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Nach seinem Abschluss an der Sternenflottenakademie, lässt sich Bashir im [[Rang]] eines [[Lieutenant Junior Grade]] auf den neuen Sternenflottenaußenposten auf Deep Space 9 versetzen. Er möchte auf diesem entlegenen Außenposten neue Abenteuer erleben. [[2369]] wird er mit einem [[Weitere Schiffe der Oberth-Klasse|Föderationsraumschiff]] zur Station gebracht. Auf den Flug zur Station lernt er [[Jadzia Dax]] kennen, diese wird ebenfalls nach Deep Space 9 versetzt. Er freundet sich mit ihr an und will sich gleich mit ihr verabreden. Auf der Station zeigt ihm [[Major]] [[Kira Nerys]] die [[Krankenstation]]. Obwohl die Krankenstation schwer beschädigt ist, ist Bashir davon begeistert. Genau das hat sich Bashir erhofft; etwas neues Neues auzufbauen und den 'armen' [[Bajoraner]]n zu helfen. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I}})

Nachdem [[Commander]] [[Benjamin Sisko]] kurz darauf in einer unbekannten [[Anomalie]] verschwunden ist, begeben sich Kira, Dax, [[Odo]] und Bashir mit der [[USS Yangtzee Kiang|USS ''Yangtzee Kiang'']] auf der Suche nach Sisko in den [[Denorios-Gürtel]]. Als ein [[Galor-Klasse|cardassianisches Schiff]] trotz der Warnung von Kira dort in die Anomalie fliegt, verschwindet plötzlich die Anomalie. Weiter Schiffe der [[Cardassianer]] tauchen auf und bedrohen die Station, da sie diese für das verschwinden Verschwinden ihres Schiffes verantwortlich machen. Die Cardassianer greifen die Station an und Bashir kümmert sich um die Verletzten. In der Zwischenzeit gelingt es Sisko mit den [[Wurmlochwesen]] in Kontakt zu treten. Diese geben darauf die Passage durch das [[Bajoranisches Wurmloch|bajoranische Wurmloch]] frei. Als Sisko mit dem cardassianischen Schiff zurückkehrt, brechen die Cardassianer den Angriff auf die Station ab. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil II}})

Nur wenige Zeit später hat sich Bashir auf der Station eingelebt. Bashir sitzt im [[Replimat]], als sich ihm plötzlich der cardassianische [[Schneider]] [[Elim Garak|Garak]] ihm vorstellt. Bashir denkt gleich, dass Garak ihn [[Spion|ausspionieren]] will und meldet dies Sisko. Aber Sisko meint indirekt, dass es gut wäre, wenn man jemanden mit Spionageerfahrung kenne und seine Qualitäten nutzt. Daher bittet er Julian, sich näher mit Garak bekannt zu machen. Schließlich können bestimmte, geheimdienstliche Informationen nicht immer auf offiziellem Weg übermittelt werden.

Später erfährt Bashir mit der Hilfe von Garak, dass die [[Duras-Schwestern]] illegale Geschäfte auf der Station durchführen. Mit dieser Information gelingt es Sisko und Kira den bajoranischen Terroristen [[Tahna Los]] aufzuhalten, der mit Hilfe eines Sprengsatzes, den Tahna er von den Duras-Schwestern erhalten hat, versucht, das bajoranische Wurmloch zu zerstören. ({{DS9|Die Khon-Ma}})

Kurz darauf wird Odo für den [[Mord]] an dem Bajoraner [[Ibudan]] verdächtigt. Bashir leitet die medizinische Untersuchung für den in dem Fall. Er sammelt Gen-Proben vom Tatort. Schließlich kann er mit Hilfe von Dax nachweisen, dass der Getötete in Wirklichkeit ein Klon von Ibudan gewesen ist. Ibudan hat einen Klon von sich getötet, um die Schuld Odo in die Schuhe zu schieben. Zu dieser Zeit ist Bashir ziemlich eifersüchtig auf Sisko in Bezug auf Dax. Bashir denkt , Sisko und Dax könnten ein Paar werden, aber nach einem Gespräch mit Sisko diesem erfährt Bashir, dass Sisko kein Interesse an Jadzia hat. ({{DS9|Unter Verdacht}})

Wenige Wochen später löst [[Chief]] [[Miles O'Brien]] bei der Reparatur eines [[Replikator]]s eine Vorrichtung aus, durch die ein [[Aphasie|Aphasie-Virus]] über die Station verbreitet wird. Durch die Benutzung des Replikators wird der Virus verbreitet und O'Brien ist der erste infizierte Infizierte dieser Krankheit. Durch den Virus werden die neuralen und visuellen Reize vom [[Gehirn]] falsch verarbeitet. Später infiziert sich auch Dax mit dem Virus und Bashir muss die Kranken behandeln. Er versucht ein Heilmittel zu finden. Als sich immer mehr Personen auf der Stationen infizieren, bemerkt Bashir, dass das [[Virus]] sich über die Luft verbreitet. Während Bashir versucht ein Heilmittel zu finden, wird auch er infiziert. Major Kira Nerys gelingt es zusammen mit dem Bajoraner [[Surmak Ren]], der Mitentwickler des Virus war, ein Heilmittel zu finden. Surmak Ren bewundert den Erfolg von Julian und knüpft daran an. Damit werden die Bewohner von der Krankheit geheilt. ({{DS9|Babel}})

