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Wenige Wochen später unternimmt die ''Defiant'' erfolgreich die erste Mission im cardassianischen Raum seit dem Ausbruch des Krieges. Darauf können Bashir, Dax und O'Brien von ihrer erfolgreichen Mission im Quarks berichten. ({{DS9|Der glorreiche Ferengi}})
Kurz darauf wird die [[USS Honshu|USS ''Honshu'']], auf der sich zu dieser Zeit Captain Sisko und der gefangene Dukat befinden, von Cardassianern angegriffen und zerstört. Die ''Defiant'' bekommt den Auftrag nach Überlebenden der ''Honshu'' zu suchen. Bashir behandelt einige verletzte Crewmitglieder der ''Honshu'' . Als die Zeit knapp wird und auch später Captain Bashir seine Meinung kund tut, dass ihm das Leben von Siskowichtiger ist als eine Konvoimission, nachdem dieser verweist Worf ihn von der Brücke. Später kann Sisko gerettet worden istwerden und Bashir behandelt diesen. ({{DS9|Das Gute und das Böse}})
Als Morn scheinbar ums Leben gekommen ist, ist Bashir entsetzt als dieser von Morns Tod erfährt. Später besucht Bashir die Gedenkfeier von Morn. Da Bashir die [[Lurianer|lurianischen]] Bräuche kennt, bringt er zu Ehren von Morn ein [[Getränk]] mit, damit Morn dieses symbolisch mit ins Nachleben nehmen kann. Zu ehren von Morn hält kurz darauf Bashir den Platz von Morn warm. Später stellt sich heraus, dass Morn seinen Tod nur vorgetäuscht hat. ({{DS9|Wer trauert um Morn?}})
Ende 2374 teilt Dax Bashir und Quark mit, dass sie und Worf sich ein Baby wünschen. Als dies Bashir und Quark erfahren deprimiert sie das sehr, da die beiden noch immer die Hoffnung haben, dass die Ehe von Worf und Dax nicht lange hält. Die beiden begeben sich ins Vics und blasen dort Trübsal. Aber Fontaine rät den beiden sich von Dax zu lösen, da es keinen Sinn macht ihr nach zu rennen. Bashir bedankt sich bei Fontaine für den Rat und nimmt diesen wahr. Als Dax später erfährt, dass sie und Worf genetisch kompatibel sind und ein Baby bekommen können, bedankt sie sich bei Bashir für alles und das er ein guter Freund ist. Kurz darauf befindet sich Dax im bajoranischen Tempel, um sich im Namen von Kira bei den Propheten zu bedanken das sie bald von Worf ein Kind bekommen wird. Plötzlich erscheint Dukat, welcher von einem Pah-Geist besessenen ist. Dieser greift darauf Dax an und verletzt sie schwer. Danach löscht der Pah-Geist den Drehkörper aus und das Wurmloch schließt sich. Bashir gelingt es zwar den Dax-Symbionten zu retten, aber Jadzia stirbt aufgrund ihrer schweren Verletzungen. nach dem Tod von Dax verlässt Sisko für unbestimmte Zeit die Station und dieser verabschiedet sich von seinen Offizieren ohne zu wissen ob er jemals zurückkehren wird. ({{DS9|Tränen der Propheten}})
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[[Datei:Worfs Freunde sorgen sich um ihn.jpg|thumb|Bashir und seine Freunde machen sich Sorgen um Worf.]]
