Aufgrund seiner Erfahrung unterrichtet Phlox einige Zeit an der Universität. ({{ENT|Freund oder Feind}})
Später ist er im [[Interstellares Austauschprogramm für Ärzte|interstellaren Austauschprogramm für Ärzte]] und kommt so zu einer Anstellung im [[Medizinisches Corps der Sternenflotte|medizinischen Corps der Sternenflotte]]. Phlox arbeitet dort im Flottenhospital auf der [[Erde]]. Doktor [[Jeremy Lucas]] hilft ihm sich dort einzugewöhnen. Die beiden verbindet seitdem eine enge [[Freund]]schaft. ({{ENT|Lieber Doktor|Die Schockwelle, Teil I}})
Während seines Aufenthaltes dort beschäftigt sich Phlox auch mit verschiedenen [[Religion]]en der Erde. Er nimmt an einer [[Messe (Religion)|Messe]] auf dem [[Petersplatz]] teil, besucht zwei Wochen lang ein [[Tibet|tibetanisches]] [[Kloster]] und lernt dort in einem [[Chor]] zu singen. Phlox darf sogar am [[Tal-Shanar]] im [[Vulkanier|vulkanischen]] [[Konsulat]] teilnehmen. ({{ENT|Kalter Krieg}})
Einige Zeit später bekommt Captain Archer den Auftrag die vulkanische [[Botschafter]]in [[V'Lar]] zum vulkanischen Schiff [[Sh'Raan|''Sh'Raan'']] zu bringen. Doch einige abtrünnige [[Mazarit]]en verfolgen mit ihren [[Mazaritisches Kriegsschiff|Kriegsschiffen]] die ''Enterprise''. Nachdem drei mazarische Schiffe die ''Enterprise'' zum Stoppen zwingen, spielt Archer den Mazariten vor, dass sich V'Lar in der Scannerkammer auf der Krankenstation befinde. Drei Mazariten betreten daraufhin die ''Enterprise'' und wollen V'Lar töten. Phlox schreit sie an, es nicht zu tun, kann jedoch nicht verhindern, dass die Mazariten auf die Scannerkammer feuern. Inzwischen ist jedoch die ''Sh'Raan'' eingetroffen und hat die mazaritischen Schiffe kampfunfähig gemacht. Anschließend zeigt sich V'Lar den Männern und offenbart ihnen, dass sie sich um diese kümmern wird. ({{ENT|Gefallene Heldin}})
Als sich Tucker , ein paar Tage später, in der [[Wüste von Cygniai]] bei einem [[Geskana-Spiel]] verletzt, meint Archer, dass sich Phlox das ansehen solle, sobald sie wieder auf der ''Enterprise'' seien. ({{ENT|Durch die Wüste}})
Nun Wenig später ist es Zeit für den Doktor seinen jährlichen [[Winterschlaf]] zu halten, während sich ein Teil der Crew auf [[Risa]] erholt. Er Phlox ist der Meinung, dass ihm zwei Tage genügen, obwohl der Winterschlaf der Denobulaner normalerweise 6 Tage dauert. Solange übernimmt Crewman [[Elizabeth Cutler|Cutler]] die Krankenstation. Doch schon nach kurzer Zeit bittet Travis Mayweather an Bord zurückgebracht zu werden. Er hat sich beim [[Freeclimbing ]] auf Risa ein [[Bein ]] gebrochen und die [[Risianer|einheimischen ]] Ärzte haben keine Erfahrung mit der Behandlung von Menschen. Da Phlox sich noch in seinem Winterschlaf befindet, behandelt Cutler das verletzte Bein. Cutler diagnostiziert außerdem, dass Travis Mayweather allergisch auf das Schmerzmittel reagiert, das ihm auf dem Planeten gegeben wurde. Sie ist damit überfordertAls sich der Zustand von Mayweather verschlechtert, also beschließt sie Cutler den Doktor frühzeitig aufzuwecken, auch wenn sie es nicht für richtig hält. Zusammen mit T'Pol begibt sie Cutler sich zum Quartier des Arztes und verabreicht ihm das [[Hypospray]], das ihn weckt. Phlox ist zunächst sehr desorientiert und will am liebsten weiterschlafen, doch er kann überzeugt werden, mit auf die Krankenstation zu kommen. Dort ergeht es ihm nicht viel besser, er hält fast jeden einmal für den Captain, und T'Pol will ihn schon in sein Quartier bringen. Er aber will nun doch bleiben und arbeitet weiter. Schließlich kann er den Stoff, gegen den Travis Mayweather allergisch ist, isolieren und bittet Cutler um die Blutegeleinen [[Regulanischer Blutwurm|regulanischn Blutwurm]], welche den Schadstoff aus dem Blut des Ensign filtern werden. Als sich Cutler wieder umdreht, um Doch mit der Zeit kommt Phlox kurzzeit zu fragen, in welcher Dose sich die Tiere befinden, klaren Verstand und kann Mayweather schließlich behandeln. Allerdings liegt Phlox schon darauf bäuchlings auf einem der Biobetten und ist wieder eingeschlafen. ({{ENT|Zwei Tage auf Risa}})
Nachdem die Während eines Besuches auf der [[KolonieMine (Bergbau)|Bergbaukolonie]] auf [[Paraagan II]] scheinbar durch kommt es zu einem katastrophalen Unfall, bei dem 3.600 [[Paraaganer]] getötet werden. Nach dieser Tragödie ist die Mission der ''Enterprise'' beendet und die Vulkanier empfehlen der Sternenflotte, erst in den nächsten zehn bis zwanzig Jahren eine neue Forschungsmission zu starten, da sie den Start der ''Enterprise'' als zu früh empfunden haben und dieser Unfall auf Paraagan II bestätigt schließlich ihre Meinung. T'Pol und Phlox sollen darauf vom vulkanischen Raumschiff [[PlasmaD'Kyr|''D'Kyr'']]ausstoß einer Fähre der abgeholt werden. Phlox findet sich damit ab die ''Enterprise'' wieder verlassen zu müssen und ist bereits am packen seiner Sachen. Später gelingt es Archer mit Hilfe von [[Daniels (NX-01Crewman) zerstört wird|Daniels]] zu beweisen, dass die Suliban die Katastrophe auf Paraagan II verantwortlich sind. Nach diesen Ereignissen befiehlt der [[Befehlshaber der Cabal|Auftraggeber]] Siliks, macht sich Captain Archer heftige Vorwürfegefangen zu nehmen. TAuf den Weg zur ''D'Kyr'' wird die ''Enterprise''Pol sucht daher Drvon mehreren Zellenschiffen der Suliban umzingelt. Phlox Silik fordert darauf, dass der Captain auf sein Schiff kommen soll und fragt ihn nach seiner medizinischen Meinungdroht andernfalls mit der Vernichtung der ''Enterprise''. Archer willigt ein und begibt sich zu Silik, doch dieser verschwindet und die Suliban drohen die ''Enterprise'' zu vernichten. ({{ENT|Die Schockwelle, Teil I}})
Nachdem die Suliban das Schiff geentert und übernommen haben, wird Doktor Phlox wie alle anderen Crewmitglieder in sein Quartier gesperrt. Dort bereitet er zwei Hyposprays vor, die er Ensign Sato mitgibt. Am Ende ist er zusammen mit den anderen Führungsoffizieren auf der Brücke zugegen, als die Enterprise [[Admiral]] [[Maximilian Forrest|Forrest]] und [[Soval]] kontaktiert. ({{ENT|Die Schockwelle, Teil II}})