Nach einer Expedition in den Gamma-QuadrantQuadranten, wird eine junge Frau namens [[Vash]] mit nach Deep Space 9 gebracht. Die [[Offizier]]e an Bord der Station können sich nicht erklären, wie sie ohne das Wissen über das Wurmloch in den Gamma-Quadrant gekommen ist. Bashir untersucht sie nach Krankheiten, stellt aber fest, dass sie absolut gesund ist. Bashir flirtet mit ihr. Es stellt sich heraus, dass Vash mit [[Q]] zusammen im Gamma-Quadrant gewesen ist. Bashir besucht Vash in ihrem [[Quartier]] und will sich darauf im Replimat mit ihr verabreden. Q erscheint heimlich hinter Bashir und schneidet Grimassen ohne das dass es Bashir bemerkt. Kurz darauf wartet Bashir auf Vash im Replimat. Da erscheint Q als [[Kellner]] und will ihm die Verabredung ausreden. Als sich Bashir dies nicht ausreden lässt, wird Bashir durch den Einfluss von Q müde und legt sich schlafen. Bashir verschläft die darauf folgenden Ereignisse , die beinah beinahe zur Vernichtung der Station geführt hätten. ({{DS9|Q – Unerwünscht}})

Bei einer Expedition in den Gamma-Quadrant Quadranten wird eine fremde Technologie mitgebracht. Bashir hält dieses Gerät für einen medizinischen [[Scanner]] und möchte diesen untersuchen. Zu der Zeit dockt die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-D)]] an Deep Space 9 an. Da die Station noch nicht über die geeigneten Mittel verfügt, untersucht Bashir das Gerät an Bord der ''Enterprise''. Er untersucht es unerlaubt auf der Krankenstation und [[Lieutenant Commander]] [[Data]] stellt ihn deswegen zur Rede. Bashir entschuldigt sich bei ihm und Data unterstützt Bashir darauf bei seiner Forschung. Bashir ist von Data fasziniert und erkundigt sich über Datas persönliche Funktionsweise. Bei den Experiment mit dem Gerät geht aber etwas schief und Data wird von einem Strahl getroffen und verliert sein Bewusstsein. In diesem Zustand träumt Data zum ersten Mal. Bashir ist von diesen Ereignissen begeistert und hilft Data diesen Zustand zu verstehen. Data erlaubt Bashir dafür einen Bericht von diesen Ereignissen für das [[Kybernetik-Journal]] der Sternenflotte zu schreiben. ({{TNG|Der Moment der Erkenntnis, Teil I}})

Einige Zeit später verabreden sich Bashir und Dax wieder. Dax macht Bashir klar, dass sie kein romantisches Interesse an ihm hat und geht. Bashir folgt ihr aber zu ihrem Quartier und sieht wie Dax von Fremden angegriffen und entführt wird. Bashir versucht ihr zu helfen, aber die Angreifer können entkommen. Mit dem [[Traktorstrahl]] von Deep Space 9 kann das fliehende Schiff aufgehalten werden. Die Entführer sind [[Klaestroner]]. [[Ilon Tandro]] macht den vorherigen Wirt von Jadzia [[Curzon Dax]] für den Verrat an seinem [[Ardelon Tandro|Vater]] verantwortlich und will sie dafür Anklagenanklagen. Sisko will dies aber nicht zulassen, da Curzon und Jadzia zwei unterschiedliche Personen sind. Es kommt zu einer Verhandlung wegen der Auslieferung von Dax. Bashir macht seine Aussage zu diesem Fall aus der medizinischen Sicht. Am Ende der Verhandlung wird auch erwiesen, dass Curzon diesen Verrat nie begangen hat und Dax wird freigesprochen. ({{DS9|Der Fall Dax}})

Während einer Mission mit der [[USS Rio Grande|USS ''Rio Grande'']] erhalten Bashir und Kira einen [[Notruf]] von einem [[Kobliade|kobliadischen]] [[Frachter]]. Die beiden gehen den Notruf nach. Bashir hilft den Kobliaden, aber [[Ty Kajada]] warnt Bashir davor , den in einem versiegelten Bereich befindlichen Verbrecher [[Rao Vantika]] zu helfen. Als Arzt hilft er ihm aber trotzdem. Bashir kann nicht mehr viel für ihn tun und Vantika stirbt. Bashir bemerkt nicht, dass Vantika seinen Geist in seinen Körper transferiert, als Vantika Julian Bashir unerwartet würgt. Vantika hat nun die Kontrolle über Bashirs Körper. Mit Hilfe von [[Quark]] und einigen Mittelsmännern gelingt es Vantika im Körper von Bashir die Kontrolle über den Deuridium-Frachter [[Norkova|''Norkova'']], der sich auf dem Weg vom Gamma-Quadranten zu Deep Space Nine befindet, zu übernehmen. Mit einem modifizierten Traktorstrahl, den Commander Benjamin Sisko auf den den [[Frachter]] schießt, gelingt es Sisko , den fliehenden Vantika aufzuhalten. Bashir erlangt kurzzeitig die Kontrolle über seinen Körper und Bashir und er stoppt darauf den Frachter. Bashir wird auf Deep Space 9 zurück gebeamt und wird dort von Vantika befreit. Die Überreste von Vantika werden durch Kajada vernichtet. ({{DS9|Der Parasit}})

