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Anfang [[2372]] wird Bashir zum vollen Lieutenant befördert. Nach dem Ereignis mit dem Gründer auf der ''Defiant'' werden Übungen auf Deep Space 9 durchgeführt um getarnte Gründer aufzuspüren. Alle Führungsoffiziere nehmen an dieser Übung teil. Odo stellt den Gründer da und ihm gelingt es die Offiziere mehrmals aus zu tricksenauszutricksen. Bashir läuft sogar in eine Falle von Odo und die Übung wird darauf beendet. Plötzlich erscheint eine klingonische Flotte bei Deep Space Nine , welche von [[General]] [[Martok]] angeführt wird. Die Klingonen kommen darauf zu Besuch auf die Station. O'Brien und Bashir befinden sich zu der Zeit im Quarks. Quark ist der erste der bemerkt, dass etwas nicht stimmt. Für Klingonen ist es zu ruhig in der Bar. Er teilt dies den beiden mit, aber O'Brien und Bashir machen sich zu Anfang nichts daraus. Später wird Garak von den Klingonen angegriffen und Bashir muss diesen behandeln. Aufgrund des seltsamen Verhaltens fordert Captain Sisko darauf [[Lieutenant Commander]] [[Worf]] an. Worf findet heraus, dass die Klingonen einen Angriff gegen die Cardassianer planen. Die Föderation stellt sich aber gegen diesen Angriff, darauf kündigen die Klingonen das [[Khitomer-Abkommen]] und die Klingonen beginnen mit der Invasion. Sisko lässt die Cardassianer über Garak warnen. ({{DS9|Der Weg des Kriegers, Teil I}})

Die Führer der Cardassianischen Regierung fliehen von Cardassia und sie bitten Sisko um Hilfe. Sisko fliegt mit der ''Defiant'' in den cardassianischen Raum um sich dort mit den Cardassianischen Führen zu treffen. Auf den Weg dort hin trifft die ''Defiant'' auf die Überreste der Cardassianischen Flotte, welche von den Klingonen angegriffen worden ist. Bashir will den verwundeten HelfenVerwundeten helfen, aber Worf und Sisko lehnen dies ab, da es sich um eine Falle der Klingonen handeln könnte. Die ''Defiant'' erreicht das Schiff der Cardassianer, aber diese werden von den Klingonen angegriffen. Die ''Defiant'' greift die Klingonen an und es gelingt Sisko die Cardassianer an Bord der ''Defiant'' zubeamen. Die ''Defiant'' flieht zurück nach Deep Space 9 und dort wird das Schiff bereits von der klingonischen Klingonischen Flotte erwartet. Die Klingonen greifen die Station an und Bashir bereitet sich auf der Krankenstation auf die Verletzten vor. Bashir Er muss auch einige Klingonenangriffe abwehren. Bashir gelingt es sogar Odo vor einem Klingonenangriff zu retten. Schließlich können die Klingonen von der Station zurückgedrängt werden und die Klingonen sie ziehen sich schließlich zurück. Zwar haben die Klingonen den Angriff auf die Station abgebrochen aber nun herrscht Krieg zwischen der Föderation und den Klingonen. ({{DS9|Der Weg des Kriegers, Teil II}})

Wenige Wochen später führen Bashir und O'Brien einige Biountersuchungen auf [[Merik III]] im Gamma-Quadrant Quadranten durch. Auf den Rückflug nach Deep Space Nine erhält ihr Schiff einen Notruf und die beiden Offiziere gehen diesen diesem nach. Als sie auf dem Planeten landen, von dem der Notruf stammt, werden die beiden von den Jem'Hadar gefangen genommen. Als ihr Anführer [[Goran'Agar]] heraus findetherausfindet, dass Bashir ein Arzt ist lässt er Bashir und O'Brien am Leben. Goran'Agar bittet Bashir ihn ihm bei Forschung zu Helfenhelfen. Bashir soll den Jem'Hadar bei der Befreihung Befreiung vom [[Ketracel-White]] helfen. Bei der Zusammenarbeit mit Goran'Agar bemerkt Bashir, dass dieser kein normaler Jem'Hadar ist und Bashir ist bereit ihm zu helfen. Aber O'Brien sieht in Goran'Agar nur einen normalen Jem'Hadar und er versucht zu fliehen. Als die Jem'Hadar O'Brien einfangen, verschont Goran'Agar ihn. Die anderen Jem'Hadar sehen nun auch in Goran'Agar schwäche Schwäche und bedrohen nun auch ihn. Bashir, O'Brien können mit Hilfe von Goran'Agar zu ihrem Schiff fliehen. Aber Goran'Agar bleibt bei seinen Männern auf den Planeten zurück. ({{DS9|Der Hippokratische Eid}})

