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Pike, welcher sich keinen besseren Offizier als seinen Nachfolger vorstellen kann als den jungen James Kirk empfiehlt er dem Sternenflottenkommando Kirk als vollwertigen Kommandanten des Schiffes einzusetzen. Aus diesem Grund wird Kirk entgegen des Protokolls, allerdings im Einklang mit den Sternenflottenprotokollen für besondere Tapferkeit und Bemühungen um das Wohl der Föderation direkt zum Captain befördert und erhält das Kommando über die Enterprise. Somit ist James Kirk mit 25 Jahren der jüngste Captain der Sternenflottengeschichte und erhält als erster Kadett überhaupt unmittelbar nach der Graduierung diesen Rang.
Ein Jahr später verstößt Kirk gegen die [[Oberste Direktive]], indem er die Bewohner der Planeten [[Nibiru]] vor dem Ausbruch eines Vulkans rettet. Zur Strafe wird ihm sein Captaintitel aberkannt und er wird zurück zur Akademie geschickt. Da Pike wieder zum Captain der [[USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|USS ''Enterprise'']] wird, gelingt es ihm Kirk zu seinem Ersten Offizier zu machen. Als Pike bei dem Anschlag durch [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|Khan]] getötet wird erhält Kirk sein Kommando zurück.
====Jagd nach Khan====
Während der Jagd nach Khan strandet die Enterprise durch ein Kühlwasserleck in der Neutralen Zone, nicht unweit von [[Qo'noS]]. Kirk, der zu diesem Zeitpunkt von seiner eigentlichen Mission Khan mit einen der neuen Spezial-Torpedos zu töten, abgerückt war und stattdessen auf die Oberfläche will um Khan gefangen zu nehmen; möchte seinen Plan durchziehen und geht mit Spock und Uhura runter zu den Shuttles. Kurz bevor er sich auf den Weg macht, gibt er Sulu das Kommando und wird von seinem Freund McCoy auf die Gefahren für ihn und die Enterprise aufmerksam gemacht, zudem bezweifelt McCoy die Fähigkeiten von Sulu in dieser Situation (oder allgemein) ein Schiff zu befehligen. Kirk winkt ab und geht runter.
Bereits während des Fluges wird das kleine Schmuggler-Schiff, welches er fliegt, von einer willkürlichen klingonischen Patrouillie aufgespürt und gejagt. Hier zeigt Kirk sein Flugtalent und kann den Schüssen des klingonischen Schiffes gekonnt ausweichen. Um dieses dann abzuschütteln, fliegt er durch einen enger werdenden Spalt (was vor allem Uhura einen Schrecken einjagt und Spock für nicht machbar hält) und kommt relativ unbeschadet auf der anderen Seite wieder raus. Kurz sieht es dann so aus, als hätte er die Klingonen abgeschüttelt, doch das Gegenteil ist der Fall: Das kleine Schiff wird von drei klingonischen Schiffen umringt und zur Landung gezwungen.
<br/>Kirk, der bereits einige Waffen rausholen will, wird von Uhura unterbrochen, die ihn darauf hinweist, dass er sie mitgenommen hat, da sie Klingonisch kann und er sie deswegen auch sprechen lassen soll. Sie geht also raus, unter den wachsamen Blicken von Spock und Kirk. Doch Uhuras Versuch schlägt fehl, die Klingonen greifen sie an, also stürmt Kirk los und stürzt sich in ein Feuergefecht.
Während dieses Gefechtes, welches anfangs schlecht für ihn aussieht, mischt sich jemand mit außergewöhnlichen und extrem starken Fähigkeiten ein; Khan, welcher die Klingonen samt Schiffe einfach wegfegt. Nachdem er die Klingonen besiegt hat, stürmt Khan zu Kirk und fragt nach den Torpedos, worauf dieser aber nur lächelt und aufspringt um Pike (durch einige sehr heftige Schläge) zu rächen. Am Schluss gibt er geschafft nach und lässt Khan auf die Enterprise in Gewahrsam nehmen.
