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[[2263]], im dritten Jahr der Fünf-Jahres-Mission begibt sich die ''Enterprise'' auf eine diplomatische Mission nach [[Teenax]]. Kirk soll als neutraler Vermittler zwischen den [[Teenaxi]] und den [[Fabona]] vermitteln. Doch die Teenaxi missverstehen Kirks Verhandlung und reagieren feindselig auf ihn. Als die Teenaxi Kirk angreifen, beamt dieser zurück auf die ''Enterprise''. Nach dieser Mission reist die ''Enterprise'' zur [[Yorktown-Sternenbasis]], um Nachschub aufzunehmen und damit sich die Crew von ihrer Mission erholen kann. Auf dem Weg zur [[Sternenbasis]] wird die ''Enterprise'' heimlich gescannt, aber die Crew bekommt davon nichts mit. Auf der Sternenbasis erholt sich die Crew von den Strapazen der langen Mission. Als sich die ''Enterprise'' in der Yorktown-Sternenbasis befindet, erhält die Sternenbasis einen Notruf von [[Kalara]], welche ein Schiff für eine Rettungsmission benötigt. Ihr Schiff ist auf einem Planeten abgestürzt und ihre Crew befindet sich noch dort. Da sich bei der Sternenbasis kein Schiffbefindet, welches für eine Rettungsmission in unbekannten Territorium ausgestattet ist, unterstützt Kirk mit der ''Enterprise'' Kalara bei der Rettungsmission. Die ''Enterprise'' begibt sich darauf in den unerforschten [[Necro-Nebel]] zum Planeten [[Altamid]]. Durch den instabilen Nebel hat die ''Enterprise'' keinen Kontakt zur Sternenflotte.

Im Orbit des Planeten wird die ''Enterprise'' plötzlich von einer riesigen Flotte von [[Altamid-Schwarmschiff|Schiffen]] angegriffen. Da es sich um eine riesige Flotte von kleinen Schiffen große Anzahl kleiner Schiffe handelt, können diese den Torpedos der ''Enterprise'' ausweichen und die [[Phaser]] richten nur geringe Schäden an den Schiffen an. Die vielen Schiffe greifen attackieren schließlich die Hülle der ''Enterprise'' und richten schwer schwere Schäden auf dem Schiff an. Als nächstes wird der [[Hauptdeflektor]] des Schiffes vernichtet. Kirk befiehlt Sulu , einen Fluchtkurs vom Planeten zu setzen, doch die Flotte trennt die [[Warpgondel]]n vom Schiff ab und somit fällt der Warpantrieb der ''Enterprise'' aus. Mit ihren Schiffen durchdringen diese die Hülle und die Fremden greifen die Crew an. Sicherheitsteams müsse die Eindringlinge abwehren. Der Anführer der Angreifer, welcher sich [[Krall]] nennt, begibt sich auf das Schiff, um nach einem Artefakt zu suchen, welches er für eine mächtige Waffe benötigt. Krall hat von dieser Waffe erfahren, als er die ''Enterprise'' heimlich gescannt hat. Er findet zwar dieses Artefakt, aber Spock und McCoy gelingt es , dieses Artefakt wieder zu entwenden. Scott versucht inzwischen die Energie vom Warp in den [[Impulsantrieb]] umzuleiten, damit die ''Enterprise'' entkommen kann und in dem Nebel einen Notruf an die Sternenflotte aussenden kann.

Da die ''Enterprise'' flieht, greifen die Schwarmschiffe die ''Enterprise'' noch massiver an. Diese trennen darauf die Rumpfsektion von der [[Untertassensektion]]. Während der Kämpfe kommen viele Crewmitglieder ums Leben und als Kirk sieht, dass das Schiff verloren ist, befiehlt dieser die Evakuierung der ''Enterprise''. Die übrigen Crewmitglieder fliehen mit [[Fluchtkapsel]]n von Bord zum Planeten, doch diese werden von den Schwarmschiffen eingefangen und auf den Planeten gebracht. Damit die restliche Crew mehr Zeit gewinnt, führt Kirk eine [[Autoseparation]] von der Untertassensektion zur restlichen Rumpfsektion durch. Die Crew kann mit Ausnahme der Brückenbesatzung fliehen und Sulu steuert die Untertassensektion auf den Planeten zu. Da Krall inzwischen das Artefakt nicht auffinden kannauffindet, verlässt er die ''Enterprise'' und nimmt auch die restliche Crew der ''Enterprise'' als Geiseln. Als die Untertassensektion auf den Planeten stürzt, evakuiert Kirk auch die Brücke. Die Untertassensektion stürzt darauf auf der Oberfläche des Planeten.

Neben Kirk, können nur Chekov, Scott und Kalara den Fremden entkommen. Kirk versucht über die abgestürzte Untertassensektion Kontakt zu seiner gefangenen Crew aufzunehmen. An Bord der Untertassensektion versucht Chekov mit den letzten Energiereserven, die vermisste Crew zu finden. Dort stellt sich heraus, dass Kalara mit Krall zusammenarbeitet und die ''Enterprise'' nach Altamid locken sollte. Als sie die beiden Offiziere bedroht, wird diese von Kirk und Chekov überwältigt. Plötzlich tauchen Kalaras Verbündete auf und Kirk muss mit Chekov aus der Untertassensektion fliehen. Um eine Ablenkung zu schaffen, muss Chekov die [[Triebwerk]]e der Untertassensektion starten und diese schiebt sich über die Planetenoberfläche. Kirk und Chekov fliehen darauf über die [[Außenhülle]] von Bord des Schiffes und rutschen an dieser hinab. Kalara verfolgt die beiden und wird dabei von der Untertassensektion erschlagen. Wenig später kann die Crew mit Hilfe der auf dem Planeten gestrandeten [[USS Franklin|USS ''Franklin'']] gerettet werden und den Planeten verlassen. Kirk gelingt es , auch Krall aufzuhalten und , dabei wird Krall getötet. In der Yorktown-Sternenbasis erhalten Kirk und seine Crew auf ein neues Schiff und dies , dieses wird die [[USS Enterprise (NCC-1701-A, Neue Zeitlinie)‎|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-A)]]. ({{Film|13}})