Als [[Kasidy Yates]] auf die Station ziehen will kommt es zu Streitigkeit Streitigkeiten zwischen ihr und Benjamin Sisko. Sisko holt sich Ratschlägen Ratschläge bei seinen Freunden, darunter auch Bashir und Dax wie er sich nun Verhalten soll. ({{DS9|Indiskretion}})

Bashir ist begeistert von Jadzia Dax Zaubertricks. Er beobachtet sie gern dabei und er lernt auch von ihr einige Tricks um Quark zu ärgern. Später als [[Lenara Kahn]] an Bord der Station kommt, bittet Jadzia Dax Bashir zu einer gemeinsamen Verabredung mit ihr und Lenara Kahn. Khan und Dax sind in einem früheren Leben verheiratet gewesen. Damit es nicht so aussieht, dass die beiden romantische Verabredung haben, begleitet Bashir sie. Dax und Khan unterhalten sich über ihre früheren Leben und Bashir beginnt sich sehr schnell zu langweilen. Erst als er wegen eines medizinischen Notruf gerufen wird , kann Bashir er gehen. Khan und Dax scherzen daraufdaraufhin, dass Bashir ihr diesen langweiligen Abend nie Verzeihen verzeihen wird. ({{DS9|Wiedervereinigt}})

Kurz darauf verlässt Nog Deep Space 9 um auf die Sternenflottenakademie zu gehen. Zum Abschied verkauft Nog all seine Sachen. Jadzia Dax kauft Nog ein erotisches Holosuite -Programm ab und schenkt dieses Julian Bashir. Später schenken O'Brien und Bashir Nog zum Abschied einen Reiseführer über die Erde. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}})

Julian Bashir spielt gerade ein neues Holosuitprogramm als Garak ihn besucht. In diesem [[Julian Bashir, Geheimagent|Holosuitprogamm]] ist Bashir ein [[Julian Bashir (Geheimagent)|Geheimagent]] im Jahr [[1964]]. Zur gleichen Zeit wird die [[USS Orinoco|USS ''Orinoco'']] von eine cardassianischen Gruppe , welche sich [[Der wahre Weg]] nennt, vernichtet. Die Offizier Offiziere der ''Orinoco'' beamen nach Deep Space 9 als das Shuttle explodiert. Durch die Explosion werden die Muster der Offiziere in Bashirs Programm integriert. Als Bashir Kira plötzlich in seinem Programm sieht , hält er dies anfangs für einen [[Scherz]], aber Lieutenant Commander [[Michael Eddington]] informiert Bashir über die aktuelle Lage. Bashir muss das Programm durchspielen um seine Freunde zu retten. Bashir Ihm gelingt es das Programm durch zu spielen auch wenn er und Garak sich mehrmals in Lebensgefahr befunden haben. Als Garak das Programm beenden will , schießt Bashir sogar auf ihn, um seine Freunde zu schützen. Schließlich gelingt es Bashir das Programm durch zu spielen, während es Eddington und Rom gelingt die Offiziere aus den Programm raus zubeamenzu beamen. ({{DS9|Unser Mann Bashir}})

Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. Er macht sich Sorgen um seine Bekannten, welche auf der Erde leben. Auf der Erde findet Captain Sisko heraus, dass Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putsch von Leyton hat. Leyton will das verhindern und lässt die ''Defiant'' [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt tote Tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain den Verrat von Leyton erkennt. Schließlich ist Leyton gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})

