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Nach dem Angriff auf die ''Odyssey'' ist sich die Föderation der Gefahr durch das Dominion bewusst. Auf Deep Space 9 bereiten sich die Offiziere auf eine [[Invasion]] des Dominions vor. Commander Sisko bekommt für Deep Space 9 die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]] zugeteilt. Sisko hat den Auftrag Kontakt mit den [[Gründer]]n des Dominions aufzunehmen. Die ''Defiant'' ist für diese Mission mit einer [[Romulaner|romulanischen]] [[Tarnvorrichtung]] ausgestattet. Bashir begleitet Sisko mit in den Gamma-QuadrantQuadranten. Bei der Mission wird die ''Defiant'' von den [[Jem'Hadar]] angegriffen. Bei den Kampf übernimmt Bashir die [[Conn]], aber schließlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen. Nur Kira und Odo können entkommen. Die ''Defiant'' wird zur [[Heimatwelt der Gründer]] gebracht. Die Gründer erzeugen für die Bewusstlosen bewusstlosen Offiziere eine Illusion, was geschehen wird , wenn das Dominion Fuß im Alpha-Quadrant fasst. In dieser Simulation versuchen die Offiziere dieses Eindringen zu Verhindernverhindern. Bashir und die anderen Offiziere werden schließlich von Odo und Kira befreit, welche sich ebenfalls auf dem Planeten befinden. Es stellt sich schließlich heraus, dass Odos Volk die Gründer des Dominions sind. Die ''Defiant'' kehrt nach Deep Space Nine zurück. ({{DS9|Die Suche, Teil I|Die Suche, Teil II}})

Wenige Wochen später leidet Jadzia Dax unter starken [[Halluzination]]en und sie verliert mehrmals ihr Bewusstsein. Ihre [[Isoboramin]]werte sinken und Jadzia droht daran zu sterben. Bashir tut alles um sie zu retten, aber es gelingt ihm nicht. Dax muss auf ihre Heimatwelt [[Trill (Planet)|Trill]] gebracht werden, um dort behandelt zu werden. Bashir kümmert sich auch um auf Trill um Dax. Es stellt sich heraus, dass es Probleme mit einen der Wirte von Daxgibt. Die Erinnerungen von [[Joran Belar]] worden wurden im [[Dax (Symbiont)|Dax-SymbiontSymbionten]] unterdrückt. Schließlich werden die unterdrückten Erinnerungen in Dax freigesetzt und Jadzia wird gerettet. ({{DS9|Das Equilibrium}})

Kurz darauf kauft Quark die Trümmerteile eines im Gamma-Quadranten abgestürzten Raumschiffs. In diesen Trümmern befindet sich ein [[Baby]]. Quark bringt das Kind zu Bashir und dieser untersucht es. Das Baby entwickelt sich innerhalb von wenigen Stunden in einen zu einem Teenager. Bashir wundert sich über die Entwicklung, aber er stellt fest das , dass dies bei seiner Spezies normal zu sein scheint. Innerhalb von wenigen Stunden wächst der Junge heran und es stellt sich heraus, dass es sich um einen Jem'Hadar handelt. Dieser greift Bashir an, aber Odo kann ihn unter Kontrolle bringen. Odo versucht zwar den Jem'Hadar zu zähmen, aber der Jem'Hadar will nichts anderes als kämpfen und töten. Odo sieht schließlich ein, dass er den Jem'Hadar nicht helfen kann und bringt ihn zurück zu seinen seinem Volk. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})