<br/>Auf der Enterprise erwähnt Khan nach einigen Nachfragen, das sich etwas in den Torpedos befindet und gibt Kirk außerdem bestimmte Koordinaten, welche sich nicht weit von Jupiter befinden. Kirk schickt daraufhin denjenigen mit den meisten Fingerspitzengefühl (seinen Freund Pille) und Dr. Marcus mit einen der Torpedos auf die Oberfläche eines Planetoiden und spricht mit Scotty, der auf der Erde verweilt, da er kurz vor Abflug den Dienst quittiert hatte, über dessen Hintergründe. Diesem gibt er auch die Koordinaten von Khan und bittet darum, dem nachzugehen. Scotty allerdings kappt wütend die Verbindung, als er auf den Grund für seine Quittierung (die Torpedos) angesprochen wurde.
Zurück auf der Brücke verfolgt Kirk die Öffnung des Torpedos und somit auch den Schockmoment, wo McCoy ausversehen den Torpedo aktiviert. Da der Transporter nur beide oder keinen von beiden hochbeamen konnte, hat Kirk nur die Wahl Dr. Marcus, die den Torpedo entschärfen will, in Sicherheit zu bringen. Er zögert und ist dementsprechend erleichtert, als das Entschräfen funktioniert und sich eine Kryo-Kapsel im Inneren des Torpedos offenbart.
====Die Vanguard====
Kurz darauf taucht [[Alexander Marcus|Admiral Marcus]] im neusten und geheimsten Schiff der Flotte, der [[USS Vanguard]], auf und befiehlt Kirk, der entgegen seiner Anweisung Khan nicht getötet sondern in Gewahrsam genommen hat, diesen auszuhändigen. Kirk weigert sich und lässt Kurs Richtung Erde setzen. Mitten während des Warp-Fluges, wird die Enterprise von der Vanguard, die eine neue Technik besitzt, eingeholt und angegriffen. Die Enterprise fällt, schwer getroffen, aus den Warp-Tunnel, worauf sich Admiral Marcus meldet und "zu seinem Bedauern" mitteilt, dass er das Schiff und mit ihm Kirk, wegen Beihilfe zu Khans Machenschaften, zerstören muss.
<br/>Kirk springt auf und erklärt, dass seine Crew nur seinen Befehlen gehorcht hat und deswegen nur er alleine zur Verantwortung gezogen werden kann. Er bittet den Admiral das Schiff und seine Crew zu verschonen, dafür will er sich allerdings in dessen Gewahrsam nehmen lassen. Marcus winkt ab und erklärt, dass er nie vorhatte die Enterprise zu verschonen, worauf die Vanguard die Waffen hochfährt und auf die Enterprise richtet. Im entscheidenen Moment allerdings werden die Systeme dieses Schiffes runtergefahren und Scotty meldet sich, zur allgemeinen Freude, vom anderen Schiff, welches er sabotiert hat. Daraufhin lässt sich Kirk einen waghalsigen Plan einfallen, um auf das andere Schiff zu kommen; doch dafür bracht er Khan.
Er geht runter zur Krankenstation, wird aber währenddessen von seinem Ersten Offizier darauf hingewiesen, dass dies nicht die beste Idee sei. Kirk gibt Spock recht, sagt aber gleich dazu, dass er nicht in der Lage sei das alles logisch zu durchdenken sondern rein nach Bauchgefühl arbeite, dann gibt er Khan bescheid und geht mit ihm runter zur Luftschleuse.
