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[[Datei:Torres und der Captain.jpg|thumb|left|Janeway und Torres unterhalten sich, über ihre Zukunft.]]

Kurz darauf wird klar, dass es einige Spannungen zwischen den beiden Besatzungen gibt. Die Maquis, viele von ihnen ehemalige Sternenflottenoffiziere, oder Offiziersanwärter, sind aus gutem Grund aus dem Sternenflottenleben ausgeschieden und bedauern es nun, wieder Teil dieser Strukturen zu sein. Während die ''Voyager'' in einer [[Quantensingularität]] gefangen ist, gibt es ein Problem bei der Auswahl des neuen [[Chefingenieur]]s. Janeway spricht sich für [[Lieutenant]] [[Joseph Carey]] aus, Chakotay jedoch legt ein gutes Wort für [[B'Elanna Torres]] ein. Mit dieser gab es aber wiederholt Probleme, da sie aufgrund ihrer klingonischen Herkunft sehr impulsiv reagiert. Janeway beschließt, B'Elanna näher kennenzulernen und bittet sie um ein Gespräch. In diesem stellt sich heraus, dass Torres wenig Interesse daran hat, Chefingenieur zu werden und Janeway dafür verantwortlich macht, dass sie im Delta-Quadranten gestrandet sind. Dies bestärkt den Captain in ihrer Entscheidung, Carey zum neuen Chief zu ernennen. Nachdem sich die ''Voyager'' jedoch mithilfe von Torres aus der Quantensigularität befreien konnte, wird sie zum Chefingenieur ernannt. Nicht zuletzt, da beide zusammenarbeiten und feststellen, dass sie ihre Differenzen beilegen können, um zusammenzuarbeiten. ({{VOY|Die Parallaxe}})

Die Crew der ''Voyager'' untersucht bei einer [[Außenmission]] einen [[Planet]]en, dessen Bevölkerung am Vortag durch eine [[Explosion]] ausgelöscht worden ist. Bei der [[Untersuchung]] werden Janeway und [[Tom Paris]] in eine [[Subraumspalte]] gezogen und landen in der Vergangenheit. Zuerst versuchen beide, die Einmischung in die Belange der Kultur, der Obersten Direktive getreu, zu minimieren. Als jedoch klar wird, dass ihr Auftauchen für die Explosion verantwortlich ist, tun beide ihr Möglichstes, um diese zu verhindern. Als ein Außenteam schließlich versucht, einen Subraumspalt zu ihrer Rettung zu öffnen, verschließt Janeway diese mit ihrem Phaser und verhindert so, dass diese Events stattfinden. ({{VOY|Subraumspalten}})

Einige Maquis-Crewmitglieder bereiten immer wieder Probleme. Janeway beschließt, sie einem Intensivtraining zu unterziehen. Da Tuvok bereits jahrelang Kadetten ausgebildet hat, erscheint er als logische Wahl des Ausbilders. Dieser ist nicht begeistert von der Idee und schlägt seinerseits Chakotay vor. Der Captain widerspricht jedoch seinem Wunsch, da der Commander bereits den Respekt der Maquis hat, die Sternenflotte jedoch nicht. Nach einigen Anfangsschwierigkeiten gelingt es, die Crew enger zusammenrücken zu lassen und das Vertrauen untereinander zu vergrößern. ({{VOY|Erfahrungswerte}})

Kes befindet sich in einer Phase, die [[Elogium]] genannt wird. Die einzige Zeit ihres Lebens, in der sie ein Kind empfangen kann. Janeway steht ihr während dieser Zeit bei und hilft ihr, Entscheidungen zu treffen. Auch hier wird ihr eine gewisse Mutterrolle zu Teil. Am Ende beschießt sie, kein Kind zu bekommen. Es stellt sich jedoch heraus, dass das Elogium künstlich herbeigerufen wurde, aufgrund der Nähe zu einigen außerirdischen Kreaturen und sie somit vermutlich zu einem späteren Zeitpunkt erneut empfangen kann. ({{VOY|Elogium}})

[[Datei:Earhart_und_Janeway_Die_37er.jpg|thumb|left|Janeway und Earhart unterhalten sich]]