Bei der Löschung einiger Programme in der [[Erzaufbereitungsanlage]] aktiviert O'Brien aus Versehen das [[Antirebellionsprogramm]] der Cardassianer. Deep Space Nine wird durch [[Kraftfeld]]er abgesichert und Bashir und die anderen Offiziere sitzen auf der OPS fest. Als die nächste Stufe des Programm Programms gestartet wird, droht [[Neurozingas]] in den [[Habitatring]] aus zuströmen auszuströmen und dort alle Personen zu töten. Dax versucht dies zu verhindern und deaktiviert die [[Lebenserhaltungssystem]]e. Dabei wird sie verletzt und Bashir behandelt sie. Durch die Deaktivierung der Lebenserhaltungssysteme wird die nächste Stufe des Programms aktiviert und die [[Selbstzerstörung]] von Deep Space 9 wird eingeleitet. Als man diese versucht zu deaktivieren wir , wird die nächste Stufe aktiviert und die Offiziere werden von einem [[Phaser]] beschossen. Schließlich kommt Dukat an Bord und deaktiviert den Phaser. Durch Dukats Arroganz, verliert er seine Kommandocodes für Deep Space 9 und ihm gelingt es weder , die Selbstzerstörung abzuschalten , noch die Flucht. Sisko und O'Brien gelingt es schließlich die Energie, welche für die Vernichtung der Station verantwortlich ist umzuleiten und sie können so das Programm deaktivieren. ({{DS9|In der Falle}})

Während des bajoranischen [[DankbarkeitsfestDankbarkeitsfests]] beginnen sich einige Personen seltsam auf der Station seltsam zu benehmen. Die betroffenen Personen beginnen sich ineinander verlieben. Sisko bemerkt dieses Verhalten, als Jadzia Dax ihre Gefühle ihm offenbart. Sisko wundert sich über ihr seltsames Verhalten und bringt sie zu Bashir. Der kann aber nichts an ihr nichts finden und entlässt sie aus der Krankenstation. Später benehmen sich immer mehr Personen seltsam und Bashir will weitere Untersuchungen durchführen. Kira begleitet ihn. Auf der Krankenstation fangen beide an sich , sich innig zu küssen. Die beiden kommen nicht mehr voneinander los. Selbst als Sisko die beiden zu sich ruft , küssen die beiden sie sich innig weiter. Sisko bemerkt schließlich, dass die [[betazoid]]ische Botschafterin [[Lwaxana Troi]] für dieses seltsame Verhalten verantwortlich ist. Troi leidet unter dem [[Zanthi-Fieber]], durch diese Krankheit übertragen sich ihre Gefühle auf andere Personen. Nach ein paar Tagen sind alle wieder genesen und Verhalten verhalten sich wieder normal. ({{DS9|Das Festival}})

Als die Führungsoffiziere mit der ''Defiant'' die Erde besuchen, kommt es zu einem Transporterunfall. Sisko, Dax und Bashir werden in die Vergangenheit gebeamt. Bashir und Sisko erwachen in [[San Francisco]] im Jahr [[2024]]. Die beiden werden von zwei Aufsehern gefunden und da sich die beiden nicht Ausweisen ausweisen können , werden Sisko und Bashir in eine [[Schutzzone]] gebracht. In diesen Schutzgebieten leben zu dieser Zeit, Arbeitslose und Behinderte, die dort versorgt werden sollen. In Wirklichkeit herrscht in diesen Gebieten große Armut. Sisko und Bashir versuchen aus dieser Schutzzone zu entkommen, aber dies gelingt ihnen nicht. Die beiden gelingt es , dort ansässige heimische Kleidung zu bekommen und sich mit einigen Einwohnern der Schutzzone an zu freunden. Eines Abends wird Bashir von [[B.C. Coleridge]] angegriffen. Bashir wird darauf von [[Gabriel Bell]] verteidigt. Coleridge tötet Bell, raubt ihn dann aus und verschwindet. Sisko bemerkt, dass durch diesen Mord die [[Zeitlinie]] verändert worden ist. Kurz darauf brechen Unruhen in den Schutzzonen aus, damit die Zeitlinie erhalten bleibt , übernimmt Sisko die Rolle von Gabriel Bell. ({{DS9|Gefangen in der Vergangenheit, Teil I}})

