Mit 15 Jahren trat er, gefördert von [[Captain]] [[Sulu]], aber gegen den Willen seines Vaters [[Kolopak]] in die [[Sternenflotten-Akademie]] ein. Dort machte er eine Ausbildung zum [[Anthropologie|Anthropologen]] ({{VOY|Tattoo}}). Chakotay hatte auf der Akademie die Angewohnheit sehr unordentlich zu sein ({{VOY|Ein Jahr Hölle, Teil I}}).