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Die [[Enterprise (NX-01)|Enterprise]] sucht die [[Augment]]s im [[Klingone|klingonischen]] [[Territorium|Raum]] und derweil verfolgt [[Malik]] einen Plan , der beinhaltet, seinen "Vater" als Anführer abzusetzen und einen Krieg zwischen den [[Mensch]]en und den Klingonen anzuzetteln…

Malik wurde inzwischen von Soong in sein Labor gerufen. Er fordert Malik zu mehr Vertrauen und Disziplin auf. Dann erklärt er, dass er die Embryonen erneut [[Genetik|gentisch manipuliert]], um sie weniger aggressiv zu machen. Malik ist gegen diese Manipulation ihrer Persönlichkeit. Dann meldet [[Persis]], dass sich ein Schiff nähert: Die ''Enterprise''. Archer ruft Soong und befiehlt ihnen, sich zu ergeben. Soong lässt sie mit den [[Torpedo|Achtertorpedos]] beschießen, die ''Enterprise'' erwidert das Feuer. Weil die ''Enterprise'' dem Bird-of-Prey überlegen ist, möchte Soong sich nicht auf einen Kampf einlassen. Er lässt die [[Denobulaner|denobulanische]] [[Pilot]]in in ihre [[Shuttle|Fähre]], die ''[[Barzai]]'', sperren und setzt Kurs auf ein [[Planetensystem]]. Dort angekommen werfen die sie die ''Barzai'' in die [[Atmosphäre]] eines [[Gasriese]]n. Soong erklärt Archer, dass er vier bis fünf Stunden hat, die Pilotin zu retten, dann verschwindet er.

Als Persis Malik in seinem [[Quartier]] trifft , eröffnet er ihr, dass er vor hat, Soong abzusetzen. Er habe bereits alle auf seiner Seite, nun braucht er nur noch die Unterstützung durch Persis. Er errinnert erinnert sie daran, dass sie ihm auch bei [[Raakin]]s Beseitigung geholfen hat, aber sie will nichts gegen ihren "Vater" Soong unternehmen. Malik macht ihr klar, dass Soong keiner von ihnen, kein Augment, ist und er ihn nicht mehr als "Vater" ansieht. Jetzt will Malik seinen Plan durchführen und die Manipulation der Embryonen verhindern. Dann verspricht er ihr, Soong mit Respekt zu behandeln.

Der ''Enterprise'' nähert sich inzwischen ein klingonischer [[Kampfkreuzer]]. Archer lässt [[Hoshi Sato]] einen Kanal öffnen und seine Aussagen mit dem [[Universalübersetzer]] ins [[Klingonische Sprache|Klingonische]] übersetzen. Harsch fordert er den Klingonen auf, sich nicht weiter zu nährennähern, doch der will die ''Enterprise'' inspizieren, weil das System von [[Gouverneur]] [[Klag (Gouverneur)|Klag]] zum Sperrgebiet erklärt wurde. Archer behauptet nun, im geheimen Auftrag für den Hohen Rat unterwegs zu sein: Der [[Klingonischer Kanzler|Kanzler]] [[M'Rek]] befände sich an Bord. Die Erwähnung der [[Orioner]] lenkt die Aufmerksamkeit des Klingonen sofort auf die [[Orionisches Sklavenmädchen|orionischen Frauen]] ab. Archer weist ihn an, Stillschweigen zu bewahren, dann verschwindet das Schiff, bevor es die ''Enterprise'' identifizieren kann.

Der eingesperrte Soong erhält indessen Besuch von Persis. Sie entschuldigt sich für ihren Verrat und erklärt ihm, dass Malik alle seine Feinde umbringt. Soong verzeiht ihr, doch nun muss Malik gestoppt werden, seine Handlungen gefährden nicht nur Millionen an [[Mensch]]en und Klingonen, sondern auch die Augments selbst. Er bittet Persis um Mithilfe zur [[Sabotage]], aber die erklärt ihm, dass Maliks Wachen das verhindern würden. Nun möchte sie ihm helfen zu fliehen. Kurz darauf hat sie die internen Sensoren deaktiviert und führt Soong zu einer [[Rettungskapsel]]. Dort verabschieden sich die beiden und Soong verlässt das Schiff.

Wenig später empfängt Sato seinen [[Notruf]]. Sie finden die Kapsel und sammeln sie ein. Soong wird in die [[Arrestzelle]] gesperrt. Dort berichtet er Archer von Maliks Plan und fordert ihn auf, ihn zu stoppen. Doch Archer ist misstrauisch und hält das ganze Ganze für eine Falle. Schließlich glaubt er ihm doch und befiehlt Tucker so schnell wie möglich zur Qu'Vat-Kolonie zu fliegen. Tucker teilt ihm mit, dass ihre Tarnung bei zu hoher Geschwindigkeit nicht mehr funktioniert. Trotzdem muss die ''Enterprise'' sich beeilen, der Vorsprung der Augments ist groß.

