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[[Datei:Sisko und Bashir auf Meridian.jpg|thumb|Bashir und Sisko auf Meridian.]]
Bei der Löschung einiger Programme in der [[Erzverarbeitungsanlage]] aktiviert O'Brien aus Versehen das [[Antirebellionsprogramm]] der Cardassianer. Kira, Dax und Bashir versuchen das Programm von der Ops aus zu deaktivieren, doch ihnen gelingt dies nicht und auch Odo hat, trotz cardassianischer Sicherheitsberechtigung keine Möglichkeit das Programm zu deaktivieren. Inzwischen wird die nächste Stufe des Antirebellionsprogramms gestartet und Deep Space 9 wird durch [[Kraftfeld]]er abgesichert. Dadurch sitzen Bashir und die anderen Offiziere auf der Ops fest. Als die nächste Stufe des Programms gestartet wird, droht [[Neurozingas]] in den [[Habitatring]] auszuströmen und dort alle Personen zu töten. Dax versucht dies zu verhindern und deaktiviert die [[Lebenserhaltungssystem]]e. Dabei wird Dax verletzt und Bashir behandelt diese. Durch die Deaktivierung der Lebenserhaltungssysteme wird die nächste Stufe des Programms aktiviert und die [[Selbstzerstörung]] von Deep Space 9 wird eingeleitet. Als man versucht diese zu deaktivieren, wird die nächste Stufe aktiviert und die Offiziere werden von einem [[Phaser]] beschossen. Schließlich kommt Dukat an Bord und warnt Bashir, da dieser fast vom Phaser getroffen wird. Dukat deaktiviert danach den Phaser. Dukat stellt einige Forderungen, damit er seine Kommandocodes eingibt, doch Kira geht nicht darauf ein. Als sich Dukat darauf wieder weg beamen will, aktiviert sich eine weitere Stufe des Programms und Dukats Kommandocodes werden ungültig. Dukat sitzt nun mit den anderen auf der Station fest und ihm gelingt es weder, die Selbstzerstörung abzuschalten, noch die Flucht. Sisko und O'Brien gelingt es zur selben Zeit die Energie, welche für die Vernichtung der Station verantwortlich ist, umzuleiten und sie können so das Programm entgültig endgültig deaktivieren. ({{DS9|In der Falle}})
[[Datei:Kira und Bashir küssen sich.jpg|thumb|left|Bashir und Kira küssen sich.]]
[[Datei:O'Brien und Bashir betrunken.jpg|thumb|Bashir und O'Brien sind betrunken.]]
Zu der Zeit ahnt Bashir nicht in welcher Gefahr sich die beiden befindet. Bashir verbringt gerade sein Mittagessen mit O'Brien, doch er bemerkt, dass es nicht das selbe dasselbe wie mit Garak ist und das Garak ihm sehr fehlt. Gleichzeitig fliegt die Flotte der Cardassianer und der Romulaner durch das Wurmloch in den Gamma-Quadranten. Bashir beteiligt sich an der Rettung von Garak und Odo, er fliegt mit der ''Defiant'' in den Gamma-Quadranten. Die Romulaner und Cardassianer geraten in eine Falle des Dominions und die Flotte wird vollständig der [[Schlacht im Omarion-Nebel]] vernichtet. Odo und Garak gelingt es im letzten Moment zu entkommen und sie werden auf die ''Defiant'' gebeamt. Dort behandelt Bashir die beiden. Der ''Defiant'' gelingt es der Dominionflotte zu entkommen und in den Alpha-Quadrant zurück zu fliegen. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil II}})
Wenige Wochen später lernt Bashir die Bajoranerin [[Leeta]] kennen. Sie gibt vor an einem [[Husten]] zu leiden, damit sie mit diesen ein Gespräch beginnt. Doch kurz darauf erfährt Bashir von Dax, dass seine ehemalige Studienkollegin Elizabeth Lense von der ''Lexington'' nach Deep Space 9 kommt. Bashir ist ganz aufgeregt, da sie auf der Akademie seine härteste Konkurrentin gewesen ist. Doch als Lense auf die Station kommt, beachtet diese Bashir nicht. Bashir ist ziemlich enttäuscht darüber, dass sie ihn nicht beachtet hat. Zusammen mit O'Brien betrinkt Bashir sich und er ist sehr wütend auf Lense. Betrunken rät O'Brien Bashir sich mit Lense anzusprechen, Bashir tut dies dann auch und es stellt sich heraus, dass Lense ihn damals auf der Akademie mit dem [[Andorianer]] [[Erib]] verwechselt hat. Darauf verbringen die beiden ihren Abend im Quark's. ({{DS9|Die Erforscher}})
