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Im Zuge des Vertrages wurde eine [[Entmilitarisierte Zone|entmilitarisierte Zone]] eingerichet und Föderation und Cardassia traten wechselseitig einige Gebiete aneinander ab. Diese Gebietsabtretungen fanden bei den Siedlern der Föderation und einigen Angehörigen der [[Sternenflotte]] nur wenig Verständnis, da diese sich von der Föderation alleingelassen fühlen. Einige von ihnen Gründeten darauf den [[Maquis]] der fortan gegen die Cardassianer in Grenzgebiet kämpfte. ({{DS9|Der Maquis, Teil I|Der Maquis, Teil II}}, {{VOY|Der Fürsorger, Teil I}})
Der Kampf zwischen Maquis und Cardassianern wurde ein weiteres schwieriges Kapitel zwischen Cardassia und der Föderation. Obwohl der Maquis sich von der Föderation losgesagt hat und von den Cardassianern erbittert bekämpft wird, behandelt die Föderation diese immernoch immer noch als [[Bürger]] mit allen Rechten. Deshalb werden gefangene Maquis-Anhänger i.d.R. nicht an Cardassia ausgeliefert. ({{DS9|Defiant}})
Auch auf dem Planeten [[Bajor]], der seit hundert Jahren von den Cardassianern besetzt war, regt sich Widerstand und es wurde für das cardassianische Militär zu aufwändig es zu halten. Sie evakuierten das Planetensystem und ließen nur das verwüstet zurück, was nicht transportiert werden konnte. So wird die [[Raumstation]] [[Terok Nor]] den Bajoranern übergeben, die sie mithilfe der Föderation betreiben und in [[Deep Space 9]] umbenennen. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I|Der Abgesandte, Teil II}})