Wenig später nehmen die [[Gründer]] die [[Führungsoffizier]]e der USS ''Defiant'' gefangen und führen eine Simulation durch, in der das [[Dominion]] einen Fuß in den [[Alpha-Quadrant]] setzt und die Kontrolle über [[Bajor]] übernimmt. Eddington greift in dieser Simulation Partei für die neue Allianz zwischen der Föderation und dem Dominion und wird später von [[Elim Garak]] außer Gefecht gesetzt. Doch die Simulation wird unterbrochen, als die Führungsoffiziere von [[Major]] [[Kira Nerys]] und Odo befreit werden. ({{DS9|Die Suche, Teil II}})
Als Einige Monate später stellt der [[Obsidianischer Orden|Obsidianische Orden]] zusammen mit dem [[Tal Shiar]] eine [[Cardassianisch-romulanische Flotte|vereinte Flotte]] aufstelltauf, um einen Präventivschlag gegen die [[Heimatwelt der Gründer]] zu führen. Commander [[Benjamin Sisko]] übermittelt diesen Vorfall der Sternenflotte. Sisko will darauf mit der ''Defiant'' in den Gamma-Quadranten fliegen und der Flotte folgen, da Odo und Garak gefangene an Bord der Flotte sind. Doch [[Admiral]] [[Toddman]] verbietet Sisko in den Gamma-Quadranten zu fliegen. Trotz des Verbotes fliegt Sisko in den Gamma-Quadranten. Doch Eddington [[Sabotage|sabotiert]] Eddington auf direkten [[Befehl]] von [[Admiral]] [[Toddman]] die USS ''Defiant'', um diese an einer Verfolgung zu hindern. Die Tarnvorichtung fällt aus und Eddington gibt seine Sabotage zu und erklärt auch seine Motive. Sisko will Eddington in sein Quartier sperren lassen, doch Eddington verspricht keine Sabotage mehr durch zu führen und Sisko lässt Eddington seine Arbeit fortsetzen. Die romulanische-cardassianische Flotte wird bei der [[Schlacht im Omarion-Nebel]] vernichtet, doch es gelingt der ''Defiant'' Odo und Garak zu retten. Darauf fliegt die ''Defiant'' zurück in den Alpha-Quadranten. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil II}})
Nach einem [[Shuttle]]unfall [[Beamen|beamt]] Eddington [[Benjamin Lafayette Sisko|Sisko]], [[Kira Nerys|Kira]], [[Worf]], [[Jadzia Dax|Dax]] und [[Miles Edward O'Brien|O'Brien]] in ein laufendes [[Holoprogramm|Holosuitprogramm]] von [[Julian Subatoi Bashir|Julian Bashir]]. ({{DS9|Unser Mann Bashir}})
