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Als er zwei Besatzungsmitglieder im Turbolift beim Küssen ertappt, bezeichnet er dies als indiskrete Verbrüderung. Er meldet dies dem Captain, der dagegen jedoch nichts unternehmen will. Als die ''Voyager'' wenig später auf eine Lebensform trifft, die in einem Schwarm lebt, vermutet Chakotay, dass diese Nährstoffe aus dem Weltraum durch ihre extrem poröse Außenhaut absorbieren können. Weil diese Lebensform damit beginnt das Schiff anzuziehen, informiert er Janeway permanent über den Status des Schiffes. Er bespricht mit Janeway auch Kes' Situation. Dabei kommen sie auch auf das Problem der Fortpflanzung im Allgemeinen zu sprechen. Sie sind sich einig, dass sie niemandem verbieten können, ein Kind zu bekommen. Nachdem die Voyager auf einen Schwarm von Lebensformen trifft, erkennt Chakotay, dass sich die kleineren Lebensformen an das Schiff anlagern, wie an die größere Lebensform. Er vermutet, dass der Plasmaausstoß des großen Wesens eine Art Imponiergehabe gegenüber dem Raumschiff, als Konkurrenten war. Nachdem ein Rammstoß die Kreatur nicht zum Abzug bewegt, will Chakotay sich zurückziehen und ein Unterwerfungsritual durchführen. Dies führt zur Ablösung der kleinen Kreaturen vom Schiff und es kann seine Reise fortsetzen. ({{VOY|Elogium}})
Während Kes ihren zweiten Geburtstag feiert, trifft die ''Voyager'' auf eine Raumverzerrung, die das Schiff allmählich vollkommen neu strukturiert. Janeway befiehlt daraufhin alle auf ihre Stationen. Er fährt mit dem Captain und Paris im Turbolift auf die Brücke. Durch die Anomalie, landen sie jedoch zunächst auf Deck 4 und dann im Maschinenraum. Letztlich treffen sie Torres, Neelix, Kes und Kim vor dem Holodeck wieder und halten eine Lagebesprechung ab. Chakotay will weiter versuchen zu Fuß auf die Brücke zu gelangen. Dabei will er sich ein Bild von der aktuellen Situation des Schiffes machen. Währenddessen unterhalten sie sich. Neelix erkundigt sich über Eifersucht. Als sie auf Tuvok treffen, entfernt sich Neelix einige Meter und verschwindet. Tuvok und Chakotay gehen indessen weiter zur Brücke. Jedoch gelangen sie beide wieder auf das Holodeck. Dort besprechen die Offiziere die Lage. Er lässt Torres ihren Vorschlag einen Schockimpuls im Maschinenraum auszulösen, um den Ring zu sprengen, durchführen. Während dieses Versuchs, versucht er mit Janeway zu sprechen. Diese kann sich jedoch nicht artikulieren. Nachdem Torres' Versuch gescheitert ist, lässt er sich von Tuvok überzeugen nichts zu tun. Bevor die Anomalie sie erreicht, setzt sich Chakotay an einen Tisch und meditiert. Torres setzt sich zu ihm und ergreift eine seiner Hände. Nachdem die Anomalie das Schiff wieder verlassen hat, erhält Chakotay die Berichte, dass es keine Verluste unter der Besatzung gibt. ({{VOY|Die Raumverzerrung}})
Auch wenn er nicht immer dieselbe Meinung wie [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] hat, wird er im Laufe der Zeit zum engsten Vertrauten des Captains.
