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Nach diesen Ereignissen werden die [[Führungsoffizier]]e von Deep Space 9 durch eine [[Telepathie|telepathische]] [[Matrix]] der [[Saltah'na]] infiziert. Es kommt durch den Einfluss der Matrix zu einem Machtkampf zwischen Kira und Sisko auf der Station. Die Offiziere stellen sich entweder auf die Seite von Sisko oder Kira. Obwohl auch Bashir infiziert ist, verhält sich dieser in diesem Konflikt neutral. Auch Odo bemerkt diese Vorgänge und berichtet dieses Bashir. Bashir beginnt nach einem Heilmittel zu suchen. Er findet schließlich nach langer Forschung ein Gegenmittel. Odo lockt darauf die infizierten Offiziere in die [[Andockschleuse|Andockschleuse 4]]. Dort aktiviert Odo Bashirs Programm, welches die fremde Matrix bekämpft. Die Offiziere werden von der Matrix befreit und Odo lässt diese Matrix in den [[Weltraum]] entweichen. ({{DS9|Meuterei}})
Gegen Ende des Jahres behandelt Bashir den Cardassianer [[Aamin Marritza]] gegen die Symptome des [[Kalla-Nohra-Syndrom]]. Marritza gibt sich zu dieser Zeit als [[Gul]] [[Darhe'el]] aus, um eine Strafe für die Gräueltaten, welche die Cardassianer den Bajoranern angetan haben, zu verbüßen. Aber auch durch Bashirs Nachforschungen stellt sich heraus, dass Marritza nicht der Verbrecher Darhe'el ist und Marritza wird freigesprochen. ({{DS9|Der undurchschaubare Marritza}})
Ende des Jahres kommt es durch [[Vedek]] [[Winn Adami]] zu einem Konflikt zwischen der Föderation und den Bajoranern auf der Station. Zu dieser Zeit wird [[Fähnrich]] [[Aquino]] von der Bajoranerin [[Neela]] getötet. Bashir untersucht die Überreste von Aquino. Kurz darauf kann Sisko mit Hilfe von Vedek [[Bareil Antos]] diesen Konflikt beilegen. ({{DS9|Blasphemie}})