[[Datei:D5-Klasse2.jpg|thumb|Die ''Enterprise'' beschleunigt und reist reißt die Gondel ab.]]Auf der [[Brücke]] macht Soong sich derweilen Sorgen, wie lange die ''Enterprise'' die Höchstgeschwindigkeit wohl noch aushält. Er hilft bei der Verbesserung der Sensoren und entschuldigt sich bei T'Pol für die Sache mit den Orionern, aber Tucker weist ihn harsch an, sich auf seine Arbeit zu konzentrieren. Da entdecken sie ein Schiff: Eine [[D5-Klasse]] nähert sich, in zwei Minuten wird sie in Sichtweite sein. Archer will den gleichen Trick wie beim letzten Mal noch einmal versuchen, aber die Klingonen haben sie als Erdenschiff erkannt und fordern sie zur Aufgabe auf. Als der [[Kommando|Kommandant]] [[Magh]] sie beschießen lässt , verhandelt erst Archer, dann Soong mit ihm, aber der Klingone gibt nicht nach und glaubt, dass die Menschen einen Angriff planen. Schließlich scheint Archer zu kapitulieren. Als der [[Kreuzer]] jedoch neben der ''Enterprise'' liegt und sich zur Enterung vorbereitet , schießt Mayweather auf Befehl Archers den [[Greifer]] auf die [[Warpgondel]] der D5 ab und beschleunigt dann auf vollen [[Impulsgeschwindigkeit|Impuls]]. Zwar feuert der Klingone, aber schließlich wird seine Gondel abgerissen und die ''Enterprise'' kann weiter fliegen, ohne verfolgt zu werden.

An Bord des Bird-of-Prey planen Malik und Lokesh schon den Angriff auf die drei Siedlungen auf dem Planeten. Der Torpedo ist bereit. Da nähert sich die ''Enterprise'', die noch zwei Minuten braucht, um sie zu erreichen. Aber der Warpantrieb macht Tucker Sorgen. Trotzdem beschleunigt er, um den Vorsprung der Augments aufzuholen. Als die den Planeten erreichen , bereiten sie den Abschuss der Waffe vor und feuern dann. In diesem Moment fällt die ''Enterprise'' unter [[Warp]] und feuert sofort drei [[Photoniktorpedo]]s ab. Der letzte zerstört die Biowaffe. Nun kommt es zum Kampf der beiden Schiffe. Durch einen Volltreffer verliert die ''Enterprise'' gleich zu Beginn alle Waffen bis auf eine Heckphasenkanone. Soong zeigt ihnen die Position des [[Plasmaverteiler|Hauptplasmaverteilers]]. Reed landet einen Volltreffer und der Bird-of-Prey verliert sein gesamtes Energienetz. Einige Augments sterben bei dem Gefecht, aber zwölf von ihnen leben noch, als Malik die [[Dilithium-Matrix]] überlastet und so den Bird-of-Prey zerstört. Seinen "Vater", der ihn über einen Kommunikationskanal aufzuhalten versucht, entgegnet er trotzig, sie würden sich bald wieder sehen, dann explodiert das Schiff.

Als Soong wieder in seine Zelle gesperrt wird , eröffnet Archer ihm, dass seine Arbeiten nun nicht mehr zerstört, sondern für später gelagert werden. Als Archer gehen will , erklärt Soong ihm, dass er zu dem Schluss gekommen ist, dass das Perfektionieren der Menschheit unmöglich ist. Sein neues Interesse ist die [[Kybernetik]]. Künstliches Leben, eine Aufgabe für ein, zwei Generationen. Soong macht sich an die Arbeit…

;Soong:Wie lange können wir mit Warp 5 fliegen?

Malik macht Anspielungen auf [[Khan Noonien Singh]] und die [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']]. Hier wird eine Anspielung auf die [[TOS]]-Folge {{e|Der schlafende Tiger}} mit Khan und dem Film {{Film|2}} gemacht. Dr. Soong meint aber, dies sei alles nur ein Mythos. Wie sich ca. 110 Jahre später, [[2267]], herausstellen sollte , war es kein Mythos.

Die Brückenszene , in der Malik den [[Klingonischer Bird-of-Prey (22. Jahrhundert)|Bird-of-Prey]] zur Explosion bringt, erinnert stark an die Szene in {{Film|2}} , in der Khan mit letzter Kraft Genesis startet.