er kann nichts für ihn tun und Neelix stirbt. Obwohl Neelix bereits über 18 Stunden tot ist, gelingt es Seven Neelix mit Hilfe von Nanosonden wieder zu beleben. Später nimmt Paris an den [[Tage von Prixin|Tagen von Prixin]], einem talaxianischen Familienfest teil. Dort spricht Paris einen Toast zu ehren von Neelix aus. ({{VOY|Leben nach dem Tod}})
Kurz darauf hat die gesamte Crew seltsame [[Albtraum|Alpträume]] und auch Paris ist davon betroffen. In seinem Alptraum sieht sich Paris in einem abstürzenden Shuttle und er sieht einen Fremden. Darauf erwacht dieser und bei Gesprächen mit Kollegen bemerkt Paris, dass auch seine Kollegen unter Alpträumen leiden. Darauf wird dieser Vorfall von den Führungsoffizieren untersucht und es stellt sich auch heraus, dass einige Crewmitglieder nicht mehr aus ihrem Schlaf erwacht sind. Der Doktor untersucht diese Crewmitglieder, kann jedoch nichts für sie tun. Da jeder eine [[Traumspezies|fremde Spezies]] gesehen hat, versucht Chakotay mit dieser Spezies in einem Traum Kontakt aufzunehmen. Da Chakotay seine Träume kontrollieren kann, willigt Janeway in diesen Plan ein und der Doktor überwacht Chakotays Schlaf. Die Fremden erklären Chakotay im Traum einen Kurs, wie die ''Voyager'' das Gebiet der Fremden verlassen kann. Chakotay wacht auf, die ''Voyager'' verlässt das Gebiet der Fremden und alle wachen wieder auf. Plötzlich greifen die Fremden die ''Voyager'' an und übernehmen das Schiff und Chakotay erkennt, dass er noch immer träumt, und es gelingt ihm sich wieder zu wecken. Der Doktor berichtet ihm, dass nun die gesamte Crew schläft und alle im selben Traum gefangen sind. Auch die Crew erkennt inzwischen, dass diese in einem Traum gefangen sind. Chakotay und der Doktor versuchen nun die Fremden in der realen Welt zu finden, um so die Crew aus der Traumwelt zu befreien. Doch auch Chakotay schläft regelmäßig ein, auch wenn der Doktor immer weiter versucht ihn wach zu halten. Als die ''Voyager'' [[~/Planet/VOY/4x13/1|den Planeten]] erreicht, beamt Chakotay auf die Oberfläche und findet die schlafenden Fremden. Chakotay befiehlt den Doktor im Notfall einen Torpedo auf die Oberfläche zu feuern. Als er einschläft und wieder in die Traumwelt gelangt, warnt er die Fremden, dass der Doktor einen Torpedo auf sie feuern wird. Darauf geben die Fremden die Besatzung wieder frei und sie wacht wieder auf. Nachdem Chakotay die Freilassung der Besatzung erreichen kann, leidet Paris unter Schlaflosigkeit und verbringt daher die Nacht mit Kim bei einem Hoverballspiel und anschließend im Kasino. ({{VOY|Wache Momente}})