B.C. Coleridge hat Geiseln genommen, aber Sisko in der Rolle von Bell beschützt diese. Bashir kümmert sich um das medizinische Wohlbefinden der Geiseln. In der Zwischenzeit nehmen die Aufstände immer mehr in den Schutzzonen immer mehr zu. Sisko und einigen Bewohnern gelingt es mit der Hilfe von Dax Kontakt zur Öffentlichkeit aufzunehmen und ihre Lage zu schildern. Aber das [[Militär]] greift trotzdem hart durch, die Soldaten stürmen die Schutzzone und es gibt viele Tote. Dem Militär gelingt es die Geiseln zu befreien, dabei wird aber Sisko angeschossen. Bashir kann ihn behandeln, da seine Verletzung nicht schwer ist. Als Dank für den Schutz werden Sisko und Bashir freigelassen, dafür aber für Tot tot erklärt. Sisko und Bashir können die Zeitlinie damit wieder herstellen und dieses Ereignis geht als [[Bell-Aufstand]] in die Geschichte ein. Mit Hilfe von Kira und O'Brien gelangen die drei Offiziere zurück ins 24. Jahrhundert. ({{DS9|Gefangen in der Vergangenheit, Teil II}})

Durch einen Unfall wird [[Vedek]] [[Bareil Antos]] schwer verletzt. Bashir tut zwar alles um ihn zu retten, aber Bareil stirbt an seinen Verletzungen. Bei der [[Autopsie]] werden plötzlich [[Nerv]]en von Bareil aktiviert und Bareil erwacht wieder. Zu der Zeit finden wichtige Behandlungen zwischen den Cardassianern und den Bajoranern statt. [[Kai]] [[Winn Adami]] benötigt Bareil als Berater für die Verhandlungen. Aber Bareils Zustand ist nicht stabil und Bashir möchte ihn zu Sicherheit ins Koma versetzen. Aber Bareil lehnt ab und will lieber ein neues Medikament testen. Bashir ist zwar dagegen, aber er verabreicht ihn ihm das Medikament. Durch das Medikament versagen die [[Organ]]e von Bareil und auch das [[Gehirn]]. Winn gelingt es erfolgreich die Verhandlungen abzuschließen. Aber bei Bareil versagt das Gehirn. Bashir könnte es zwar durch ein Implantat ersetzen, aber Bashir will das nicht , da er so den Funken des Lebens von Bareil auslöscht. Kurz darauf stirbt Bareil. ({{DS9|Der Funke des Lebens}})

Wenige Wochen später teilt Bashir Siskomit, mit das dass Fähnrich [[Vilix'pran]] keimt und Nachwuchs bekommt. Bashir und O'Brien veranstalten für ihn eine Babyparty. ({{DS9|Herz aus Stein}})

Bashir wird kurz darauf für den [[Carrington-Preis]] nominiert. Bashir ist damit die jüngste Person, welche jemals für diesen Preis nominiert worden ist. Aber Bashir ist nicht begeistert über diese Auszeichnung, da er sich ebenfalls zu jung für diesen Preis hält. Seine Freunde versuchen ihn in der Zwischenzeit zu ermutigen diesen Preis anzunehmen. Als die Verleihung stattfindet warten alle gespannt , wer den Preis bekommt. Schließlich bekommt Doktor [[Henri Roget]] den Preis und Bashir ist ein wenig enttäuscht, dass er doch nicht gewonnen hat. ({{DS9|Das Motiv der Propheten}})

Durch einen Unfall wird O'Brien verletzt. und Bashir behandelt darauf O'Brienihn daraufhin. Durch diesen Unfall macht O'Brien Zeitsprünge fünf Stunden in die Zukunft. Bashir tut alles um O'Brien ihn zu retten, aber der Chief stirbt an den Folgen der Verletzungen. Als O'Brien aus der Vergangenheit in diese dieser Zeit antrifft schicke eintrifft, schickt Bashir eine Nachricht an sichselbst, um so O'Brien retten zu können. ({{DS9|Der Visionär}})