Bashir muss den schwer verletzten [[Kurn]] behandeln, nachdem ihm Worf ihn durch das [[Mauk-to'Vor]] umbringen wollte. Bashir gelingt es aber Worfs Bruder zu retten. Später verändert Bashir vorübergehend die DNS von Worf und Kurn, damit die beiden unbemerkt auf das klingonische Schiff [[IKS Drovana|IKS ''Drovana'']] gelangen können. Worf und Kurn können an Bord ihre Mission erfüllen, aber Kurn hat zu dieser Zeit schwere Probleme. Kurn Er wird von den Klingonen nur noch als Verräter angesehen, da Kurn mit dieser Schande nicht leben kann versucht er sich immer wieder selbst umzubringen. Um Kurn zu retten schlägt Bashir Worf eine alternative Alternative vor. Bashir löscht Kurns Gedächtnis und gibt ihn ihm eine neue Identität, somit kann Kurn als [[Rodek]] ein neues Leben beginnen. ({{DS9|Die Söhne von Mogh}})

Einige Zeit später rettet Bashir das Leben von [[Rom]]. Quark hat seinen Bruder nicht medizinisch Behandeln behandeln lassen und an seiner Krankheit wäre Rom fast gestorben. Nachdem Quark seinen Angestellten den Lohn , kürzt kommt es zu einem [[Streik]] im Quarks. Die Angestellten Kämpfen kämpfen um ihre Forderungen nach mehr Lohn. Bashir und O'Brien wetten vor der Bar , wer den Streik unterstützt oder die Bar besucht. Als Worf unerwartet die Bar besucht , wollen die beiden ihn aufhalten. Es kommt zu einer kleinen Rangelei in der Bar und Bashir wird von Worf über den Tisch geworfen. Darauf werden die drei in eine [[Arrestzelle]] gebracht. Zur Strafe für dieses Verhalten lässt Sisko die drei über Nacht dort. In der Zwischenzeit geht Quark auf die Forderungen seines Bruders ein und der Streik wird beendet. ({{DS9|Der Streik}})

Als Keiko O'Brien nach einem Jahr auf Bajor nach Deep Space 9 zurück zieht, hilft Bashir O'Brien beim Aufräumen seines Quartiers. Da O'Brien sich nun um seine Familie kümmern muss hat er nun jetzt weniger Zeit für seinen besten Freund Bashir. Anstatt mit O'Brien verbringt Bashir seinen Dartabend mit Morn, aber das ist nicht das gleiche wie mit O'Brien. Auch Keiko bemerkt, dass es ihrem Mann schlecht geht und so bringt sie die beiden mit einem Trick wieder zusammen und die beiden treffen sich darauf wieder in der Holosuite. ({{DS9|Die Übernahme}})

Durch die [[Argrathi]] wird das Gedächtnis von O'Brien verändert. Der Chief glaubt nun das er 20 Jahre im Gefängnis der Argrathi gefangen gewesen ist. Bashir versucht alles um diese Erinnerung zu löschen, aber ihm gelingt das es nicht. O'Brien hat Probleme in sein normales Leben zurück zukehren. Er hat Streit mit seiner Familie und auch mit seinem Freund Bashir. Schließlich plant O'Brien einen [[Selbstmord]] und er will sich mit dem Phaser erschießen. Bashir kann gerade noch dazwischen gehen und dies verhindern. O'Brien berichtet Bashir schließlich von seinen Erfahrungen , die ihn in dem im Gefängnis so belastet haben. Bashir hilft dann O'Brien, so dass er wieder ein normales Leben führen kann. ({{DS9|Strafzyklen}})

Bashir und die anderen Führungsoffiziere werden zur [[Hochzeit]] von Lwaxana Troi und Odo eingeladen. Die Gäste ahnen aber nicht, dass diese Hochzeit nur stattfindet, damit Lwaxana Troi ihr ungeborenes Kind, welches von [[Jeyal]] stammt, behalten kann. Später muss Bashir auch Jake Sisko behandeln, der aufgrund des Einflusses von [[Onaya]] im sterben Sterben liegt. ({{DS9|Die Muse}})

Gegen Ende des Jahres greift ein Trupp abtrünniger Jem'Hadar Deep Space 9 an. Bashir kümmert sich um die VerletzteVerletzten. Aber durch den Angriff gibt es viele Tote. Die ''Defiant'' nimmt in der Zwischenzeit die Verfolgung der Abtrünnigen abtrünnigen Jem'Hadar auf. ({{DS9|Die Abtrünnigen}})