Wenige Wochen später führt Bashir einige [[Impfung]]en an Kira durch, da diese eine Konferenz der Cardassianer und Bajoraner auf dem Planeten Korma besuchen will. Als Bashir die Nebenwirkungen der Impfungen sieht, ist dieser froh das er nicht nach Cardassia muss. ({{DS9|Zu neuer Würde}})
Wenig später kommt der Klingone [[Kurn]] an Bord der Station, allerdings ist dieser betrunken und bedroht Odo und seine Sicherheitsoffiziere. Schließlich kommt Worf hinzu, um sich um seinen Bruder zu kümmern. Kurn will, dass Worf bei ihm das [[Mauk-to'Vor]] durchführt, damit dieser einen ehrenvollen Tod stirbt. Doch Dax findet heraus, dass Worf seinen Bruder töten will. Sie und Odo versuchen Worf aufzuhalten, doch sie kommen zu spät Worf hat das Messer schon in den Körper von Kurn gestoßen. Dax beamt Kurn sofort auf die Krankenstation und Odo droht Worf, falls dieser stirbt er Worf wegen Mordes anklagen wird. Bashir gelingt es jedoch das Leben von Kurn zu retten. Wenig später dockt die schwer beschädigte [[IKS Drovana|IKS ''Drovana'']] an der Station an und Bashir kümmert sich um die verletzten Klingonen. Da das Schiff an einer verdeckten Mission gegen die Föderation arbeitet, verändert Bashir vorübergehend die DNS und das Aussehen von Worf und Kurn, damit die beiden unbemerkt auf das klingonische Schiff gelangen können. Worf und Kurn können an Bord ihre Mission erfüllen, aber dennoch hat Kurn nun entgültig endgültig seinen Lebenswillen verloren und will nur noch sterben. Für Worf gibt es nur noch einen Weg das Leben seines Bruders zu retten, er lässt von Bashir das Gedächtnis von Kurn löschen und Kurn bekommt eine neue Identität als [[Rodek]], damit dieser ein neues Leben beginnen kann. ({{DS9|Die Söhne von Mogh}})
[[Datei:Bashir und Morn.jpg|thumb|Bashir und Morn beim Dartspiel.]]
Gegen Ende des Jahres greift ein Trupp abtrünniger Jem'Hadar Deep Space 9 an und dabei wird die Station schwer beschädigt. Bashir kümmert sich um die Verletzten, allerdings gibt es durch den Angriff gibt es viele Tote. Die ''Defiant'' nimmt in der Zwischenzeit die Verfolgung der abtrünnigen Jem'Hadar auf. ({{DS9|Die Abtrünnigen}})
Als sich Bashir mit Kira und Dax im Gamma-Quadranten befindet, erhält ihr Runabout einen Notruf von einem unbekannten Planten. Der Notruf stammt von den [[Teplaner]]n und ist über 200 Jahre alt. Bashir und Dax beamen darauf auf die Oberfläche und Bashir bemerkt, dass die Bevölkerung an einer unheilbaren Krankheit namens [[Quickening]] leidet. Als Arzt bietet Bashir sofort seine Hilfe an, um ein [[Heilmittel]] gegen die Krankheit zu finden. Aber die Teplaner wollen sich nicht von Bashir helfen lassen, da sie diesen für einen Schwindler halten welcher nur Profit machen will. Die Teplaner haben schon lange die Hoffnung auf ein Heilmittel aufgegeben. Einzig [[Ekoria]] ist bereit sich helfen zu lassen. Bashir und Dax forschen nach dem Heilmittel und machen mit der Zeit auch Fortschritte bei der Forschung. Schließlich erklären sich weitere Teplaner bereit, sich von Bashir helfen zu lassen. Aber durch die Energiefelder der medizinischen Instrumente mutiert das Virus und viele der Patienten von Bashir sterben qualvoll. Nun wollen die Teplaner entgültig endgültig nichts mehr mit Bashir zu tun haben. Bashir sieht was er angerichtet hat und zweifelt an sich selbst. Auf bitten von Ekoria bleibt Bashir dort und forscht mit ihr gemeinsam. Inzwischen ist auch bei ihr die Krankheit ausgebrochen und Bashir verspricht ihr, alles zu tun damit sie bis zur Geburt überlebt. Bashir forscht weiter und er probiert einige Medikamente an Ekoria aus, allerdings liegt diese wenig später im sterben. Darauf leitet Bashir die Geburt des Kindes ein. Zu seiner Verwunderung ist Ekorias Baby völlig gesund und Ekoria sieht kurz ihr gesundes Kind bevor sie stirbt. Durch seine Forschung hat Bashir zwar kein Heilmittel gefunden, allerdings hat er einen Impfstoff gegen die Krankheit gefunden und kann so den Teplanern helfen. ({{DS9|Hoffnung}})
[[Datei:Odo als Solid.jpg|thumb|left|Bashir stellt fest das Odo ein Solid ist.]]
[[Datei:Bashir und O'Brien winzig.jpg|thumb|left|Bashir und O'Brien sind winzig klein in der ''Defiant''.]]
