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Die ''Enterprise'' entdeckt einige Wochen später das führerlose Schwesterschiff [[USS Defiant (NCC-1764)|USS ''Defiant'']]. Als sie wenig später an Bord gehen, entdecken sie, dass sich die gesamte Besatzung gegenseitig umgebracht hat. Nachdem die ''Defiant'' per [[Interphase]] in ein unbekanntes [[Spiegeluniversum|Paralleluniversum]] abdriftet, kann sich Captain Kirk nicht mehr rechtzeitig hinüberbeamen. Da kurze Zeit später auch noch die [[Tholianer]] aufgrund der Grenzüberschreitung der ''Enterprise'' in das Geschehen eingreifen, kann Kirk erst in letzter Sekunde von der ''Defiant'' geholt werden, bevor das Schwesterschiff für immer verschwindet. ({{TOS|Das Spinnennetz}})

Wenig später entdeckt die ''Enterprise'' ein gigantisches Raumschiff mit dem Aussehen eines Asteroiden, der mit einem bewohnten Planeten zu kollidieren droht. Um dies zu verhindern, beamen Kirk, Spock und McCoy auf das Objekt, wo sie [[Natira]] treffen, die sich als Hohepriesterin des von ihren Vorfahren erbauten Asteroiden-Raumschiffes [[Yonada]] vorstellt. McCoy, der an einer unheilbaren Krankheit leidet, möchte sich mit Natira vermählen und seine noch verbleibende Zeit mit ihr verbringen. Nach der Heirat zeigt Natira dem Doktor das [[Buch des Wissens]], welches McCoy als Bedienungsanleitung des Raumschiffes erkennt. Mithilfe des Buches bringen Kirk und Spock das Schiff wieder auf seinen ursprünglichen Kurs und entdecken ein Heilmittel für McCoy. Nach seoiner Genesung kehrt der Doktor an Bord der ''Enterprise'' zurück. Natira, die wegen der Pflichten an ihrer Kultur auf dem Raumschiff bleibt, möchte nun ihrem Volk beim Aufbau einer neuen Heimat helfen. ({{TOS|Der verirrte Planet}})

Kirk und sein Außenteam beamen auf einen unbekannten Planeten. Plötzlich taucht aus dem Nichts eine Frau auf und die ''Enterprise'' wird viele Lichtjahre entfernt weg geschleudert. Die ''Enterprise'' fliegt zurück zum Planeten, um das Außenteam zu retten. In der Zwischenzeit erscheint wieder die Frau und sabotiert den Antrieb. Es droht ein [[Warpkernbruch]]. [[Scotty]] muss in eine [[Jefferies-Röhre]] kriechen und den magnetischen Fluss mit einer [[Elektromagnetismus|elektromagnetischen]] Sonde unterbrechen. Im letzten Moment schafft er es und die ''Enterprise'' ist gerettet. Kurz darauf erreicht die ''Enterprise'' wieder den Planeten. ({{TOS|Gefährliche Planetengirls}})

Gegen Ende des Jahres 2268 ist die ''Enterprise'' auf dem Weg zum Planeten [[Ariannus]], auf dem eine [[Bakterie|bakterielle Verseuchung]] sämtliches Leben bedroht. Die ''Enterprise'' hat den Auftrag, den Planeten zu entseuchen und seine Bewohner zu retten. Dort fängt die ''Enterprise'' das Shuttle [[Da Vinci]] ab, das vor zwei Wochen von der [[Sternenbasis 4]] gestohlen wurde. Die Raumfähre wird in den Hangar der ''Enterprise'' gebracht und [[Lokai]], ein Flüchtling vom Planeten [[Cheron]] und der Pilot des Shuttles, wird für den Diebstahl verhaftet. Kurz darauf kommt [[Commissioner]] [[Bele]], ebenfalls ein Bewohner des Planeten Cheron, an Bord der ''Enterprise''. Er jagt Lokai, den Anführer der [[Rebellion]] gegen die Herrenrasse von Cheron, bereits seit [[Entfernte Vergangenheit|50.000 Jahren]]. Lokai erzählt, dass Beles Volk das seine seit langer Zeit unterdrückt und wie Sklaven behandelt. Bele behauptet, dies sei die natürliche Ordnung des Planeten und nennt Lokai einen Mörder an Tausenden. Er möchte, dass Lokai an ihn ausgelieferrt wird, um ihn zum Planeten Cheron zurückzubringen.

Als Kirk sich weigert, Lokai freizugeben, übernimmt Bele die Kontrolle über die ''Enterprise'', um das Schiff nach Cheron zu bringen. Dies kann schließlich verhindert werden und die ''Enterprise'' nimmt erneuten Kurs auf Ariannus. Dort gelingt es letztendlich den Planeten zu dekontaminieren. Nach Erfüllung des Auftrags stellt sich jedoch heraus, dass die ''Enterprise'' durch eine Beschädigung am Kursrechner nicht wie zuvor geplant zur Sternenbasis 4 fliegt, um Bele und Lokai dort abzuliefern, sondern Kurs auf Cheron nimmt. Bei Cheron angekommen stellt sich allerdings heraus, dass sich in den letzten 50.000 Jahren, während Lokai von Bele durch das Weltall gejagt wurde, viel verändert hat. Auf Cheron ist jedes Leben verloren, denn der Rassenhasshat die dortige Zivilisation und ihre Bevölkerung längst untergehen lassen. Bele und Lokai beschuldigen sich gegenseitig für die Zerstörung ihrer Welt. Sie beamen auf den Planeten hinunter und setzen dort ihren Kampf fort. ({{TOS|Bele jagt Lokai}})