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Bei einer Routinelöschung, entdeckt sie ein Holoprogramm mit dem Titel [[Rebellion Alpha]]. Dieses beinhaltet die Simulation einer Maquisrevolte an Bord der ''Voyager''. Als sie das Programm durchspielt, schließt sie sich Chakotays Meuterern an, wird aber von Tom Paris unterbrochen, da sie ihre Verabredung vergessen hat. Sie berichtet ihm vom Programm. Ehe sie dem Captain einen Bericht liefern, wollen sie das Programm komplett durchspielen. Danach berichten sie sich im Kasino ihre Erfahrungen. Sie meint, dass Paris von Anfang an bei der Meuterei hätte mitmachen sollen, da das mehr Spaß machen würde. Als Paris den Roman erneut spielt, endet dieser plötzlich, da keine Erzählparameter definiert wurden. Auch können sie den Autor nicht identifizieren. Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere, offenbart sich Tuvok als Autor. Da er mit Paris den Roman weiterschreiben will, unterbreitet sie ihnen Verbesserungsvorschläge, welche die beiden jedoch ablehnen. Nachdem die beiden durch eine von Seska verursachte Fehlfunktion auf dem Holodeck in Lebensgefahr geraten, versucht Torres mit Kim das Programm abzuschalten. Sie ermöglicht Janeway einen Zugriff auf das Programm. Diese programmiert eine Fehlfunktion in de Phaser, durch den Seska getötet wird. Anschließend stößt sie mit den Führungsoffizieren im Kasino auf die Rettung von Paris und Tuvok an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
Als eine Langstreckensonde der Voyager von den Borg assimiliert wird, melden sie und Chakotay es Janeway. Durch eine Subraumturbulenz fällt das Schiff unter Warp. Später beamt sie Kim, Chakotay und Tuvok von einem Borg-Kubus, da sich ihnen ein feindlich gesinntes Mitglied von Spezies 8472 nähert. Sie analysiert mit Chakotay und Tuvok die Daten über diese Spezies. Sie informiert Chakotay, dass die Spezies aus der Nordwestpassage kommt. Janeway verhandelt daraufhin mit den Borg, um Spezies 8472 zu besiegen. Torres übermittelt eine Probe ihrer Daten. Daraufhin wird Janeway auf das Borgschiff gebeamt. Während sie verhandelt, greifen Schiffe von Spezies 8472 das Sonnensystem an. Daraufhin flieht der Kubus mit der ''Voyager'' im [[Traktorstrahl]]. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})
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