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Als man eine Relaisstation untersucht, lässt er nach Lebenszeichen scannen. Wenig später erhält er über das Sensorennetzwerk einen Brief aus dem Alpha-Quadranten, in dem er darüber informiert wird, dass die Cardassianer zusammen mit einer Spezies aus dem [[Gamma-Quadrant]]en den Maquis vernichtet haben. Er informiert darüber Torres. Später informiert er Janeway, dass sie die Nachrichten nun schneller erhalten. Nachdem sie in einen Kampf mit einem Raumschiff der Hirogen beschädigt werden, berichtet er Janeway über die Schäden. ({{VOY|Jäger}})
Wenig später trifft man auf ein Raumschiff der Hirogen mit einem einzigen Besatzungsmitglied. Chakotay weist darauf hin, dass dies eine Falle sein könnte. Jedoch entschließt sich Janeway Kontakt aufzunehmen. Chakotay geht mit einem Außenteam auf das Raumschiff der Hirogen und sucht nach dem Überlebenden. Sie bringen diesen auf die ''Voyager'' und informieren Janeway. Wenig später meldet er mehrere Hüllenbrüche. Anschließend befragt er mit Janeway den Hirogen. Chakotay begibt sich anschließend mit diesem auf die Jagd nach dem Mitglied von Spezies 8472. Er selbst übernimmt die Führung der Gruppe und zwingt den Hirogen an zweiter Stelle zu gehen. Als sie das Wesen erreichen, wird er vom Hirogen angegriffen, da dieser das Wesen töten will. Zwar kann dieser überwältigt werden, allerdings gelingt es ihm wenig später sich zu befreien. ({{VOY|Die Beute}})
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{{alt|In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] übernimmt Chakotay [[2378]], nachdem [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] zu Beginn des [[Jahr der Hölle|Jahres der Hölle]] getötet worden ist, das Kommando über die ''Voyager'' und wird zu ihrem [[Captain]]. ({{VOY|Temporale Sprünge}})}}
[[2378]] kommen sich [[Seven of Nine]] und Chakotay näherund veranstalten ein [[Picknick]] im Frachtraum. Im selben Jahr kehren Chakotay und die ''Voyager'' mithilfe eines [[Transwarpzentrum]]s der [[Borg]] zurück in den Alpha-Quadranten. ({{VOY|Endspiel, Teil I|Endspiel, Teil II}})
{{alt|In einer alternativen Zeitlinie [[Ehe|heiraten]] Chakotay und Seven of Nine auf der ''Voyager''. Nach ihrem Tod bei einer [[Außenmission]] ist er jedoch nicht mehr derselbe. In derselben Zeitlinie stirbt Chakotay [[2390er|2394]]. ({{VOY|Endspiel, Teil I|Endspiel, Teil II}})}}
