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[[Datei:Bashir entfernt den Dax Symbiont.jpg|thumb|Bashir entfernt den Dax Symbionten.]]
Kurz darauf wird Deep Space 9 aufgrund eines [[Plasmasturm]]s vollständig evakuiert. Nur eine Notbesatzung, darunter auch Bashir bleibt zurück. Auch Quark bleibt wegen seinem Latinum auf der Station zurück. Quark versucht weiter Geschäfte zu machen und hat mit einem Söldner namens [[Yeto]] Kontakt. Quark manipuliert für ihn die [[Andockrampe]]n. Kurz darauf erhält die Station einen Notruf von einem Schiff und Sisko lässt es an die Station andocken. Aufgrund von Quarks Manipulation können die Söldner, welche von dem Trill [[Verad]] angeführt werden, bewaffnet auf die Station eindringen. Bashir wird gezwungen Odo in einem Behälter zu sperren und in die [[Stasiskammer]] einzuschließen. Später wird Bashir gezwungen den [[Trill-Symbiont|Symbionten|Symbiont]] von Jadzia zu entfernen und in Verad einzusetzen. Die Operation verläuft zwar erfolgreich, aber aufgrund des Verlustes des Symbionten liegt Jadzia im Sterben. Bashir tut alles um sie am Leben zu erhalten. Quark, der wie die anderen Offiziere gefangen gehalten wird, erkennt seinen Fehler und dass er für den Tod von Jadzia verantwortlich sein wird. Er greift den Klingonen [[T'Kar]] an und wird beim Angriff leicht verletzt. Auf der Krankenstation tut Quark, als ob er schwer verletzt ist und so gelingt es ihm und Bashir den Klingonen Yeto zu überwältigen und Odo zu befreien. Odo und Sisko gelingt es schließlich Verad und seine Söldner aufzuhalten. Im letzten Moment kann Bashir Jadzia ihren Symbionten zurückgeben und sie wird gerettet. ({{DS9|Der Symbiont}})
[[Datei:Bashir und Dukat.jpg|thumb|left|Julian Bashir legt sich mit Gul Dukat an.]]
Bashir und Kira helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-Quadranten. Als die beiden durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen sie durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist, muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Bashir hat schwer unter Odo zu leiden. Dort freundet Bashir sich mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles "Smiley" O'Brien]] an. Als eine Leitung bricht, nutzen Bashir und die anderen Terraner das Chaos zur Flucht, dabei erschießt Bashir Odo. Mit Hilfe von [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]] aus dem Spiegeluniversum, können die Terraner, Kira und Bashir fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kira wieder in unser Universum zurück zu kehren. ({{DS9|Die andere Seite}})
Nachdem O'Brien von den Cardassianern verhaftet worden ist, wird er auf [[Cardassia]] wegen des Waffen[[schmuggelSchmuggel|Waffenschmuggels]]s für den Maquis ageklagt. Bashir hilft auf Deep Space 9 nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist. Ihm gelingt es schließlich auch nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist und die Cardassianer hinter der ganzen Sache stecken. ({{DS9|Das Tribunal}})
Als Ende 2370 Sisko, sein Sohn Jake, Quark und [[Nog]] vom [[Dominion]] gefangen genommen worden sind, hilft Bashir bei der Befreiung. Zusammen mit der [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] fliegen die drei Runabouts in den Gamma-Quadranten um diese aufzuspüren. Zwar gelingt es Sisko und die anderen zu befreien, aber die Schiffe werden in Kämpfe mit [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]]n verwickelt. Als die Föderationsschiffe fliehen wollen, fliegt ein Angriffsjäger in die ''Odyssey'' und vernichtet diese. Die Runabouts gelangen sicher in den Alpha-Quadranten. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})
[[Datei:Sisko und Bashir in der Vergangenheit.jpg|thumb|left|Sisko und Bashir sitzen in der Vergangenheit fest.]]
Während des bajoranischen [[DankbarkeitsfestsDankbarkeitsfest]] s beginnen sich einige Personen auf der Station seltsam zu benehmen. Die betroffenen Personen beginnen sich ineinander verlieben. Sisko bemerkt dieses Verhalten, als Jadzia Dax ihre Gefühle ihm offenbart. Sisko wundert sich über ihr seltsames Verhalten und bringt sie zu Bashir. Der kann aber nichts an ihr finden und entlässt sie aus der Krankenstation. Später benehmen sich immer mehr Personen seltsam und Bashir will weitere Untersuchungen durchführen. Kira begleitet ihn. Auf der Krankenstation fangen beide an, sich innig zu küssen. Die beiden kommen nicht mehr voneinander los. Selbst als Sisko die beiden zu sich ruft, küssen sie sich innig weiter. Sisko bemerkt schließlich, dass die [[betazoid]]ische Botschafterin [[Lwaxana Troi]] für dieses seltsame Verhalten verantwortlich ist. Troi leidet unter dem [[Zanthi-Fieber]], durch diese Krankheit übertragen sich ihre Gefühle auf andere Personen. Nach ein paar Tagen sind alle wieder genesen und verhalten sich wieder normal. ({{DS9|Das Festival}})
Als die Führungsoffiziere mit der ''Defiant'' die Erde besuchen, kommt es zu einem Transporterunfall. Sisko, Dax und Bashir werden in die Vergangenheit gebeamt. Bashir und Sisko erwachen in [[San Francisco]] im Jahr [[2024]]. Die beiden werden von zwei Aufsehern gefunden und da sich die beiden nicht ausweisen können, werden Sisko und Bashir in eine [[Schutzzone]] gebracht. In diesen Schutzgebieten leben zu dieser Zeit, Arbeitslose und Behinderte, die dort versorgt werden sollen. In Wirklichkeit herrscht in diesen Gebieten große Armut. Sisko und Bashir versuchen aus dieser Schutzzone zu entkommen, aber dies gelingt ihnen nicht. Die beiden gelingt es, dort heimische Kleidung zu bekommen und sich mit einigen Einwohnern der Schutzzone an zu freunden. Eines Abends wird Bashir von [[B.C. Coleridge]] angegriffen. Bashir wird darauf von [[Gabriel Bell]] verteidigt. Coleridge tötet Bell, raubt ihn dann aus und verschwindet. Sisko bemerkt, dass durch diesen Mord die [[Zeitlinie]] verändert worden ist. Kurz darauf brechen Unruhen in den Schutzzonen aus, damit die Zeitlinie erhalten bleibt, übernimmt Sisko die Rolle von Gabriel Bell. ({{DS9|Gefangen in der Vergangenheit, Teil I}})