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Bald darauf stößt man auf einen Nebel und erkundet ihn. Gleichzeitig erhält Janeway auch einen Beschwerdebrief des Doktors, der außerdem verlangt, im Falle
eines Notfalls zum Kommandierenden Notfallhologramm ernannt zu werden. Diesbezüglich besteht er außerdem auf einer förmlichen Antwort. Chakotay bietet Janeway an, dies zu übernehmen, jedoch wil sie sich persönlich darum kümmern, weshalb Chakotay das Kommando auf der Brücke übernimmt. Später gibt er Janeway einen Bericht und erfährt, dass sie überlegt, dem Doktor tatsächlich zu ermöglichen das Kommando zu übernehmen. Nachdem der Doktor von einem Fremden kontaktiert wird, der sie vor einem bevorstehenden Angriff warnt, lässt Chakotay Gegenmaßnahmen einleiten. Gemeinsam mit Tuvok arbeitet er nach Beginn des Angriffs an einer Möglichkeit eine Schwäche in den Schilden der Hierarchieschiffe auszunutzen. Das Schiff wird beschädigt, jedoch ziehen sich die Hierarchieschiffe dank eines Bluffs des Doktors zurück. Als dieser sich anschließend auf den Stuhl des Captains setzen will, meint Chakotay, dass er es verdient habe. Daraufhin lässt sich das MHN in den Stuhl fallen. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})
Während Tuvok das Kommando auf der Brücke hat, stößt man auf einen Raumschiffsfriedhof im Weltlall. Tuvok hält diesen zunächst für eine fremde Flotte, gibt Roten Alarm und ruft Janeway und Chakotay auf die Brücke. Dort stellt sich heraus, dass man einen Schrottplatz entdeckt hat und beamt den Eigentümer, Abbadon für Verhandlungen an Bord. Chakotay begrüßt ihn mit Neelix im Transporterraum. Sogleich beginnen sie mit den Verhandlungen. Von Neelix und Paris wird er überzeugt, auch ein kleines Raumschiff zu erwerben. Wenig später fordert Paris zusätzliche Ersatzteile zur Reparatur seines Schiffes an. Chakotay lehnt diese Forderung jedoch ab und weist Paris auf die Bekleidungsvorschriften an Bord hin. Außerdem solle er sich wieder [[Rasur|rasieren]]. Paris zeigt sich scheinbar einsichtig und verlässt Chakotays Quartier. Jedoch fliegt er bald darauf mit ''[[Alice (Shuttle)|Alice]]'' eigenmächtig vom Schiff weg. Chakotay informiert darüber den Captain und lässt einen Verfolgungskurs setzen. Bei der Befreiung von Paris, verstärkt Chakotay den Eindämmungsstrahl, sodass der Transport gelingt. ({{VOY|Alice}})
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