Wenig später bricht Sisko zusammen und Bashir behandelt ihn. Sisko hat wieder Visionen von den Propheten. Bashir stellt fest, dass Sisko die selben dieselben Symptome hat, wie vor einem Jahr als dieser schon einmal Visionen von den Propheten bekommen hat. Sisko verliert kurz sein Bewusstsein und erlebt in dieser Zeit das Leben des [[Benny Russell]]. Nach wenigen Minuten erwacht Sisko wieder auf der Krankenstation. ({{DS9|Jenseits der Sterne}})
Kurz darauf untersucht die ''Defiant'' ein [[Subraumkompressionsanomalie|Subraum-Kompressions-Phänomen]]. Diese Forschung soll bei der Erschaffung von [[Transwarpkanal|Transwarpkanälen]] helfen. Durch diese Anomalie werden allerdings auch Objekte [[Schrumpfen|verkleinert]]. Mit einem Runabout erforschen Bashir, Dax und O'Brien die Anomalie. Doch durch den Effekt der Anomalie werden das Runabout und dessen Crew ebenfalls geschrumpft. Sisko und seine Crew überwachen auf der ''Defiant'' die Mission des Runabouts, als plötzlich die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen und darauf übernommen wird. Dadurch bricht der Kontakt zwischen dem Runabout und der ''Defiant'' ab und das Runabout treibt in der Anomalie. Doch dem Runabout gelingt es einen Weg aus der Anomalie zu finden, doch es ist immer noch winzig klein. Das Runabout fliegt zwar aus der Anomalie, ist aber immer noch winzig klein. Da das Runabout keinen Kontakt zur Defiant herstellen kann, fliegt dieses durch den Impulsschacht in die ''Defiant'' hinein. Dort angekommen bemerken Bashir, Dax und O'Brien, dass die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen worden ist. Sisko und seine Crew versuchen währenddessen wieder heimlich die Kontrolle über die ''Defiant'' zu bekommen. Dax und O'Brien erkennen, dass Sisko es nicht allein schafft und Hilfe benötigt. Bashir und O'Brien werden ins Computersystem der ''Defiant'' gebeamt und versuchen dort die Computerkontrolle frei zu schalten. Mit viel Mühe schaffen es die beiden die Kontrolle frei zu schalten. Sisko gelingt es dadurch die Kontrolle über das Schiff wieder zu erlangen, doch dabei wird er von den Jem'Hadar entdeckt. Das Runabout greift darauf die Jem'Hadar an und es gelingt der Crew der ''Defiant'' wieder die Kontrolle über das Schiff vollständig zu erlangen. Nach der Rückeroberung der ''Defiant'' werden Bashir, Dax und O'Brien wieder auf ihre normale Größe gebracht. Allerdings bemerken Bashir und O'Brien, als sie neben [[M'Pella]] stehen, dass sie noch nicht ganz ihre normale Größe erreicht haben. Darauf begeben sich beide eiligst auf die Krankenstation. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})
Bashir flirtet weiter mit Dax, aber er erkennt, dass sie seine Gefühle nicht erwidert und er gibt es schließlich auf, ihr nachzulaufen. Mit der Zeit werden Jadzia Dax und Julian Bashir gute Freunde. Obwohl die beiden eine tiefe Freundschaft verbindet, liebt Bashir Dax noch immer. ({{DS9|Metamorphosen}})
2372 kommt Worf nach Deep Space 9. Mit der Zeit verlieben sich Worf und Dax. Die beiden heiraten schließlich 2374. Bashir fällt es schwer, die beiden zusammen zu sehen, und er redet auch oft mit Quark über sie, da Quark die selben dieselben Gefühle für Dax wie er hat. Bashir hofft insgeheim, dass die Ehe zwischen Worf und Dax zerbricht. ({{DS9|Klingonische Tradition|Wandel des Herzens|Tränen der Propheten}})
Als Ende 2374 Dax Bashir berichtet, dass sie und Worf sich ein Baby wünschen, zerbricht dies sämtliche Hoffnungen, dass Worf und Dax sich irgendwann doch wieder trennen könnten. Deprimiert setzen sich Quark und Bashir ins Vics. Aber Vic Fontaine rät den beiden, sich von Jadzia Dax zu lösen, da es keinen Sinn macht, ihr nach zu rennen. Später trifft Dax auf Bashir und sie bedankt sich, dass er ein guter Freund ist. Kurz darauf wird Jadzia Dax von Gul Dukat getötet. ({{DS9|Tränen der Propheten}})
Später installieren die beiden die Dartscheibe im Quark's und spielen dort regelmäßig. ({{DS9|Der Visionär|Shakaar}})
2372 verbringt O'Brien mehr Zeit mit seiner Familie und Bashir verbringt seinen Dartabend mit Morn. Allerdings ist dies für Bashir nicht das selbe dasselbe wie mit O'Brien. ({{DS9|Die Übernahme}})
Als 2373 heraus kommt, dass Bashir genetisch aufgewertet ist, muss Bashir drei Schritte hinter O'Brien stehen, damit die beiden unter gleichen Bedingungen spielen können. ({{DS9|Dr. Bashirs’ Geheimnis}})
