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Im Jahr [[2286]] ist er daran beteiligt, die Erde vor der Zerstörung durch eine fremde Sonde zu retten. Die gigantische [[Walsonde|Sonde]] verursacht eine immense Umweltkatastrophe, als sie versucht mit [[Buckelwal]]en Kontakt aufzunehmen. Spock, Kirk, McCoy, [[Nyota Uhura]], [[Montgomery Scott|Scott]], [[Pavel Chekov|Chekov]] und [[Hikaru Sulu|Sulu]] reisen in die Vergangenheit, um die inzwischen ausgestorbenen Wale zurückzubringen. Im Jahr [[1986]] versuchen Kirk und Spock in [[San Francisco]] Wale zu finden,die sie in die Zukunft mitnehmen können. Sie finden diese im [[Cetacean Institute]], wo Spock eine Gedankenverschmelzung mit einem Wal macht. Während Kirk versucht Dr. [[Gillian Taylor]] zu überzeugen, ihnen ihr Pärchen Wale zu überlassen, leitet Spock die Reparaturen auf der ''[[Bounty]]''. Anschließend berechnet er auch den Kurs, um mithilfe des Gravitationseffekts in die Gegenwart zurückzukehren. Nachdem man die Wale an Bord gebeamt hat, gelingt der Rückflug. Als die ''Bounty'' in der Gegenwart ankommt, gerät sie in den Wirkungsbereich der Sonde und stürzt in den [[Pazifik]] vor [[San Francisco]]. Bevor das Schiff sinkt, können die Offiziere aussteigen. Inzwischen antworten die Wale der Raumsonde und diese fliegt wieder weg. Wenig später findet die [[Militärgericht]]sverhandlung gegen Admiral Kirk und seine Offiziere, wegen der Sabotage der [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] und dem Diebstahl und der Zerstörung der ''Enterprise'' über [[Genesis]] statt. Der Präsident erinnert Spock zwar daran, dass er nicht angeklagt ist, doch der Vulkanier stellt sich neben seine Kameraden, weil er sich zu diesen gehörig fühlt. Die Offiziere werden in der Verhandlung freigesprochen, bis auf Admiral Kirk, der wegen Befehlsverweigerung zum Captain degradiert wird. Als solcher erhält er das Kommando über die [[USS Enterprise (NCC-1701-A)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-A)]] und Spock wird wieder sein Erster Offizier. ({{Film|4}})