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Nachdem Torres bei einer Außenmission schwer verletzt wird und glaubt, auf der [[Barke der Toten]] gewesen zu sein und dort auch ihre Mutter getroffen zu haben, spricht Chakotay mit Torres über ihre Erfahrungen. Er versucht ihr zu erklären, dass dies alles Bilder waren, die ihr Unterbewusstsein erzeugt hat und die sie interpretieren muss. Jedoch ist Torres überzeugt, dass ihre Mutter tot und auf dem Weg ins [[Gre'thor]] ist. ({{VOY|Die Barke der Toten}})
Bald darauf stößt man auf einen Nebel und erkundet ihn. Gleichzeitig erhält Janeway auch einen Beschwerdebrief des Doktors, der außerdem verlangt, im Falle
eines Notfalls zum Kommandierenden Notfallhologramm ernannt zu werden. Diesbezüglich besteht er außerdem auf einer förmlichen Antwort. Chakotay bietet Janeway an, dies zu übernehmen, jedoch wil sie sich persönlich darum kümmern, weshalb Chakotay das Kommando auf der Brücke übernimmt. Später gibt er Janeway einen Bericht und erfährt, dass sie überlegt, dem Doktor tatsächlich zu ermöglichen das Kommando zu übernehmen. Nachdem der Doktor von einem Fremden kontaktiert wird, der sie vor einem bevorstehenden Angriff warnt, lässt Chakotay Gegenmaßnahmen einleiten. Gemeinsam mit Tuvok arbeitet er nach Beginn des Angriffs an einer Möglichkeit eine Schwäche in den Schilden der Hierarchieschiffe auszunutzen. Das Schiff wird beschädigt, jedoch ziehen sich die Hierarchieschiffe dank eines Bluffs des Doktors zurück. Als dieser sich anschließend auf den Stuhl des Captains setzen will, meint Chakotay, dass er es verdient habe. Daraufhin lässt sich das MHN in den Stuhl fallen. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})
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