Als sich Bashir mit Kira und Dax im Gamma-Quadrant Quadranten befindet, erhält ihr Schiff einen Notruf. Der Notruf stammt von den [[Teplaner]]n und ist über 200 Jahre alt. Bashir sieht, dass die Bevölkerung an einer unheilbaren Krankheit namens [[Quickening]] leidet. Bashir bietet sofort seine Hilfe an um ein [[Heilmittel]] gegen die Krankheit zu finden. Aber keiner will sich Helfen helfen lassen, da die Bevölkerung die Hoffnung auf ein Heilmittel schon lange aufgegeben hat. Einzig [[Ekoria]] will sich helfen lassen. Bashir und Dax forschen nach dem Heilmittel und machen auch mit der Zeit auch Fortschritte bei der Forschung. Schließlich erklären sich weitere Teplaner bereit sich von Bashir helfen zu lassen. Aber die Teplaner reagieren allergisch auf die Energiefelder der Föderation und viele der Patienten von Bashir sterben Qualvoll qualvoll aufgrund dieser Allergischen allergischen Reaktion. Nur Ekoria bleibt darauf bei Bashir. Aber Bashir gibt es auf ein Heilmittel zu finden, aber jedoch bittet Ekoria bittet ihm ihn zu bleiben. Bashir verspricht ihr zu bleiben und auch bei der Geburt ihres Kindes zu helfen. Bashir forscht weiter und er probt einige Medikamente an Ekoria aus. Aber aufgrund der Krankheit liegt Ekoria im bald darauf im sterbenSterben. Bashir gelingt es noch rechtzeitig die Geburt einzuleiten. Zu seiner Verwunderung ist ihr Baby völlig gesund. Ekoria kann ihren Sohn noch kurz sehen und stirbt. Bashir hat zwar kein Heilmittel, dafür einen Impfstoff gefunden und kann so den Teplanern helfen. ({{DS9|Hoffnung}})

Bei einer weiteren Mission im Gamma-Quadrant Quadranten kommt es zu einem Unfall und Keiko O'Brien wird verletzt. Um ihr ungeborenes Kind zu retten, implantiert er den [[Embryo]] in den Körper von Major Kira. Zu der Zeit glaubt Quark, dass er am [[Dorek-Syndrom]] leidet und sterben wird. Er will seine sterblichen Überreste verkaufen und der einzige Käufer ist der [[Liquidator]] [[Brunt]]. Als sich aber herausstellt dass Quark nicht sterben wird, muss Quark seinen Vertrag mit Brunt brechen. Aufgrund des Vertragsbruches konfisziert Brunt den gesamten Besitz von Quark. Aber Bashir und die Bewohner von Deep Space 9 helfen Quark bei der Wiedereinrichtung seiner Bar. ({{DS9|Quarks Schicksal}})

Ende des Jahres leidet Odo an einer unbekannten Krankheit. Aufgrund der Krankheit hat er große Mühe seine Form zu halten. Auch Bashir kann ihn nicht helfen. Sisko bleibt nichts anderes übrig und muss Odo in den Gamma-Quadrant Quadranten zu den Gründern zu bringen. Auf der ''Defiant'' kümmern sich Bashir und Garak um Odo. Schließlich treffen die Jem'Hadar und die [[Gründerin]] auf die ''Defiant''. Die Gründerin bringt die ''Defiant'' zur [[Heimatwelt der Gründer]]. Sisko, Bashir begleiten Odo mit auf die Oberfläche. Dort wird Odo der Prozess gemacht, weil Odo er ein Jahr zuvor einen Gründer getötet hat. Zur Strafe wird Odo in einem [[Solid]] umgewandelt und darf dann den Planeten verlassen. Auch Bashirs Untersuchungen ergeben, dass Odo nun ein Humanoid Humanoide ist. Aufgrund der Erfahrung mit den Gründern, glaubt Odo das , dass der [[Klingonischer Kanzler|klingonische Kanzler]] [[Gowron]] ein Gründer ist. ({{DS9|Das Urteil}})