<br/>Im Flug durch das Trümmerfeld muss er immer wieder Trümmern der Enterprise ausweichen und zurück auf Kurs kommen, was sich allerdings nach dem Einschlag eines Mikroasteroiden und dem Ausfall seines HUDs als ''"mathematisch unmöglich"'' (Spock) gestaltet. Ohne Khan, der noch ein funktionierendes Display besaß, hätte er das nicht geschafft. Scotty, der derweil im Hangar saß und die Luftluke für die beiden öffnen sollte, wird von einem Sicherheitsmann erwischt und bedroht und kann erst im letzten Moment die Schleuse öffnen.
Auf der Vanguard kämpft er sich bis zur Brücke vor, dort stellt sich allerdings Khan gegen ihn. Khan tötet Admiral Marcus und droht mit der Ermordung von Kirk, sollte er nicht die 72 Torpedos bekommen. Während Khan die Torpedos mit seiner Mannschaft darin auf die Vanguard holt, beamt er Kirk, Scotty und Carol Marcus auf die Enterprise und beginnt abermals auf das Schiff zu schießen. Doch kurz darauf zünden die Torpedos und reißen ein riesiges Loch in die Vanguard. Doch die Enterprise ist davon auch betroffen und wird, jeglicher Energie beraubt, in die Erdatmosphäre geschleudert.
====Rettung====
Kirk und Scotty sehen nur eine Möglichkeit wie sie die Enterprise retten können, in dem sie den Warpkern wieder hochfahren. Sie rennen einmal quer durch das unkontrolliert fallende Schiff und gelangen schließlich zum Kern, wo Scotty verzweifelt feststellt, das die Kernausrichtung nicht stimmt und das Schiff somit verloren sei. Doch Kirk glaubt nicht daran und rennt hinter zum Wartungseingang des Warpkerns. Sogleich wird er von Scotty, der ahnt was er vor hat, aufgehalten, da die Strahlung sie beide töten würde. Daraufhin schlägt Kirk seinen Freund k.o., da nur er in den Kern klettern will.
<br/>Im Kern schafft er es die normale Ausrichtung wieder herzustellen, auch wenn er dafür hochgradig verstrahlt wird.
Nachdem die Enterprise gerettet ist, schleppt er sich wieder vor zur Sicherheitstür und verschließt alles wieder hinter sich. Während er im sterben liegt, kommt Spock, von Scotty benachricht, angerannt und möchte ihm helfen; doch der Dekontaminationsprozess ist noch nicht abgeschlossen und es gibt nichts was er tun könnte. In seinen letzten Worten erklärt Kirk, dass er Angst hätte und fragt, wie Spock seine Gefühle ignorieren könne, doch diesem gelingt es nicht. Mit letzter Kraft legt er seine Hand zum vulkanischen Gruß auf das Sicherheitsglas und stirbt. Spock, voller Wut, macht sich daraufhin auf Khan zur Rechenschaft zu ziehen.
Derweil wird Kirks Leiche auf die Krankenstation gebracht, wo McCoy und ein Großteil des anwesenden Personals fassungslos auf den Tod ihres Captains reagieren. McCoy setzt sich geschockt hin und entdeckt einen vormals toten [[Tribble]], den er mithilfe von Khans Blut ins Leben zurück geholt hatte. Daraufhin kommt ihn eine Idee wie er Kirk retten kann und lässt ihn in eine Kryo-Kapsel stecken; unterdessen erklärt er, dass er Khan lebend braucht.
<br/>Spock und Uhura können Khan schließlich stellen, worauf McCoy aus dessen Blut ein Serum herstellen kann, welches Kirk wiederbelebt.
Kirk kommt zwei Wochen später wieder zu sich und bedankt sich bei Spock und McCoy für ihre Hilfe.
====Fünf Jahres Mission====
Etwa ein Jahr später ist er der Redner bei der Neutaufe der wiederhergerichteten Enterprise und erzählt in seiner Rede von Captain Pike und dessen Ideale. Damit macht er sich auf zur ersten Fünf Jahres Mission der Enterprise, um tiefer ins All zu fliegen als jemals einer zuvor.
==Beziehungen==