Einige Zeit später erscheint Quark mit einem [[Letheaner]] namens [[Altovar]]. Dieser möchte von Bashir [[biomimetisches Gel]] kaufen. Da dies aber illegal ist, verweigert Bashir den Verkauf. Später greift Altovar Bashir auf der Krankenstation an und versucht ihn zu töten. Er setzt Bashir außer Gefecht und stiehlt das Gel. Altovar wird kurz wird kurz darauf von Odo festgenommen. Bashir überlebt wie durch ein Wunder den Kampf. Bashir und kommt in der Krankenstation wieder zu Bewusstsein. ({{DS9|Ferne Stimmen}})

Nach einem gemeinsamen Essen mit Garak kommt es zu einem Anschlag auf Garaks dessen Geschäft. Garak wird dabei verletzt und Bashir eilt sofort seinem Freund zur Hilfe. Odo leitet die Ermittlung, wer diesen Anschlag begangen hat. Odo Er findet heraus, dass Garak selbst für diesen Anschlag verantwortlich gewesen ist. Garak will dadurch verhindern, dass er vom ehemaligen Chef des Obsidianischen Orden Enabran Tain getötet wird. Odo und Garak versuchen darauf Tain aufzuspüren. Bashir verabschiedet sich von seinen Freund und Garak beginnt mit seiner Suche nach Tain. Odo und Garak werden kurz darauf von den Romulanern und Cardassianern gefangen genommen. Die beiden Spezies planen einen Angriff auf das Dominion und Tain leitet diese Operation. Zu der Zeit bemerkt Bashir, der mit O'Brien zusammen Mittag isst, dass Garak ihn ihm sehr fehlt. Gleichzeitig fliegt die Flotte der Cardassianer und der Romulaner durch das Wurmloch in den Gamma-Quadrant. Bashir beteiligt sich an der Rettung von Garak und Odo, er fliegt mit der ''Defiant'' in den Gamma-QuadrantQuadranten. Die Romulaner und Cardassianer geraten in eine Falle des Dominions und die Flotte wird vollständig vernichtet. Odo und Garak gelingt es im letzten Moment zu entkommen und sie werden auf die ''Defiant'' gebeamt. Bashir behandelt die beiden daraufdanach. Der ''Defiant'' gelingt es der Dominionflotte zu entkommen und in den Alpha-Quadrant zurück zufliegen. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil I|Der geheimnisvolle Garak, Teil II}})

Wenige Wochen später erfährt Bashir, dass seine ehemalige Studienkollegin Elizabeth Lense von der ''Lexington'' nach Deep Space 9 kommt. Bashir ist ganz Aufgeregtaufgeregt, aber als sie ihn sieht beachtet Lense ihn nicht. Bashir ist ziemlich enttäuscht darüber. Zusammen mit O'Brien betrinkt er sich und er ist sehr wütend auf Lense. Aber O'Brien rät ihm Lense anzusprechen, Bashir tut dies dann auch. Es stellt sich heraus, dass Lense damals auf der Akademie mit dem [[Andorianer]] [[Erib]] verwechselt hat. Darauf verbringen die beiden ihren Abend im Quarks. ({{DS9|Die Erforscher}})

Als sich Quark und Rom auf [[Ferenginar]] befinden, hat Quark seine Bar verschlossen. Unglücklicherweise befindet sich die Dartscheibe von Bashir und O'Brien in der Bar. Die beiden versuchen zwar in die Bar zu gelangen, aber sie kommen nicht durch Rom sein Roms Sicherheitsschloss. ({{DS9|Familienangelegenheiten}})

Wenige Wochen später hat O'Brien eine Glückssträhne beim Dart und Quark setzt Wetten auf ihn. O'Brien gewinnt jedes Spiel. Als O'Brien er gegen den Vulkanier [[Syvar]] spielt, kugelt er sich die Schulter aus. Bashir muss O'Brien operieren. O'Brien muss sein Spiel aufgeben und verliert. Als später Bashir spielt hofft Quark auf eine Glückssträhne von Bashir und er setzt nun auf ihn. ({{DS9|Shakaar}})