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Bei der Suche nach einem Planeten mit Nahrungsvorräten, wird der [[Höllenplanet]] entdeckt. Diese Entdeckung meldet er Janeway und informiert sie, dass man nicht weiß, ob auf diesem Klasse-M-Planeten Nahrung gefunden werden kann. Kurze Zeit später informiert er sie, dass ein Aufenthalt für Humanoide nur kurze Zeit möglich ist. Nachdem das Shuttle mit Paris und Neelix abgestürzt ist, hält er Janeway über die Rettungsmission auf dem Laufenden. Als ein fremdes Schiff die ''Voyager'' angreift, befiehlt er alle auf die Kampfstationen. Nachdem Captain Janeway befohlen hat, an dem fremden Schiff vorbeizufliegen, steuert er das Schiff. ({{VOY|Der Höllenplanet}})
Nachdem Captain Janeway vom Doktor einer intensiven Untersuchung, wegen Halluzinationen untersucht wird, übernimmt er das Kommando auf der Brücke. Als die [[Bothaner]] sie kontaktieren, verhandelt er mit dem Botha. Diese stellen sich als Falle heraus. Chakotay leitet die Gegenmaßnahmen gegen drei angreifende Schiffe der Botha. Der Kampf verläuft schlecht, jedoch kommt der Captain auf die Brücke. Daraufhin tritt der Fremde näher an den Monitor heran. Jeder auf der Brücke sieht einen anderen, ihm nahe stehenden Menschen auf dem Schirm und viele Besatzungsmitglieder werden paralysiert. Chakotay fährt daraufhin mit dem Turbolift zum Maschinenraum, wird jedoch ebenfalls paralysiert. ({{VOY|Rätselhafte Visionen}})
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