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Nachdem die die beiden auf der ''Voyager'' im Delta-Quadrant fest sitzen, setzen sie ihre Beziehung fort. Chakotay ist an Bord der ''Voyager'' der neue erste Offizier und muss sich streng an die Vorschriften halten. Als Seska einmal heimlich [[Pilz]]e aus der Küche von Neelix stiehlt und daraus eine [[Pilzsuppe]] kocht, bestraft er diese und alle an der Aktion beteiligten. ({{VOY|Der Verrat}})
Als Seska unter Verdacht steht, Technologie an die Technologie an die Kazon weiter gegeben zu haben, glaubt Chakotay an Seskas Unschuld und verteidigt sie sogar gegenüber Janeway und Tuvok. Später stellt sich heraus, dass Seska wirklich die Technik an die Kazon weiter gegeben hat. Als sie enttarnt wird, flüchtet sie zu den Kazon. ({{VOY|Der Verrat}})
Nachdem es Seska mit den Kazon gelungen ist, Transportertechnologie von der ''Voyager'' zu stehlen, fühlt sich CHakotay dafür verantwortlich, da er Seska zum Maquis geholt und auch geliebt hat. Chakotay begibt sich zu den Kazon und ihm gelingt es, die Technologie zu neutralisieren. Doch er wird von den Kazon gefangen genommen und von Seska verhört. Während Chakotay bewusstlos ist, entnimmt Seska Chakotay DNS und befruchtet sich damit. Nachdem Chakotay auf ''Voyager'' entkommen ist, schickt sie Chakotay eine Botschaft, dass er nun Vater wird. ({{VOY|Das Signal}})