Nur wenige Wochen später kommt eine Delegation der [[Wadi]] an Bord von Deep Space 9. Bashir bekommt mit Sisko Ärger, da dieser keine [[Galauniform]] dabei hat. Aber die Wadi wollen nur ins [[Quarks]] um dort zu spielen. Als Quark die Wadi beim [[Dabo]] betrügt, wollen die Wadi mit Quark ein neues Spiel spielen. Das Spiel heißt [[Chula]]. Ohne Quarks Wissen werden Sisko, Kira, Bashir und Dax Spielfiguren in diesem Spiel. Bashir wacht in einem Raum auf und denkt, dass es sich um einen Albtraum handelt. Bashir schreit laut los, um so aus seinem Traum wach zu werden. Durch die Schreie von Bashir finden die anderen ihn. Bashir wird nun klar, dass es sich nicht um einen Traum handelt. Die vier Offiziere müssen unwissend das Spiel spielen und mehre mehrere Aufgaben lösen. Eine davon ist die [[Chandra]], die durch ein [[Kraftfeld]] springt. Bashir findet einen Lösungsansatz aber dieser funktioniert nicht ganz. Erst Dax findet die Lösung. Danach werden die Offiziere in einen Raum geführt, indem giftiges Gas austritt. Bashir findet hier die Lösung und trinkt das [[Getränk]] der Wadi und kann die anderen damit retten. Währenddessen bemerkt Quark, dass seine Spielfiguren die vier Offiziere sind. Der nächste Spielzug verläuft schlecht für Quark; er verliert eine Figur. Im Spiel löst sich Bashir vor den Augen der anderen auf. Am Ende verliert Quark das Spiel und die vier Offiziere erscheinen wieder gesund im Quarks. ({{DS9|Chula – Das Spiel}})

Nach einem Zwischenfall auf in der [[Holosuite]] wird der [[Miradorn|Zwillingsmiradorn]] [[Ro-Kel]] erschossen. Doktor Bashir kann nur noch den Tod feststellen. Danach identifiziert Bashir für Odo ein Amulett des [[Rakhari]] [[Croden]]. Er stellt fest, dass es Ähnlichkeiten zwischen dem Amulett und der [[Spezies]] von Odo gibt. Odo vermutet darauf, dass das Amulett ein Hinweis für seine [[Heimatwelt]] ist. ({{DS9|Der Steinwandler}})

Nach diesen Ereignissen wird Doktor Bashir in ein Dorf nach Bajor gerufen. Die Dorfbewohner benötigen dringend die Hilfe des Arztes. [[Chief]] [[Miles O'Brien]] soll Bashir nach Bajor fliegen. Der Chief möchte nicht mit Bashir zusammen fliegen, aber Sisko befiehlt es ihm. Auf den Flug nach Bajor wechselt O'Brien kein Wort mit Bashir. Schließlich bricht Bashir das [[Eis]] und fängt ein Gespräch mit O'Brien an. Bashir bietet O'Brien an ihn "Julian" zu nennen. Auf Bajor erfährt Bashir, dass er in dem Dorf den [[Sirah (Titel)|Sirah]] retten muss, damit der Sirah dieser das Dorf vor dem [[Dal'Rok]] retten kann. Aber Bashir kann nichts mehr für den Sirah tun. Nachdem er zum letzten mal das Dorf vor dem Dal'Rok rettet, stirbt der Sirah. Kurz vor seinem Tod ernennt ernennt der Sirah O'Brien zu seinem Nachfolger. Bashir unterstützt O'Brien als Sirah, obwohl sich O'Brien sehr unwohl in seiner Rolle fühlt. [[Hovath]] der eigentlich der neue Sirah werden sollte, ist auf O'Brien eifersüchtig und versucht diesen sogar zu töten. Aber O'Brien und Bashir können ihn jedoch aufhalten. Die beiden erfahren von Hovath, dass die Bewohner ihm nicht mehr vertrauen, nachdem er einmal versagt hat. Am nächsten Abend muss O'Brien als Sirah das Dal'Rok aufhalten. Es gelingt ihm jedoch nicht. Bashir erkennt, dass es sich um eine List des alten Sirah handelt. O'Brien soll als Sirah versagen, damit die Bewohner Hovath wieder vertrauen. Hovath kann das Dorf retten und wird ihr neuer Sirah. Bashir und O'Brien kehren darauf nach Deep Space Nine zurück. ({{DS9|Die Legende von Dal'Rok}})